7 января 1519 г. генеральный инквизитор Испании Алонсо Манрике официально уполномочил первого епископа Пуэрто-Рико Алонсо Монсо и вице-провинциала доминиканского ордена в Индиях Педро де Кордоба, в ведении которого находилась инквизиция, выполнять по совместительству обязанности "апостолических инквизиторов во всех городах, селениях и местах островов Моря-океана, с правом назначать нотариусов, приставов, следователей и других чиновников, необходимых для организации деятельности "святой службы" (santo oficio – одно из наименований трибунала инквизиции) (Medina J. Т. La primitiva Inquisition Americana. Santiago de Chile, 1914, p. 76-77).
Со смертью Кордобы в 1525 г. инквизиторские функции стал выполнять доминиканец Томас Ортис, обосновавшийся с 1526 г. в Мексике. Затем эти функции перешли к главе доминиканцев в Мексике Доминго де Бетансос, а в 1528 г. – к Висенте де Санта-Мария. С 1532 г. обязанности инквизитора выполняет епископ Хуан Сумаррага, который в 1535 г. официально назначается апостолическим инквизитором по совместительству. По мере того как расширялись испанские завоевания в Новом Свете и организовывались новые административные единицы, а соответственно и новые епархии, их руководители – епископы и другие церковные иерархи – в свою очередь наделялись правами инквизиторов.
Это так называемая "начальная" эра в деятельности колониальной инквизиции, соответствовавшая периоду конкисты, завершается в 1569 г., когда в заморских владениях Испании создаются отдельные "священные" трибуналы во главе с особо назначаемыми короной и церковными властями инквизиторами.
Кого же преследовали, с кем расправлялись инквизиторы в Индиях? В первую очередь с теми же "новыми христианами", которые устремлялись за океан в надежде укрыться в этих далеких и неведомых землях от беспощадных преследований инквизиции. Часть из них попадала в колонии непосредственно из Испании. В 1507 г. "новым христианам" за крупную сумму разрешили проживание и занятие торговлей в Индиях в течение двух лет (Friedlander G. Los Heroes Olvidados. Santiago, 1966, p. 11). Многие, попав за океан, меняли фамилии и оседали там на постоянное жительство. В 1522 г. специальным распоряжением Карла V въезд "новым христианам" в Индии был строжайше запрещен, тем не менее они продолжали прибывать в колонии, в частности через Португалию, куда в конце XV в. бежали многие кастильские иудеи, не принявшие католичество. В период объединения Португалии с Испанией в 1580-1640 гг. им был открыт путь в американские колонии. Оседая сначала в Бразилии, иудеи перекочевывали оттуда в испанские колонии Америки уже под видом христиан – "португальцев". В 1639 г. только в Лиме (Перу) таких "португальцев" насчитывалось около 2 тыс. Вылавливанию, разоблачению и наказанию этих мнимых врагов католической веры инквизиторы уделяли первостепенное внимание.
Конечно, риск разоблачения, угрожавший "новым хиристианам", был большой, но еще большим казался соблазн быстро обогатиться в колониях и с помощью золота обеспечить себе безопасность. Именно безопасность в первую очередь искали эти люди, за которыми в течение столетий с такой беспощадной настойчивостью охотилась инквизиция, подчеркивает французский историк Пьер Шоню (Chaunu P. Inquisition et vie quotidienne dans l'Amerique Espagnole au XVII e. siecle. – "Annales. Economies, Societes, Civilisations", Paris, 1956, N 2, p. 333). В застенках инквизиции их ожидали мучительные пытки, в лучшем случае они отделывались сечением плетьми, долголетней каторгой и лишением всего состояния. Как правило, репрессии обрушивались на всю семью, на близких и дальних родственников. Если же несчастные отстаивали свою веру, то "кемадеро" (Кемадеро – место сожжения еретика) был тем местом, где они испускали свой последний вздох на земле.
Через застенки инквизиции в Индиях прошло также немало французов, фламандцев, итальянцев, немцев – подданных испанского короля, владения которого в XVI в. охватывали почти половину Западной Европы.
