Затем Готфрид и Танкред перенесли устремления на заиорданские земли, принадлежавшие Дукаку Дамасскому После ряда грабительских нападений Дукак предложил перемирие. Танкред послал в Дамаск шестерых рыцарей, объявивших Дукаку, что он должен либо принять христианство, либо уйти из Дамаска. Разгневанный Дукак в ответ объявил посланцам, что они должны либо принять ислам, либо умереть. Только один согласился отречься от Христа, пятеро предпочли умереть. Готфрид и Танкред ответили двухнедельным опустошением заиорданских земель, приведшим мусульман в ужас. Дукак не осмелился выйти им навстречу.
Честолюбивый и энергичный патриарх быстро одержал верх над благочестивым и слабым, хотя и упрямым солдатом. Готфрид все более и более попадал в зависимость от патриарха. Большую роль в этом, видимо, играл пизанский флот, поддержки которого правитель боялся лишиться. Не довольствуясь одним кварталом в Иерусалиме, огороженным стеной из соображений безопосности христианского населения при Фатимидах и принадлежащим патриарху, он добился на Сретенье, 2 февраля, передачи ему от Готфрида цитадели в Иерусалиме и квартала в Яффе. Далее он потребовал передачи ему всего Иерусалима и всей Яффы. Готфрид снова уступил, но затем настоял на отсрочке, видимо, из-за возмущения своих рыцарей. Во время праздничных торжеств на Пасху 1 апреля он заявил, что города перейдут к патриарху после его, Готфрида, смерти или после завоевания им двух других больших городов. Можно поразиться глупости и недальновидности патриарха, собравшегося удалить из Иерусалима и Яффы светскую власть - главную защиту государства.
В июне 1100 г. в Яффе к пизанскому флоту присоединился венецианский флот. Готфрид с радостью встретил его, видя в венецианцах, старых соперниках пизанцев, поддержку себе против патриаха. Он встретился в Яффе с командующим флотом и сопровождавшим его епископом. Готфрид был уже болен. Говорили, что его отравили накануне на ужине у эмира Цезареи, но на самом деле он, видимо, заболел тифом. Переговоры продолжились в Иерусалиме, куда отвезли больного Готфрида. Готфрид дал свое согласие на тяжелейшие условия, предложенные венецианцами, так, видимо, велико было его желание оказать противодействие патриарху. За свою помощь, которая должна была продлиться до 15 августа, венецианцы получили беспошлинную торговлю во всем государстве, право рыночной торговли, церкви во всех городах и треть всех городов, завоеванных с их помощью. Готфрид составил завещание, в котором, верный своему слову, передавал Иерусалим патриарху. Услышав о болезни Готфрида, в Иерусалим с войсками прибыл Танкред.
Было решено сначала напасть на Хайфу, однако главной целью была выбрана Акра. Танкред надеялся присоединить Хайфу к своему княжеству, Готфрид же обещал ее своему другу Жальмару Карпенелю. Командование войсками было поручено Варнеру Грайскому. Даимберт решил сопровождать армию, чтобы участвовать в разделе добычи: оставшегося в Иерусалиме больного Готфрида он не боялся. Уход из столицы оказался его роковой ошибкой. В Яффе заболел Варнер Грайский и был на конных носилках доставлен в Иерусалим. В этот же день, 18 июля 1100 г., умер Готфрид Бульонский, и хотя правителем он был откровенно слабым, его уважали за мужество, сдержанность и благочестие. Он был похоронен в церкви Гроба Господня. Слава его, освободителя и первого государя Иерусалима, осталась за ним на века.
Королевство Иерусалим
Закончившаяся впоследствии смертью болезнь не помешала Варнеру Грайско-му после короткого совета с приближенными Готфрида, а также с епископом Рамлы Робером и прежним главой церкви Арнульфом де Ро, с помощью личной охраны Готфрида овладеть цитаделью (Башней Давида). Епископ Робер с двумя рыцарями был тайно послан к Бодуэну сообщить ему о смерти брата и призвать его вступить в наследство. Письмо, видимо, было подготовлено заранее, так как его подписали также несколько рыцарей, находившихся в армии. Это была инициатива лотарингцев и северофранцузов, давних сподвижников Готфрида, не желавших отдавать власть итальянцам и нормандцам. Армия о смерти Готфрида не была извещена.