Через неделю после того, как последние французы и немцы перебрались в Азию через Босфор, в Константинополь вступила армия графа Гийома II Невер-ского. Она двигалась через Италию и пересекла Адриатику. Армия была невелика, несколько тысяч человек. По пути следования она показала себя на редкость дисциплинированной. Граф был торжественно принят императором.
По пятам за графом Неверским к Константинополю подошла третья франкогерманская армия, под командой герцога Гийома IX Аквитанского, насчитывавшая, по словам хрониста, «пятьдесят тысяч» человек (на самом деле вооруженных было раз в десять меньше), к которой примкнул граф де Вермандуа. По дороге к графу присоединилась хорошо вооруженная армия в несколько тысяч человек немецких рыцарей и пехоты старого герцога Баварского Вельфа IV, которого сопровождали армии маркграфини-матери Иды Австрийской и архиепископа Тимо Зальцбургского. Эта армия была крайне недисциплинированна, и ее постоянные грабежи закончились в Адрианополе настоящим сражением с императорскими печенегами. После того как герцоги лично навели порядок и поклялись и далее его сохранять, армия была спешно переправлена через Босфор. Предводители похода также были с почетом приняты императором. Хронист Эккерхард Урахский и епископ Манассия из Швабии на корабле отправились из Константинополя прямо в Святую Землю.
Если Гийом Неверский торопился догнать своего сеньора и друга герцога Эда Бургундского и его армия после пересечения Босфора немедленно двинулась в путь, то герцог Аквитанский отнюдь не спешил встретиться со своим врагом, графом де Сен-Жилем, отнявшим у него графство Тулузское - наследие его жены Филиппы, дочери Гийома IV Тулузского, старшего брата Раймунда. Точно так же старый враг императора Генриха IV герцог Баварский не торопился увидеться со своим неприятелем - императорским маршалом Конрадом. Поэтому франкогерманская армия простояла на Босфоре без движения пять недель.
Армия под командой графа Неверского пошла вначале по пути ломбардцев и добралась до Анкиры. Никто не знал, куда двинулись франки, и граф свернул на юг, к Иконию, и попытался овладеть им. Здесь на него напали турки, несколько дней назад разгромившие ломбардцев. Армия графа Гийома, преследуемая по пятам, добралась до Гераклеи, куда еще раньше прибыли войска султана Кылыч Арслана и эмира Данишмендида. Здесь армия крестоносцев попала в засаду, была окружена и окончательно разбита. Граф с несколькими рыцарями вырвался из окружения и долго блуждал в предгорьях Тавра. В византийской крепости Германикополь в Киликии, куда они наконец прибыли, им дали проводников-печенегов, ограбивших их по дороге. В самом жалком виде добрались они до Мараша, которым владели армяне, а затем до Антиохии.
Франко-германская армия из Никомедии через Дорилею дошла до Икония, гарнизон которого покинул город, предварительно забрав или уничтожив все продовольствие из города и окрестностей. Крестовая армия, изнывая на страшной жаре от жажды и голода, дотащилась до Гераклеи и была окончательно разгромлена во второй половине августа, подвергшись нападению при переправе, там, где незадолго до нее были разбиты войска Гийома Неверского. Гийом Аквитанский, Вельф Баварский и Гюг де Вермандуа с горстью людей прорвали окружение и добрались до Тарса в армянской Киликии, где граф Гюг вскоре умер от ран, а первые два прибыли в Антиохию и были дружески встречены Танкредом.
Архиепископ Зальцбургский и маркграфиня-мать Ида были пленены или убиты. Романтическое, но недостоверное предание утверждает, что маркграфиня, попав в мусульманский гарем, стала матерью Имад ад-Дина Зенги, грозного врага христиан. Такое же недостоверное предание рассказывает, что архиепископ Тимо, попав в плен, починил говорящего механического мусульманского идола, который после починки разразился богохульственными словами по адресу ислама и пророка, и архиепископ был подвергнут жестокой казни.
Турки уничтожили три большие армии и вновь обрели потерянную в 1097-1098 гг. уверенность в себе. Дорога в Сирию через Анатолию была полностью закрыта. Это значительно ограничило христианские людские потоки в Святую Землю и имело самые губительные последствия для тамошних латинских государств. В то же время это помешало императору Алексею подчинить себе Антиохию. Нужно отметить, что, в отличие от месопотамских эмиров и Ридвана Алеппского, христианские владетели Антиохии и Эдессы, может быть, опасаясь в дальнейшем прихода императора, ничем не помогли арьергардным экспедициям крестоносцев. Эмир Данишмендид мог спокойно продолжать завоевания армянских земель в долине Евфрата. Отношения между императором и крестоносцами окончательно испортились. Крестоносцы видели в императоре главного виновника своего поражения. «Надменный император хвастается с презреньем, что для него, когда франки воюют с сельджуками, это все равно, как собаки грызутся между собой», - говорили они. В свою очередь, византийцы были поражены глупостью и неблагодарностью крестоносцев.