При превышении своих полномочий президент использовал насильственные меры и применял вооруженную силу, что выразилось в блокировании здания Верховного Совета РФ в Москве, отключении его от водо- и электроснабжения, запрете на пропуск депутатов и граждан РФ в здание парламента, а потом привело к обстрелу Верховного Совета из танковых пушек и стрелкового оружия и к многочисленным жертвам. Штурм Белого дома сопровождался насилием, мучительными и оскорбляющими личное достоинство гражданина действиями со стороны военнослужащих Министерства обороны и Министерства внутренних дел.
Подчеркивалось, что Б. Ельцин не подпадает под действие Постановления Государственной думы от 23 февраля 1994 г. "Об объявлении политической и экономической амнистии", потому что он был не участником событий сентября-октября 1993 года, на которых распространялась амнистия, а организатором самих событий.
Третьим блоком обвинений в адрес президента явились события в Чеченской республике в 90-е годы. Комиссия отметила, что в период 1991-1994 гг. на территории Чеченской республики возникла чрезвычайная ситуация, вызванная тем, что Исполком общенационального конгресса чеченского народа и его лидеры при попустительстве, а иногда и при прямой поддержке федеральных властей незаконно захватили власть в Чечне, и в этой республике начались массовые нарушения прав человека.
Усугубляя положение в ноябре-декабре 1994 года, Б. Ельцин издает три указа. - No 2137 "О мероприятиях по восстановлению конституционной законности и правопорядка на территории Чеченской республики" от 30.11.94; No 2166 "О мероприятиях по пресечению деятельности незаконных вооруженных формирований на территории Чеченской республики и в зоне осетино-ингушского конфликта" от 9.12.94 г.; No 2169 "О мерах по обеспечению законности, правопорядка и общественной безопасности на территории Чеченской республики" от 11.12.94 г. Все эти указы противоречат положениям Конституции и действовавшим законам Российской Федерации. Этими указами президент фактически объявил режим чрезвычайного положения, введя правовые понятия "особого режима въезда и выезда", "особых форм управления", "особого порядка передвижения". В соответствии с Конституцией подобные указы должны выноситься на утверждение в Совет Федерации и публиковаться. Ничего этого Б. Ельцин не сделал.
Этими же указами президент самовольно наделил правительство полномочиями по применению силовых мер для разоружения незаконных вооруженных формирований. Ни Конституция, ни другие федеральные законы не предоставляли права президенту единолично решать вопрос о применении военных методов на территории Чеченской республики. И хотя в указах не говорилось о проведении крупномасштабных военных операций, но все должностные лица, которые давали показания комиссии, подтвердили, что эти операции осуществлялись в соответствии с его указаниями. Все основные действия по практическому введению элементов чрезвычайного положения на территории Чеченской республики, в том числе по проведению главных военных операций, согласовывались с ним.
Реализация "правовых" актов Б. Ельцина привела к применению насилия, повлекшего десятки тысяч человеческих жертв, материальному ущербу Российской Федерации в особо крупных размерах, нарушениям прав и свобод сотен тысяч граждан России.
Подчеркивалось, что президент пытался скрыть от общественности неконституционный характер своих указов, присвоив им гриф секретности и не допустив их публикации в печати, что является конституционным требованием для документов подобного рода.
Фактически объявляя о введении чрезвычайного положения в Чеченской республике, Б. Ельцин не создал никакого правового инструмента для контроля над обстановкой и ее нормализацией, что привело к хаосу в управлении всем процессом умиротворения Чечни.
Вывод был очевидным: президент превысил свои полномочия, нарушил Конституцию и вышел далеко за рамки правового поля, очерченного для него законами.
