Отношения Терезы и Дешартра освещены с большой психологической глубиной. Однако любовная драма отнюдь не играет здесь самодовлеющей роли. Она неразрывно связана с основной философско-психологической проблемой романа — проблемой взаимоотношения мысли и чувства, которая проходит через все творчество Франса и в «Красной лилии» получает новое разрешение, прежде всего в образе Дешартра.
Трагедия Дешартра — в его обостренном интеллектуализме, мешающем ему как человеку и художнику: размышления отвлекают его от творчества и губят его любовь; его ревность — плод его болезненной мысли. Характерно и отвращение Дешартра к политике. Он презирает политику не только потому, что политиканы Третьей республики действительно достойны презрения; ему, человеку интеллекта, чуждо всякое действие вообще, в том числе и политическое. Дешартр противопоставляет себя окружающей действительности, не видя в ней ничего, достойного внимания, и вместе с тем в поисках своих художественных идеалов теряет ощущение реальной жизни. Это типичный художник «конца века» — периода широкого распространения декадентства. Развенчивая Дешартра, Франс тем самым отвергает попытку уйти от реальной действительности в замкнутый мир чистой мысли.
Идея, заложенная в образе Дешартра, получает своеобразное подтверждение и в образе Вивиан Белл. Так же, как ее прототип, английская писательница Вернон Ли, она не живет по-настоящему, а как бы «эстетизирует» жизнь, принимая в ней только то, что связано с искусством. Поэтому она плохо разбирается в людях, и ее первое серьезное увлечение — насквозь фальшивый князь Альбертинелли.
С точки зрения Франса, люди, подобные Дешартру или Вивиан Белл, всегда противопоставляют себя народу, «толпе», они антидемократичны. Дешартр враждебно говорит о революции, а Вивиан Белл ценит народность только в искусстве и резко выступает против равенства в общественной жизни, которое понимает как всеобщую нивелировку.
Прежде Франс прославлял чувство как единственно действенное творческое начало. В период создания «Красной лилии» он приходит к убеждению, что одним только чувством и инстинктивным действием невозможно преодолеть социальное зло. Для того чтобы спасти и исправить общество, нужно сочетать мысль и действие.
Философско-психологическая проблема мысли и чувства, мысли и действия становится для Франса важнейшей общественной проблемой, и в этом отражается растущее возмущение писателя буржуазной современностью, его желание включиться в общественную борьбу.
Поэта, христианского социалиста Шулетта, отвергающего мысль ради наивного чувства, Франс осуждает так же, как осудил Дешартра. В отличие от Дешартра, Шулетт живет чувством, а не мыслью, и творит легко, талантливо и просто. Но как только он переходит из области творчества в область практической жизни, он становится фальшив. Его нападки на разум, восхваление безумных и смиренных — в значительной мере поза, так же как и расшитая цветами красная котомка, экстравагантные выходки и манера одеваться. Эпизодический образ убогого флорентинского сапожника, которым восхищается Шулетт, еще раз развенчивает и самого Шулетта и его идеалы.
Создавая образ Шулетта, Франс использовал многие черты французского поэта-символиста Поля Верлена и частично — клерикального публициста Николардо. Вместе с тем он вложил в уста Шулетта и свои собственные политические идеи: Шулетт бросает резкие обвинения французской революции конца XVIII в. как революции буржуазной, страстно обличает современную ему демократию, основанную на социальном неравенстве, и мечтает о будущем справедливом строе. Но путь к всеобщей справедливости он видит в религии, в христианском социализме, и здесь Франс остро иронизирует над своим героем.
Оторванным от жизни мыслителям, проповедникам бездумного чувства и дельцам-политиканам противопоставлена героиня романа как образец гармоничного человека, соединившего в себе глубину чувства и тонкую работу мысли. Именно в этом оправдание Терезы, секрет ее жизненной силы и даже возможность дальнейшего счастья после трагического разрыва с Дешартром.
Важнейшая задача Франса заключалась в изображении социальной среды, в которой живут его основные герои. В «Красной лилии» показаны несколько общественных сфер: французское светское общество конца XIX в., академические круги, мир искусства, высшие политические и военные сферы Третьей республики. Круг наблюдений здесь значительно шире, чем в любом салонном романе.