Хитроумный Боэмунд тем временем завязал тайные сношения с офицером Яги-Сиана, армянином, принявшим мусульманство, по имени Фируз - комендантом трех башен на юге крепости. Тайно ненавидевший Яги-Сиана, тот согласился сдать крепость Боэмунду.
Известие о приближении армии Кербоги посеяло панику среди малодушных. Среди прочих бежал 2 июня один из руководителей похода, граф Стефан де Блуа. Сев на корабль, он отплыл в Александретту, а оттуда в Таре. Еще недавно в письме к супруге он восторженно описывал победу в сражении 6 марта.
На закате солнца 2 июня Бодуэн послал герольда по лагерю с приказом, чтобы армия была готова ночью выйти навстречу Кербоге. Вечером на военном совете он предложил отдать ему Антиохию, в таком случае он обязуется овладеть городом до прихода Кербоги: «Время не терпит - завтра будет поздно». Крестоносцы понимали, что обречены на поражение, если останутся в поле между армией Кербоги и невзятым городом. Князья единодушно подтвердили, что он получит город, промолчал даже граф де Сен-Жиль. Была, правда, сделана оговорка, что «верховные права на Антиохию принадлежат императору, если он успеет на помощь».
Поздним вечером 2 июня Боэмунд увел войска по дороге к Железному мосту. Ночью они тихо вернулись и сосредоточились у башни Двух Сестер, где их ждал Фируз. Во главе с Фульком Шартрским (не путать со священником-хронистом Фульком из Шартра) 60 рыцарей по штурмовой лестнице поднялись на башню, вошли в крепость и открыли ворота армии. Крестоносцы ворвались в Антиохию. К ним присоединились армяне и греки. В эту ночь погибло несколько тысяч турок. К концу дня в городе не осталось ни одного живого турка. Аноним пишет: «Весь город был завален трупами, так что нельзя было находиться там из-за зловония. По улицам можно было пройти, лишь ступая по телам убитых». Дома горожан, вне зависимости от того, был ли хозяин мусульманином или христианином, были ограблены.
Яги-Сиан бежал из города через ворота Святого Павла, но в дороге упал с коня и был брошен спутниками. Когда он лежал без сил, его нашли армянские крестьяне. Один отрезал ему голову, другие забрали пояс и сабельные ножны.
Все это они принесли в Антиохию и передали за вознаграждение крестоносцам. За драгоценный пояс и ножны они получили по 60 безантов.
Сын Яги-Сиана Шаме ад-Дин пробился в цитадель и возглавил ее оборону с тремя тысячами мусульман. Боэмунд пробовал взять цитадель штурмом, но безуспешно.
Разгром Кербоги
Не прошло и трех дней, как к городу 5 июня 1098 г. подошла армия Кербоги, по меньшей мере в два раза превышавшая силы крестоносцев. Городские укрепления не пострадали. Можно было укрыть в городе обоз, небоеспособных женщин и детей, раненых и больных. Первым делом нужно было очистить город от трупов, чтобы не вызвать эпидемии. Священники и женщины вычистили оскверненный собор Святого Петра и церкви, чтобы возобновить в них христианское богослужение. Православный патриарх Иоанн был выпущен из тюрьмы и занял патриарший трон. Никто из крестоносцев, кроме Танкреда, против этого не возражал. Турки не раз во время осады выставляли патриарха в клетке на городской стене, его страдания за веру вызывали жалость и уважение.
Армия Кербоги обложила город со всех сторон. Аноним рассказывает: «На третий день после того, как мы вошли в город, турецкие разведчики появились у стен и их армия стала лагерем у Железного Моста. Они взяли штурмом одну башню [у моста] и убили всех, кто там находился, кроме их начальника, которого мы нашли после великой битвы закованным в цепи. На следующий день языческая армия отправилась в путь, подошла к городу и расположилась между двумя реками, где оставалась два дня». Крестоносцы были выбиты из всех наружных укреплений - из башни на холме Мальрегар, из башни Танкреда и из укрепления Ла Магомерия.
Кербога разделил армию на две части: меньшую оставил на южной стороне перед цитаделью, а с главными силами расположился на севере от города, направо (глядя из города) от укрепленного моста через Оронт, в бывшем лагере крестоносцев. Он сместил сына Яги-Сиана с должности командующего цитаделью и заменил его своим приближенным Ахметом ибн Мерваном.
Тактика осады Кербоги заключалась в следующем: он надежно блокировал со всех сторон крепость и выталкивал крестоносцев из города, постоянно атакуя их из цитадели; причем все время заменял в цитадели раненых и уставших воинов свежими.