Во время допроса он признался в том, что рассказал немцам после его захвата о своей связи с советской разведкой и сообщил гестапо все данные о Хесслере. На основании этих показаний Роберт Барт Особым совещанием при НКВД СССР был признан виновным в измене, приговорен к высшей мере наказания и расстрелян.
Кольцо поиска германской контрразведки все туже затягивалось вокруг "Красной капеллы". В отделе дешифрования накопились сотни метров с записями "концертов" невидимых "пианистов". Прошел год с того дня, когда записали первый радиосигнал и пленки чуть было не сожгли, но спохватились и принялись работать еще более настойчиво над их расшифрованием.
Было ясно, что необходимо схватить вначале хотя бы одного "пианиста", но его след в Берлине найти было нелегко. Гестаповцам помог установленный на машине мобильный пеленгатор, который и привел "охотников" к искомой цели далеко от Берлина, в пригороде Брюсселя. Гестапо располагало и другими оперативными данными, сопоставление которых, вместе взятых, и привело к выходу на Шульце-Бойзена. Дешифровка пленок с радиосигналами и сведения, выбитые гестаповцами из Барта после его ареста, - а это примерно совпало по времени, - были кульминацией в анализе накопленных гестапо сведений о деятельности "Красной капеллы". И вслед за арестом Харро Шульце-Бойзена началась ее ликвидация.
Уже с середины 1942 года гестапо установило слежку за Харро Шульце-Бойзеном и начало прослушивание его телефона, организовало сбор данных о связанных с ним лицах. Контрразведка рассчитывала получить дополнительные улики и выявить всех участников Сопротивления. Но этот план зондеркоманды "Роте капелле" неожиданно был сорван Хорстом Хайльманом, сотрудником службы радиоперехвата. Молодой человек буквально боготворил Харро Шульце-Бойзена, под его влиянием отошел от нацистских взглядов и готов был помогать в борьбе против фашистов за будущую демократическую Германию. Хайльман сообщил Шульце-Бойзену, что на службе заведено многотомное дело "Роте капелле" и дешифровальщики долго бились над тем, чтобы установить, кто скрывался под псевдонимами, и, кажется, им это удалось сделать...
31 августа 1942 года в служебном кабинете в министерстве авиации Шульце-Бойзен был арестован, а за его рабочий стол посадили гестаповца, отвечавшего на телефонные звонки и спрашивавшего, кто звонил и что намеревался сообщить обер-лейтенанту. Гестапо хотело как можно дольше сохранить в секрете арест антифашиста. Но Хайльман, удивленный появлением в кабинете своего друга неизвестного лица, догадался, что стоит за этим, и предупредил жену Шульце-Бойзена о беде и необходимости срочно скрыться. Он спрятал личные бумаги и кое-что из бумаг своего арестованного друга. Но на большее у Хайльмана не осталось времени. 5 сентября он явился на службу и был арестован. Массовые аресты гестапо произвело в середине сентября.
В конце сентября 1942 года число арестованных только в Берлине составило около семидесяти человек, в конце ноября - уже больше сотни.
По распоряжению руководства РСХА делу "Красной капеллы" был придан один из высших грифов секретности - "Секретное дело командования": то, что группа немецких патриотов выступила против нацистского режима, мог знать лишь до предела ограниченный круг людей.
Допросы арестованных следователи проводили в особом режиме, руководствуясь директивой рейха от 12 июня 1942 года "О более жестоком ведении допросов" в отношении коммунистов, марксистов, священников, саботажников, террористов, членов движения Сопротивления, забрасываемых парашютистов, бродяг, а также лиц советской и польской национальностей. Безжалостное избиение, любые пытки при этом считались допустимыми.
Харро Шульце-Бойзен, как и другие антифашисты, мужественно вел себя в застенках гестапо. По утрам он делал физзарядку, чем выводил из себя его мучителей...
С точки зрения обычного ведения следствия уложиться для завершения его в поставленные Гитлером сжатые сроки - до конца декабря 1942 года - было невозможно. Поэтому германский трибунал пошел на хитрую уловку: все участники дела были разбиты на группы по шесть человек и их дознание велось параллельно. Обвиняемых было много, а свидетели практически отсутствовали. В связи с этим показания одних арестованных в ряде случаев использовались в качестве обвинения против других задержанных.
В последнем слове обвиняемые заявили, что они действовали сознательно в интересах Германии, стремясь предотвратить неизбежное тяжелое поражение в войне. Будущее страны они связывали с подлинной демократией, социальной справедливостью, миролюбивой политикой и ее международным авторитетом, которые можно было обрести, опираясь прежде всего на СССР. Союз же с западными странами, по их мнению, сулил Германии новое унижение, пострашнее Версальского мирного договора, подписанного Германией после первой мировой войны. Говорилось также о собственном пути развития послевоенной Германии. В письмах к родным, дошедших до нас, осужденные говорили о большой любви к своим близким, к жизни, родине, о правильности избранного ими пути борьбы, выражали мнение, что память о них не угаснет и будет светлой.
В докладной записке Гиммлеру шеф гестапо Мюллер писал: "Как явствует из протоколов допросов, подсудимые боролись не только против национал-социализма. В своем мировоззрении они настолько отошли от идеологии Запада, который считали безнадежно больным, что видели спасение человечества только на Востоке".
Когда Гиммлер пришел к Гитлеру с приговором имперского военного суда по делу первых двенадцати осужденных, в том числе Харро и Либертас Шульце-Бойзен, Арвида и Милдред Харнак и других, в котором все приговаривались к смертной казни, кроме Милдред Харнак, осужденной на шесть лет тюрьмы, и графини Эрики фон Брокдорф, получившей десять лет тюремного заключения, Гитлер пришел в бешенство.
- И это приговор трибунала людям, недостойным называться немцами?! Нет, за их деяния - только смерть!
Гитлер вызвал стенографистку и продиктовал ей распоряжение: утвердить всем смертные приговоры - мужчин казнить на виселице, женщин - на гильотине. Дела М. Харнак и фон Брокдорф направить на пересмотр новому военно-полевому суду (обе мужественные женщины были обезглавлены в 1943 году).
Со дня первой казни и по октябрь 1943 года были казнены на виселице тридцать один мужчина и обезглавлены на гильотине восемнадцать женщин. Семь человек покончили с собой во время следствия, семь были отправлены в концлагеря, двадцать пять - на каторгу с различными сроками наказания, восемь - на фронт, несколько человек расстреляны.
Если вожди нацистского режима полагали, что арест ведущих членов "Красной капеллы" поставил точку в немецком Сопротивлении, то они жестоко ошибались. Последующие события подтвердили это. Как признавал в своих мемуарах начальник политической разведки гитлеровского рейха Шелленберг, нацистам так и не удалось добиться полного прекращения борьбы "Красной капеллы".
Подвиг антифашистов был высоко отмечен в СССР. Указом Президиума Верховного Совета СССР от октября 1969 года "группа немецких граждан за активное участие в борьбе против фашизма, помощь Советскому Союзу в период Великой Отечественной войны и проявленные при этом мужество, инициативу и стойкость" награждалась боевыми советскими орденами. Отмечены высокими наградами 32 человека, из которых 29 - посмертно. Около половины из них члены организации "Старшины" - "Корсиканца".