После этого обвиняемые «первой группы» сами взяли на себя защиту. Но их цели отличались от целей адвокатов. Предотвратить смертный приговор не было их первой заботой. Они также не стремились к исключительно юридической защите — процесс, на их взгляд, был методом политической борьбы. Если большевики смотрели на процесс как на политическую демонстрацию против эсеров, эсеры, наоборот, хотели превратить процесс в политическую демонстрацию против диктатуры большевиков, обвинить обвинителей.
В центре внимания на процессе стояло покушение Фанни Каплан на Ленина: обвинительное заключение, базируясь на показаниях Семенова и других, гласило, что покушение было совершено по поручению членов ЦК ПСР. Подсудимые отрицали обвинение. Хотя доказательства были на стороне обвиняемых, суд все же принял версию Семенова.
По версии Семенова, в эсеровских партийных организациях культивировались террористические методы. Эсеры Гоц, Ратнер и Чернов неоднократно выступали с заявлениями о необходимости террора. За применение террора высказывались целые эсеровские организации (петроградская, харьковская).
Наконец, в феврале 1918 года ЦК партии эсеров официально обсуждал этот вопрос. На заседании выявились две точки зрения: одни (В. М. Чернов и другие) высказывались за террор, другие (М. С. Сумгин) — считали невозможным применение террора против Советского правительства и большевиков. Победили сторонники террора. Однако принятое решение держалось в секрете. На суде эсеровские руководители уверяли, что ЦК партии принял большинством голосов отрицательное решение о терроре.
Первые попытки организовать антисоветский террор предпринимались отдельными эсерами и местными эсеровскими партийными организациями. В частности, в Петрограде зародился план — устроить взрыв поезда Совнаркома во время переезда правительства из Петрограда в Москву, а эсеровская активистка Коноплева обещала совершить покушение на В. И. Ленина.
Замысел у сотрудницы петроградского комитета партии эсеров Коноплевой возник в феврале 1918 года. О своем намерении она сообщила руководителю военной работы при ЦК партии эсеров Б. Рабиновичу и члену ЦК А. Гоцу. Заботясь о том, чтобы партия не несла ответственности за покушение, Коноплева предложила придать покушению форму «индивидуального акта». Это означало, показывала позже на суде Коноплева, что «акт должен совершиться с ведома партии, с ведома ЦК, но я, идя на это дело, не должна была заявлять, что это делается от имени партии, и даже не должна была говорить, что являюсь членом партии».
Рабинович и Гоц от имени партии санкционировали задуманное Коноплевой покушение. В марте Коноплева вместе с приглашенным ею эсером Ефимовым выехала из Петрограда в Москву для осуществления своего замысла. В организации слежки за В. И. Лениным, добывании оружия, финансировании «предприятия» Коноплевой оказывали содействие находившиеся в Москве члены ЦК партии эсеров В. Рихтер и Е. Тимофеев.
ЦК партии эсеров старался организовать дело так, чтобы на него не пала ответственность за террористический акт. Гоца, который приехал в Москву, очень испугало впечатление, произведенное на него Коноплевой. Она выглядела «душевно удрученным и морально разбитым человеком». Такой человек мог, конечно, «подвести».
Гоц, согласно его показаниям, сказал Коноплевой: «Бросьте не только вашу работу, которую вы ведете, но бросьте всякую работу и поезжайте в семью отдохнуть».
В этот раз покушение на жизнь В. И. Ленина не состоялось.
В мае 1918 года начальник эсеровской боевой дружины в Петрограде Семенов предложил образовать при ЦК партии «центральный боевой отряд» и начать организованный террор против представителей Советской власти. Члены ЦК партии Гоц и Донской, с которыми Семенов вел переговоры об этом, дали от имени партии санкцию на образование такого отряда под начальством Семенова. Тот привлек в отряд эсеров, которые и раньше действовали в этом же направлении (Коноплеву, Иванову-Иранову, Усова, Сергеева и других), и отряд начал свою работу.
Решено было убить В. Володарского, М. С. Урицкого и других. Эти цели были тайно санкционированы членами ЦК эсеровской партии. В результате 20 июня был убит В. Володарский.