Столь быстрые успехи Сельджукидов в завоеваниях в известной степени были связаны с их последовательной поддержкой суннизма. Они всячески обласкивали суннитское духовенство и дервишских шейхов. Для укрепления традиционной исламской идеологии Низам аль-Мульк создал специальное учебное заведение – медресе, получившее по имени своего основателя наименование «Низамийа», в котором готовили теологов, способных защитить суннитскую доктрину. Позднее по образцу «Низамийа» стали создаваться аналогичные учебные заведения и в других областях исламского мира.
Изначально Сельджукиды рассматривали свою империю как собственность единой семьи, а не отдельных членов рода. На практике же со временем сельджукский режим обретал все более монархическо-абсолютистский характер, и глава всего тюркского клана превратился в единовластного султана, переняв у аббасидских халифов деспотические методы управления. Формально считая себя военачальниками Аббасидов, сельджукидские султаны захватили власть, которой беспрекословно должны были подчиняться все тюрки-завоеватели.
В период сельджукских завоеваний такое единоначалие мотивировалось и оправдывалось общностью цели всех участников походов. Но по мере упрочения власти Великих Сельджуков центробежные тенденции в государстве стали усиливаться. Возникло противоречие между стремлением к централизации управления со стороны султана и исконной сельджукской традицией управлять государством всем кланом, а не при посредстве одного сильного правителя. Каждый член разросшейся сельджукидской династии считал себя вправе иметь в общем государстве собственный удел, на который бы лишь частично распространялась власть султана. С конца XI века сельджукская знать более не была заинтересована в сильной центральной власти и стала проявлять сепаратистские тенденции.
В последние десятилетия XI века в государстве Великих Сельджуков наблюдалось все большее ослабление авторитета центральной власти. Не подчинявшиеся никакой дисциплине члены династии и эмиры-военачальники, правившие в различных областях империи, выходили из повиновения султану. Хотя Низам аль-Мульк прилагал все старания, чтобы сохранить управление в своих руках, подчас действуя даже вопреки воле самого султана, чьим опекуном и воспитателем он был в прошлом, его усилий часто оказывалось недостаточно, чтобы сохранить единство государства.
Все его попытки заменить федерацию членов рода централизованным абсолютизмом по образцу сасанидской модели терпели неудачу из-за слабости центральной администрации и недостатка материальных ресурсов. Экономически могущественные области исламского мира (Центральная Азия и Египет) находились за пределами сельджукской державы, а центральные области государства (Ирак и Сирия) испытывали большие экономические трудности.
Ослабление контроля Сельджукидов над Сирией имело своим последствием стремление больших и малых городов страны к независимости, причем это движение обычно возглавлялось богатой городской аристократией, которая в таких больших городах, как Дамаск и Алеппо, не претендовала на формальную независимость от сельджукского султана, но готова была сотрудничать с ним через городских глав (раисов), имевших в своем распоряжении местную полицию (ахдас). Такого рода местное самоуправление сложилось в этих городах еще в X–XI веках и позволяло им пользоваться полнейшей автономией.
Пережитком сельджукской концепции семейного суверенитета был обычай дарования вотчины в пограничных провинциях сыновьям и родственникам султана, получавшим титул «малик» (царь). Так, брат Малик-Шаха Тутуш считал себя вправе претендовать на особый удел, и, завоевав по приказу султана Центральную и Южную Сирию со столицей в Дамаске, он не только удержал эту область в своих руках, но даже назначил одного из своих приближенных по имени Ар-тук правителем Иерусалима в качестве своего вассала. Бессильному Малик-Шаху ничего не оставалось, кроме как передать Тутушу захваченные земли в дар как вотчину. Позднее, после смерти Малик-Шаха, Тутуш даже пытался захватить власть в султанате, но потерпел поражение в 1095 году в сражении с войском султана Беркийарука (1094–1105). После смерти Тутуша в 1095 году его владения были поделены между его сыновьями – Ридваном, правившим в Алеппо, и Дукаком, правителем Дамаска. Они продолжали носить титулы «маликов» и, номинально оставаясь вассалами султана Великих Сельджуков, при слабых преемниках Малик-Шаха фактически обрели полную независимость.