В четвертом пункте обвинений в адрес Б. Ельцина говорилось о сознательном ослаблении обороноспособности страны. Подписав Беловежские соглашения и ликвидировав систему союзных органов управления, Б. Ельцин тем самым разрушил единую систему управления войсками. На территории бывших союзных республик остались станции раннего предупреждения о ракетно-ядерном нападении, пункты базирования военно-морского флота, укрепленные пункты управления оперативно-стратегического назначения. Из шестнадцати военных округов, имевшихся в СССР, в России после подписания Беловежских соглашений осталось только восемь, из которых пять являлись тыловыми и потому не имели необходимой для пограничных округов военной техники. Самая современная общевойсковая техника осталась за пределами России - на Украине, в Белоруссии и Прибалтике. "В этих действиях комиссия установила наличие признаков государственной измены".
В результате использования Б. Ельциным властных полномочий Вооруженные силы России были фактически полностью развалены. В составе общевойсковых соединений Российской Федерации на момент составления доклада насчитывалось всего двенадцать полков постоянной боевой готовности. В их вооружении преобладают устаревшие образцы ракетной техники, практически отсутствуют современные противотанковые ракетные комплексы. Значительную часть бронетанковой техники составляют устаревшие образцы танков и бронетранспортеров. Не отвечают современным требованиям находящиеся на вооружении сухопутных сил боевые, транспортно-боевые и транспортные вертолеты. Многие из них находятся в неисправном состоянии и требуют ремонта.
В Военно-воздушных силах Российской Федерации количество исправных самолетов не превышает 55%. Истекает срок эксплуатации стратегических крылатых ракет воздушного базирования, к 2003 г. в составе стратегических ядерных сил России останется всего около 1000 боезарядов. Уже в настоящее время возможности стратегических ядерных сил Российской Федерации в 2,5 раза ниже ядерных сил США. Наряду с этим утрачена значительная часть кадрового, научно-технического и промышленного потенциала, практически остановилось воспроизводство и модернизация элементов стратегических сил.
В Военно-морском флоте Российской Федерации свыше 70% ракетных подводных крейсеров стратегического назначения требуют проведения заводского ремонта или отдельных работ по поддержанию их боевой готовности. Из имеющихся 26 атомных подводных лодок почти половина морально устаревшие. На остальных подводных судах количество боезарядов из-за окончания гарантийных сроков эксплуатации ракетных комплексов в 2003 г. должно сократиться на 75%.
Президент использовал свои властные полномочия не в интересах укрепления государства, а в целях создания класса крупных собственников, ставших опорой его власти. Военно-промышленный комплекс в результате оказался разрушенным. Комиссия установила: Б. Ельцин знал, что творимое им будет иметь тяжкие последствия для обороноспособности страны и сознательно шел на это. Государственная дума в 1995-1998 гг. неоднократно принимала постановления, обращающие внимание президента на крайне опасные для обороноспособности страны тенденции, развившиеся в оборонном комплексе и в Вооруженных силах РФ, но Б. Ельцин проигнорировал все эти обращения и постановления.
В итоге комиссия пришла к заключению, что она не нашла в действиях Б. Ельцина намерения оказать помощь иностранному государству и не сочла возможным выдвинуть против него обвинение в государственной измене, но признала, что он виновен в злоупотреблении должностными полномочиями и совершил тяжкие преступления. Далее следовали юридические ссылки на соответствующие статьи Уголовных кодексов РСФСР и РФ.
Пятым, заключительным пунктом обвинений был "геноцид российского народа". Комиссия констатировала крайне тяжелую демографическую обстановку в России, ставшую следствием той социально-экономической политики, которую проводило правительство по указам президента. Было отмечено, что численность населения страны за время правления Б. Ельцина сократилась на 4,2 миллиона человек только за счет естественной убыли. Число родившихся детей сократилось с 1,7 миллиона в 1991 г. до 1,2 миллиона в 1997 г., в то время как число покойников подпрыгнуло за этот же отрезок времени с 2 до 4,2 миллиона. Все демографические прогнозы, составляемые официальными государственными учреждениями, предсказывают дальнейшую депопуляцию России в обозримом будущем.