Тем не менее ни жители Харрана, ни жители Вавилона не были довольны этим «совместным правлением» богов - так же, как и последователи Иштар и «других божеств». Син, чей храм в Харране был в конечном итоге восстановлен, потребовал, чтобы его храм в Уре вновь стал центром его культа. Иштар жаловалась, что её золотая целла в Уруке (Эрехе) требует реконструкции, и просила, чтобы ей вернули золотую колесницу, запряжённую семью львами. Между строк царской надписи явственно читается, что он устал от претензий и требований разных богов и их жречества.
В тексте, озаглавленном учёными «Набонид и жрецы Вавилона» (эта глиняная табличка в настоящее время хранится в Британском музее), содержится длинный список обвинений, выдвинутых жрецами Мардука против Набонида. Среди его прегрешений - запущенность государственных дел (он не утверждает закон и порядок), экономический спад (разоряются крестьяне, не функционируют торговые пути), неудачные войны (знать погибает в сражениях). Но самое серьёзное обвинение - это богохульство:
Он сделал, изваяние бога,
подобного которому не видели на этой земле;
он поместил его в храм
и поднял на пьедестал…
Он украсил его ляпис-лазурью
и возложил не его голову тиару…
Это была статуя необычного бога - невиданного прежде, как подчёркивали жрецы, - с волосами, спускавшимися до самой земли. Его вид был настолько странен, что о нём ничего не знали ни Энки, ни Нинмах, ни «мудрый Адапа». Более того, бога охраняли изваяния двух удивительных животных - один из них олицетворял Демона Потопа, а другой Дикого Быка. Богохульство усугублялось тем, что царь поместил эти «гнусные» изображения в храм Мардука Эсагиль и объявил, что в стране больше не будут отмечать праздник Акиту (наступление Нового года), который считался главным в отождествлении Мардука с планетой Нибиру.
Жрецы во всеуслышание объявили, что бог, покровительствовавший Набониду, теперь отвернулся от него, и что бывшего любимца богов теперь ожидают несчастья. Вслед за этим царь объявил, что покидает Вавилон и отправляется «в длительную экспедицию». На период своего отсутствия он назначил регентом своего сына Валтасара (того самого, о котором рассказывается в Книге пророка Даниила).
Набонид направился в Аравию, а среди его свиты были евреи из числа изгнанников из Иудеи. Он сделал своей резиденцией город Тейма (это название упоминается в Библии) и основал шесть поселений своих последователей; пять из них впоследствии (через тысячу лет) описывались приверженцами ислама как города иудеев. Некоторые учёные считают, что Набонид удалился в пустыню, чтобы подумать о введении монотеизма. Среди свитков Мёртвого моря был найден фрагмент текста, в котором говорится, что в Тейме Набонид заболел какой-то кожной болезнью и исцелился лишь после того, как «еврей сказал ему, чтобы он воздал почести Богу Всевышнему». Тем не менее большинство фактов свидетельствуют о том, что он стремился распространить культ бога Луны Сина, символом которого был полумесяц - этот символ впоследствии переняли поклонявшиеся Аллаху жители Аравии.
Каковы бы ни были религиозные воззрения Набо-нида, их не принимали вавилонские жрецы. Поэтому после того, как персидские цари из династии Ахемени-дов захватили Мидийское царство и вторглись в Месопотамию, царь Кир был встречен в Вавилоне не как завоеватель, а как освободитель. Он поступил очень мудро, сразу же отправившись в храм Эсагиль, где «обе его руки взял в свои руки Мардук».
Так 539 год до нашей эры стал последним годом независимого Вавилонского царства.
Одним из своих первых указов Кир разрешил иудеям вернуться в Иерусалим и восстановить свой разрушенный Храм. Содержание этого указа, записанного на так называемом «цилиндре Кира» (в настоящее время он хранится в Британском музее), совпадает со сведениями, приведёнными в Библии, где говорится, что это было сделано по велению Господа.
Восстановление Храма, которым руководили Эзра и Неемия, было завершено в 516 году до нашей эры - через семьдесят лет после его разрушения, как и предсказывал пророк Иеремия.
История краха Вавилона рассказана в одной из самых загадочных книг Библии, в Книге пророка Даниила. Представляя Даниила как одного из изгнанников из Иудеи, оказавшихся в вавилонском плену, Священное Писание рассказывает, как его вместе с тремя товарищами выбрали служить при дворе Навуходоносора и как он (подобно Иосифу в Египте) занял высокое положение, разгадав вещие сны царя.