Крестоносцы разбрелись по городу, каждый старался захватить себе дом или дворец со всем, что в нем находилось. В знак того, что это его собственность, на захваченных домах они оставляли стяги, щиты или шлемы. Утром франки поднялись на крышу храма Соломона и перебили всех мусульман, ранее взятых в плен Танкредом и виконтом Беарнским. Граф Тулузский сохранил рыцарскую честь: своих пленников он приказал отправить из башни Давида в Аскалон, за что некоторыми был обвинен в измене.
Затем паломники разошлись по домам, отоспались, помылись, переоделись в чистое и отправились «босиком, стеная и плача» ко Гробу Господню. Крестоносцы обошли в торжественном шествии опустевшие христианские кварталы и, встреченные местным духовенством и христианами (вошедшими в город вместе с ними), отслужили благодарственный молебен в церкви Гроба Господня и провели ночь в молитвах.
17 июля собрался совет, где было решено прекратить резню и выставить стражу на башнях, у ворот и водохранилищ. Пример антиохийской эпидемии был перед глазами, и поэтому было решено немедленно очистить город от трупов.
Рассказывает Аноним: «Было приказано выбросить из города всех убитых сарацин из-за ужасного запаха, так как весь город был завален трупами. Уцелевшие сарацины переносили мертвых за ворота и складывали их в кучи высотой с дом. Никто никогда не видел и не слышал о подобном избиении язычников. Вокруг города были сложены костры, и никто, кроме Бога, не ведал числа убитых. Наши на совете решили, что каждый раздаст милостыню и вознесет молитвы и Бог выберет того, кто Ему будет угоден, чтобы властвовать над другими и править городом».
Высказывается мысль, что крайняя жестокость крестоносцев объясняется отданным накануне негласным приказом: пленных не брать, - приближалась армия аль-Афдила, охранять пленников было некому, а будучи отпущены, они все присоединились бы к египетской армии.
В это время в Риме умирал папа Урбан II. Он скончался 29 июня 1099 г., через две недели после завоевания Иерусалима, так и не узнав о победе.
Через месяц несколько беглецов из Иерусалима добрались до Багдада. «В канцелярии халифа они сделали сообщение, которое довело всех до слез и взволновало сердца. В пятницу они вымаливали в Большой мечети Божье милосердие. Они были в слезах, и слушатели были в слезах, когда они описали горе мусульман. Мужчины убиты, женщины и дети пленены, имущество разграблено...» (Ибн аль-Атир).
Евреям и мусульманам было запрещено в дальнейшем жить в Иерусалиме. На их место позднее были поселены мелькиты (православные христиане) с берегов Иордана. Однако тяжелая убыль населения не была этим восполнена. На том месте, где Готфрид Бульонский следом за двумя своими рыцарями ворвался в город, был установлен большой каменный крест, уничтоженный солдатами Салах ад-Дина в 1187 г. Позднее мусульманским купцам разрешили по делам торговли посещать Иерусалим и молиться на Храмовой горе. Евреи поселились у Яффских ворот, недалеко от цитадели, вне города, где занимались ремеслом крашения, монополизировав его.
Падение Иерусалима и жестокость, проявленная победителями, ввергли мусульманский мир в ужас. На площадях городов имамы стенали и призывали к отмщенью, поэт оплакал участь побежденных в скорбных словах: «Хребты верблюдов и утробы коршунов - вот единственное прибежище братьев наших, бывших до сих пор владыками Сирии». Мусульмане не забудут этой резни. Кровавый христианский фанатизм разжег фанатизм исламский. Воспоминания об этой резне станут непреодолимым препятствием при любой попытке позднейших более умных франков найти взаимопонимание и возможность для взаимодействия между христианами и мусульманами.
Защитник Гроба Господня. Сражение при Аскалоне
В конце совета 17 июля был поднят вопрос о выборе короля. Король был срочно необходим, чтобы отразить грозящее египетское нападение. Однако это вызвало возражения представителей церкви. Духовенство армии выступило с требованием отдать власть в городе патриарху. Причиной, говорили они, является то, что крестовый поход организован папой и Иерусалим должен быть столицей церковного государства, подчиненного папе. Поэтому правителем должен стать патриарх Иерусалимский, которого они в ближайшее время изберут на место недавно умершего православного патриарха Симеона. Предводителем и кандидатом этой «церковной оппозиции» был Арнульф де Ро, капеллан герцога Нормандского. Подумав, бароны отвергли предложение духовенства, тем более что моральные качества кандидата в патриархи не внушали уважения.