Особую роль в судьбах провинций сельджукской империи играл специфический для сельджукского государства институт атабегов. Изначально сельджукские завоевания носили характер миграции на запад тюрков-огузов, но, когда завоевания были завершены, султан, будучи правителем обширной империи, ощутил необходимость в создании дисциплинированного, лично ему преданного войска, способного держать под контролем самих огузов. Войско это комплектовалось из рабов-мамлюков, привозимых из Центральной Азии. Пребывавших в язычестве тюрков обращали в ислам, обучали военному делу и, включив в придворную гвардию, предоставляли им свободу.
Двигаясь по служебной военной лестнице, эти бывшие рабы могли достичь должностей эмиров, правителей в провинциях и высокопоставленных придворных. Должность атабега была для мамлюков одной из самых заманчивых. Слово «атабег» имело чисто тюркское происхождение. Оно происходило от соединения двух слов «ата» (отец) и «бег» или «бек» (военачальник).
Атабегов на первых порах приставляли в качестве воспитателей-дядек и наставников к юным сельджукским принцам-наследникам. Если подопечный атабега получал вотчину или назначение наместником провинции, атабег становился его регентом и, по сути, обретал власть над его владениями.
Так, после смерти в 1104 году Дукака его бывший воспитатель (атабег) Тугтегин продолжал править Дамаском в качестве атабега его малолетнего сына, а после смерти ребенка он правил городом уже как независимый властелин до самой смерти в 1128 году. После смерти Тугтегина власть над Дамаском перешла в руки его сына – Бури, основавшего целую династию правителей города – Буридов (1104–1146). Брат Дукака Ридван властвовал в Алеппо и Химсе, но, когда в 1097 году он рассорился со своим атабегом Джанахом ад-Даула, тот захватил Химс и стал независимым правителем этого города.
Не менее успешно боролись за независимость и те сирийские города, которые находились под властью Фатимидов. Так, в 1070 году добились независимости Тир и Триполи, правителями которых стали шиитские кади, а позднее власть над Триполи захватили шейхи бедуинского племени бану аммар. В результате ко времени начала Крестовых походов Сирия представляла собой калейдоскоп мелких владений городских правителей, эмиров-военачальников и бедуинских шейхов, находившихся в состоянии непрерывных конфликтов друг с другом.
Города Ирака, судя по сообщению арабских средневековых географов, в это время находились в лучшем положении. Багдад, Куфа, Басра, Васит оставались густонаселенными центрами с развитым ремеслом и торговлей. Междоусобица в державе Сельджукидов, наступившая в 1092 году после смерти Малик-Шаха, позволила аббасидским халифам до некоторой степени восстановить в Ираке свою власть. Когда в 1157 году очередной сельджукский султан Мухаммад II (1153–1160), правивший в Западном Иране, вторгся в Ирак и осадил Багдад, преданное халифу войско сумело пресечь все его попытки взять город. После этого события утраченный было авторитет Аббасидов настолько вырос, что боровшиеся с крестоносцами правители сирийских княжеств стали обращаться за помощью к халифу аль-Муктафи (1136–1160). А в Египте падение Фатимидского халифата и провозглашение в 1171 году в Каире султаном Салах ад-Дина с последовавшим восстановлением суннитского ислама привели к возобновлению поминания имени аббасидского халифа аль-Мустади (1170–1180) во время молитвы.
Укрепление в Багдаде власти Аббасидов благотворно сказалось на развитии арабской культуры в столице и в других городах Ирака. В конце XI и начале XII века, в канун монгольского нашествия, Багдад славился своими школами и библиотеками. Халиф аль-Мустансир в 1232 году основал в Багдаде знаменитое медресе «аль-Мустансария», подобное «Низамийа» Низам аль-Мулька, по его же приказу была сооружена «Мечеть халифов».
Ослабление государства Сельджукидов способствовало политическому возрождению и некоторых восточных провинций империи, в частности Хорезма. Расположенный на нижнем течении Амударьи, Хорезм представлял собой богатую сельскохозяйственную область с прекрасным источником воды и искусственным орошением. Окруженный степями и полупустынями, отделявшими его от окружающего мира, Хорезм сохранил независимость, несмотря на неоднократные попытки вторжения различных завоевателей. Еще в 712 году Хорезм оказался вовлеченным в события исламской истории, когда туда вторгся наместник Хорасана Кутайба ибн Муслим.