21 февраля 1906 года в газете «Друг» появилось сенсационное сообщение: «Лица, обвиняемые в составлении разбойничьей шайки, совершавшей вооруженные нападения по оргеевскому тракту, в Ганчештах, Костюженской лечебнице, Рышканском лесу и в г. Кишиневе… задержаны вечером 18 февраля чинами кишиневской городской полиции и изобличаются в указанных преступлениях как собственным признанием, так и показаниями свидетелей, так и найденным при задержании поличным. Задержанные лица переданы судебной власти. Наконец-то население, благодаря энергичной деятельности полиции, может вздохнуть с облегчением. Требовались исключительные меры, чтобы задержать эту шайку, организованную очень искусно, имевшую много агентов в домах и действовавшую необыкновенно дерзко».
Котовский оказался в том самом Кишиневском тюремном замке, где уже побывал в юности, когда его мучили «делом» о подложной характеристике. Начинался новый период жизни — жизни в неволе.
Почти семь лет под неусыпным глазом охраны… В Кишиневском тюремном замке; в Николаевской каторжной тюрьме («Одиночный режим… с прогулкой 15 минут в сутки и полной изоляцией от живого мира. На моих глазах люди от этого режима гибли десятками», — писал Г. И. Котовский); в Смоленской тюрьме. Наконец, каторжный труд в далеком Нерчинском крае — в рудниках горного Зерентуя, на Казаковских приисках, на строительстве Амурской железной дороги… Какие же внутренние силы нужны были, чтобы не только вынести все это, а и выйти из этого ада еще более сильным, более закаленным человеком.
Монархическая газета поторопилась сообщить о «собственных признаниях разбойников». Котовский и в тюрьме не поступился своей волей и верой в правду. В Кишиневской тюрьме он категорически не подчинился требованию сменить свою обычную одежду на ту, в которую облачали профессиональных убийц.
Накануне суда Котовский, закованный в ручные и ножные кандалы, одет, как на воле, — на нем костюм, шляпа, высокие сапоги. Та же газета неистовствовала по этому уже не столь существенному поводу: «Уголовные арестанты, грабители и убийцы облачаются обыкновенно в арестантские халаты, как и подобает пр чину. Котовский же почему-то составляет исключение: одет он щегольски, держит себя нагло, развязно, вызывающе, защищается нахально, словом «герой дня» да и только. Кажется, что если адвокатам больше нравится видеть арестанта прилично одетым, то лучше всего было бы облачить Котовского во фрачную пару, а на ноги вместо кандалов надеть изящную цепочку от часов. Так было бы эффектнее».
Мир уголовщины был глубоко чужд Котовскому. Известно немало случаев стычек Григория Ивановича с убийцами, ворами, пытавшимися насаждать среди арестованных свои порядки. В Кишиневской тюрьме кроме официального порядка был еще и «порядок», установленный вожаками уголовников. Урки бессовестно обирали арестантов, заставляли их работать на себя, унижали человеческое достоинство заключенных, за неподчинение били, случалось и убивали. Но так было до появления в тюрьме Г. И. Котовского. Новый заключенный объявил, что отныне все будет иначе. И уголовники стали плести вокруг него заговоры. Котовского пытались ошпарить кипятком, нападали на него с ножами… Но трудно было осилить или перехитрить этого сильного и умного человека.
Начался негласный поединок Котовского и вожака шайки профессиональных убийц Загари. Григория Ивановича предупредили о готовящемся нападении, некоторые из друзей советовали поостеречься, не вступать в конфликт с Загари. Но Котовский, напротив, сам искал повода, чтобы проучить главаря тюремных уголовников. Во время одной прогулки Загари и еще три бандита подошли к Котовскому и стали оскорблять его. Котовский нанес Загари удар такой силы, что бандит, слывший силачом, мячиком отлетел на мостовую. Между уголовниками и остальными арестантами завязалась драка, в ход пошли булыжники, железные прутья… С этого дня в арестантских камерах последнее слово всегда было за Котовским.
Следствие длилось больше года. Котовский и его товарищи на всех допросах твердили одно: главная цель их акций заключалась в стремлении помочь народу. Да, они забирали деньги и драгоценности у богатых, но большую часть их отдавали крестьянам, себе оставляли ровно столько, чтобы хватало на оружие, одежду и оплату жилья.
Суд вынужден был признать красноречивый факт: при аресте у Котовского не было обнаружено ни денег, ни драгоценностей. Облик бескорыстного защитника народа вызывал у трудовой Бессарабии бесконечные симпатии. К «делу» Котовского было приковано внимание миллионов сочувствовавших ему людей. Бывший адвокат Григория Ивановича, защищавший его на этом процессе, В. Городецкий уже в советское время писал: «Когда один человек, неимущий, отнимает часть имущества у другого, имущего, то обыкновенно он это делает в личных интересах, для себя и только для себя. Это просто и понятно всем.