Хотя въезд неиспанцам в Индии был строго запрещен (а впоследствии и выезд без особого на то разрешения), все-таки некоторые из них, влекомые неудержимым желанием разбогатеть, ухитрялись преодолеть все препятствия и проникнуть в запретную для них зону Нового Света. По неполным данным, иностранцы составляли 5,5% общего числа (5481 человек) европейцев, эмигрировавших в Америку в период конкисты Антильских островов (1493-1519), и 9% (из 13262 человек) – в период завоевания Американского континента (1520-1539). Среди последних 192 португальца, 143 итальянца, 101 фламандец, 53 француза, 42 немца, 12 греков, 7 англичан, 3 голландца, 2 ирландца, 1 шотландец и 1 датчанин (Boyd-Bowman P. La emigration peninsular a America: 1520-1539. – "Historia Mexicana", 1963, v. XIII, N 2, p. 165-166). По всей вероятности, многие из них проникли в колонии под видом матросов или пассажиров, подкупив испанских чиновников. Эти иностранцы считались колониальными властями и действовавшими по их указаниям инквизиторами ненадежными и враждебными элементами. Их огульно подозревали в лютеранских симпатиях, арестовывали, подвергали пыткам, они кончали свою жизнь на каторге или кемадеро. Особенно беспощадно инквизиция расправлялась с попадавшими в ее руки англичанами – пиратами, контрабандистами, искателями приключений.
Иностранцев, обвиненных главным образом в симпатиях к протестантизму, до официального установления инквизиционного трибунала в 1569 г., т. е. в период действия "начальной" инквизиции, по далеко не полным данным, только в Новой Испании было осуждено 19 человек, среди них итальянцы, французы, фламандцы, греки, англичане. Все они признали себя виновными в отступничестве и отделались сравнительно легкими наказаниями: публичным покаянием на аутодафе, тюрьмой или высылкой в Испанию. Среди осужденных был золотых дел мастер чех (богемец) Андрее Мораль, который, по-видимому, опасаясь преследований инквизиции, часто менял фамилию. В 1536 г. Сумаррага осудил его за симпатию к Лютеру на публичное покаяние в позорном одеянии-санбенито, конфискацию имущества и высылку в Испанию. Английский купец Роберт Томсон родом из Дувра, пробравшийся в Мексику в 1555 г., опасаясь пыток, отрекся от своей веры и принял католичество. В 1560 г. он был осужден на ношение в течение двух лет санбенито и на один год тюрьмы в Испании. Отсидев свой срок в Севилье, Томсон бежал в Англию, где впоследствии опубликовал воспоминания, являющиеся первым известным нам документальным свидетельством о действиях инквизиции в испанских колониях.
Более строго судили по подозрению в протестантстве в вице-королевстве Перу, где по решению архиепископа Лимы был сожжен на костре фламандец Хуан Миллер.
Инквизиция стремилась также выловить сторонников гуманизма, последователей Эразма Роттердамского, правдолюбцев, осуждавших разнузданный образ жизни духовенства и жестокости колонизаторов.
Наконец, различного рода богохульники, двоеженцы, приверженцы магии, оккультизма, колдовства, читатели запрещенных книг и им подобные "последователи дьявола" усердно преследовались инквизицией, особенно если имели какое-либо состояние. Последнее обстоятельство играло немаловажную роль при выборе жертв, ибо "труд" инквизиторов оплачивался из фондов, конфискованных у "преступников". Таким образом, колониальные инквизиторы, как и их коллеги в метрополии, были не только профессионально, но и материально заинтересованы в преследовании еретиков.
В период конкисты инквизиторы преследовали индейцев, обвиняя их, как это делалось в Испании по отношению к "новым христианам", в тайной приверженности их прежней вере.
Церковники применяли к краснокожим "новым христианам" те же средства воздействия, которыми пользовался Торквемада в Испании. Первая из известных жертв инквизиции в Америке – индеец Маркос из местности Акольуакан (Мексика), арестованный по обвинению в вероотступничестве в 1522 г. О постигшей его каре подробностей не сохранилось, как нет данных и о многих других жертвах инквизиции, дела которых утеряны, сожжены патриотами в период ликвидации "священного" трибунала или впоследствии уничтожены самими церковниками. Не исключено, что Маркоса постигла участь другого индейца – Франсиско Мартина де Валенсия, казненного по обвинению в "идолопоклонстве" в 1520-х годах (Jimenez Rueda J. Herejias y supersticiones en la Nueva Espaiia. Mexico, 1942,p. 1).