Армия ушла из Яффы на север, в то время как флот из-за сильного северного ветра оставался у города. В это время в Яффу прибыл гонец, посланный, видимо, сторонниками патриарха, с известием о смерти Готфрида. Венецианец, командующий флотом, немедленно направил три быстроходные галеры известить об этом армию. В армии любили Готфрида, и сообщение привело ее в замешательство. Даимберт не знал, что ему делать - отправиться в Иерусалим или оставаться при армии. Понадеявшись на то, что у лотарингцев нет руководителя, и на завещание Готфрида, патриарх выбрал второе. Танкред предложил не идти к Акре, а с помощью венецианского флота осадить Хайфу, и сам от имени Даимберта направил посланца в Иерусалим, чтобы подготовить цитадель к обороне.
Хайфа была окружена с суши иерусалимской армией, разбившей лагерь на отроге горы Кармель, с моря - венецианской эскадрой, зашедшей в бухту перед гаванью. Небольшой гарнизон и население, в основном еврейское, вооруженное мусульманами, оказало франкам ожесточенное сопротивление. Танкред, узнавший во время осады, что Хайфа обещана Карпенелю, отказался участвовать в боях. Даимберту с большим трудом удалось уговорить его продолжить осаду, пообещав, что «город достанется лучшему». 25 июля, после отчаянного штурма, крестоносцы захватили большую башню и проникли в город. За исключением немногих, сумевших ускользнуть из города, все мусульмане и евреи были перебиты.
Город достался Танкреду, Жальмар Карпенель с лотарингцами был изгнан и отправился в Сент-Авраам (Хеврон), принадлежавший Жерару д 'Авену. В это время в Хайфу прибыл посланец Танкреда, рассказавший, что лотарингцы заняли цитадель (Варнер Грайский умер 23 июля) и отказались передать ее людям патриарха. Даимберт и Танкред пришли к согласию, что нужно вызвать на помощь Боэмунда. Секретарь патриарха был послан с письмом в Антиохию.
В письме Даимберт призывал Боэмунда на помощь, как «Ваш отец приходил на помощь папе Григорию VII, когда германский император [Генрих IV] притеснял его». Боэмунд должен написать Бодуэну Эдесскому и запретить ему приезжать в Иерусалим без разрешения патриарха, а если тот не согласится, силой задержать его. Однако письмо не дошло до адресата.
Секретарь Даимберта с письмом добрался до Латакии и был задержан византийскими властями. Письмо Даимберта, обнаруженное у него, отдали для перевода людям Раймунда. Письмо так возмутило их, что они выдали секретаря византийцам, а письмо позже было передано Бодуэну.
Ситуация, которую застал в Антиохии Боэмунд, возвратившись из Иерусалима, была сложной. Византия с помощью флота отвоевывала Киликию. С юго-востока княжеству угрожали эмир Хомса и Ридван Алеппский, к счастью, не ладившие друг с другом. В будущем можно было ожидать и нападения войск императора с севера.
Боэмунд изгнал греческого патриарха Иоанна Оксита, которого подозревал в симпатиях к императору, тот отправился в Константинополь и там сложил с себя сан. Боэмунд назначил патриархом Антиохии латинца Бернара из Баланса, до этого бывшего епископом в Артахе. Греческие священники, изгнанные из города, избрали нового патриарха, теперь в Антиохии оказалось два патриархата. К желанию возвратить Антиохию у императора добавилось непреклонное стремление восстановить в должности в Антиохии греческого патриарха. Отношения Боэмунда с императором испортились окончательно.
Отразив нападение с востока Ридвана Алеппского, в начале лета Боэмунд дошел с войсками до стен Алеппо и опустошил его окрестности. Уладив дела на востоке и укрепив границу на юге, он обратился на север и осадил принадлежавший Византии Мараш. Город мог быть ценным приобретением, так как прикрывал проход через горы Антитавра из Анатолии на антиохийскую равнину, которым могла воспользоваться византийская армия. Город уже был готов сдаться, когда в начале августа Боэмунда попросил о помощи армянский правитель Мелитены Гавриил.
Уже три лета подряд на Мелитену нападал эмир Каппадокии Данишмендид Малик Гази Гюмюштекин. Ожидалось его нападение и в этом году. Гавриил предложил отдать город Боэмунду, если тому удастся разгромить эмира. Гавриил мог обратиться и к своему соседу Бодуэну Эдесскому, но после происшествия с его зятем Торосом предпочел не иметь с ним дела. Боэмунд же, напротив, пользовался у армян хорошей репутацией и имел среди них многочисленных друзей.
Боэмунд не мог упустить случай овладеть крепостью на анатолийском плато и, сняв осаду с Мараша, в середине лета 1100 г. помчался к Мелитене. Не желая оставлять Антиохию без защиты, он взял с собой только три сотни рыцарей, из которых часть была армянами, и отряд пехоты, своего двоюродного брата Ричарда де Принчипато (Салернского) и армянских епископов Антиохии и Мараша.