Вячеслав Менжинский был третьим ребенком в семье. У него был еще брат Александр, почти на 10 лет старше. С братом Вячеслав не дружил ни в детстве, ни в зрелые годы. Получив образование, Александр стал экономистом, работал в банке, впоследствии занимался финансовыми вопросами.
Кроме брата, у Вячеслава были еще две сестры: Вера — старше на два года и младшая — Людмила, родившаяся в январе 1876 года.
В раннем детстве Вячеслав был задумчивым, не любившим шумных игр мальчиком. Он очень дружил с сестрами, особенно с Людмилой. Младшие дети (Саша уже считался взрослым) вместе играли, вместе слушали по вечерам детские сказки, которые рассказывала им мать. Мария Александровна была любящей матерью. Такой же была и ее близкая подруга Поликсена Степановна Стасова. Они всю жизнь дружили, не могли и трех дней прожить, не увидевшись, не поговорив о детях, об общих делах. Не удивительно, что и дети их были очень дружны между собой. Частые встречи и совместные игры, чтение книг у Стасовых или у Менжинских, а летом — прогулки, купания сдружили детей. Дочь Стасовой Лена учила маленького Вячеслава плавать. Дружба Вячеслава с сестрами, с Еленой Дмитриевной Стасовой прошла глубокой бороздой через всю их жизнь.
Когда дети немного подросли, Мария Александровна читала им басни Крылова, произведения Пушкина. На материнском столике всегда была какая-нибудь книга русских сказок или русских классиков, которые она по вечерам пересказывала детям. Это она внушила им первые понятия о добре и зле, о честности, о любви к людям.
Мария Александровна научила детей читать, писать и считать. Сама готовила их к гимназии. Она нередко упрекала отца в том, что он недостаточно внимания уделяет воспитанию своих детей. Хотя, может быть, была и не права. Рудольф Игнатьевич был человеком образованным, деятельным и хорошим отцом. Он оказал большое влияние на воспитание детей и своими беседами и своими книгами.
У Рудольфа Игнатьевича была хорошая библиотека. В ней было много книг — исторических, философских, по естественной истории, беллетристики: Плутарх и Юлий Цезарь, Соловьев и Карамзин, Грановский и Шлоссер, Пушкин и Лермонтов, Герцен и Белинский, Добролюбов и Чернышевский. Эти книги сыграли огромную роль в умственном развитии и образовании детей Менжинского. Любимым занятием Вячеслава, как только он научился читать, стало чтение книг, особенно исторических. Он забирался куда-либо в укромный уголок и, позабыв обо всем на свете, с упоением читал Плутарха и Тацита, «Историю государства Российского» И. М. Карамзина, «Капитанскую дочку» и «Историю пугачевского бунта» Пушкина. Интерес к событиям дней минувших вызывался также и постоянными беседами отца и деда. История осталась любимой наукой Вячеслава до конца жизни.
Тетя Маня — это Мария Васильевна Трубникова, частый гость в семье Менжинских.
Весь быт семьи Менжинских, как и их друзей Стасовых, Трубниковых, Бекетовых, был пронизан интересом к просвещению, культуре, передовым идеям эпохи. Поэтому не удивительно, что огромный интерес у мальчика вызывали Пушкин и Лермонтов, Некрасов и Крылов, о поэзии которых в семье шли непрерывные разговоры.
«Маленький Вячеслав, — вспоминала Вера Рудольфовна, — запоем читает стихи. И в его увлечениях рядом с историей стала поэзия. Он особенно увлекался Лермонтовым:
…Мерный звук твоих могучих слов Воспламенял бойца для битвы…»
Шестая Петербургская гимназия была типичной классической гимназией, главным назначением которой было вырастить преданных царю слуг, нерассуждающих чиновников. Для классической гимназии был характерен односторонний, оторванный от жизни классицизм с упором на преподавание древних языков. Естествознание изучалось только в начальных, первом и втором классах, география — с первого по пятый класс. Немного было часов и математики с физикой. Главными предметами были закон божий, древние языки — латинский и греческий, на них отводилось больше сорока процентов времени, современный иностранный и русский языки.
Старшая сестра Вера в своих воспоминаниях писала: «Часто можно было застать Вячеслава Менжинского в такой позе: на столе учебник, а на коленях совершенно посторонняя гимназической учебе книга».
В младших классах Вячеславу особенно нравилась естественная история. Но даже этот предмет преподавали в гимназии так сухо, без каких-либо опытов и наблюдений над живой природой, что интерес к нему наверняка бы угас, если бы не принес однажды отец домой книгу Брема «Жизнь животных». Читая Брема, Вячеслав уносится мыслями в таежные дебри Сибири, камышовые заросли на берегах Аму-Дарьи, в азиатские джунгли и африканские саванны, где жили удивительные животные, росли невиданные деревья, в ветвях которых распевали песни неведомые птицы. Вслед за Бремом осилена «Философия зоологии» Ламарка и буквально «проглочены» сказочные приключения охотников и путешественников из журнала «Природа и охота», принесенного в гимназию кем-то из товарищей.