Жофруа де Сержин сложил с себя полномочия бальи, и регентша передала должность мужу.
Когда в следующем году умерла Изабелла, Иерусалим опять остался без регента. Теперь претензию на регентство в Высокий суд подали и Гуго Антиохийский, и Гюг де Бриенн. Несмотря на то что Гюг де Бриенн имел преимущество как сын старшей сестры, Высокий суд Иерусалима выбрал регентом Гуго Антиохийского как более близкого родственника последнего регента (матери). Сыграло свою роль, видимо, то, что Гуго Антиохийского, старшего по возрасту, посчитали более сильным и энергичным, что было необходимым в это неспокойное время. Он получил титул сеньор королевства Иерусалим.
Бароны принесли ему присягу на верность, в которой отказали его матери. Его признали также магистры орденов, коммуна Акры и иностранные торговые колонии. Бальи Иерусалима Гуго не назначил. Он сам управлял обоими королевствами, переезжая с острова на материк. Когда он был на Кипре, должность бальи королевства исполнял Жофруа де Сержин, снава ставший сенешалем королевства Иерусалим. Гуго перетянул на свою сторону Филиппа де Монфора, официально уступив ему Тир, входивший в королевские владения, которым тот владел с 1243 г., и Ибеленов, женившись на дочери одного из них.
Император Никейской империи Иоанн Ватац нашел себе надежного союзника в лице императора Фридриха II. Их объединила вражда к папе и Латинской империи. Ненависть к папству, трижды отлучавшему его от церкви, распространялась у Фридриха и на детище Рима - Латинскую империю, в которой папы видели одно из средств для осуществления союза церквей. Для Иоанна Ватаца папство, не хотевшее признавать никейского православного патриаршества, было препятствием на пути к обладанию Константинополем. Союз императоров зашел так далеко, что в конце 1230-х гг. греческие войска сражались в Италии на стороне Фридриха, а после смерти жены Ирины, дочери Феодора Ласкаря, Иоанн Ватац женился на незаконнорожденной, но признанной дочери германского императора Констанции, получившей в замужестве имя Анна. Историограф XIII в. Матье Парижанин рассказывает, что папа Иннокентий IV то ли сам предложил, то ли с одобрением отнесся к предложению монгольских послов, прибывших к нему в 1248 г., начать войну против Иоанна Ватаца.
В последние годы жизни Фридриха между папой и Ватацем завязались дипломатические отношения, несмотря на отрицательное отношение к этому германского императора, Рим и Никея обменялись посольствами. Ватац обещал папе объединение церквей и даже верховенство Рима. Ко времени смерти Иоанна
Ватаца в 1254 г. его владения простирались от берегов Адриатического моря до Черного и включали в себя земли Византии без Константинополя, средней Греции и Пелопоннеса.
Сын Иоанна Ватаца, император Феодор II Ласкарь, продолжал энергичную деятельность отца. Он отстоял границы европейских завоеваний отца в борьбе с Болгарией и Эпирским деспотатом. В Анатолии Феодор поддерживал рум-сельджуков против монголов, но войны с последними удалось избежать, и монгольское посольство к императору подтвердило их дружественный нейтралитет.
После смерти Феодора II в 1258 г. на престоле Никеи оказался его 8-летний сын Иоанн IV Ласкарь. Коннетабль Никеи Михаил Палеолог, родственник Иоанна Ватаца, «буйный интриган и бесчестный лицемер, но способный офицер», в 1259 г. разгромил при Кастории в западной Македонии объединенную армию короля Манфреда Сицилийского, побочного сына Фридриха II, эпирско-го деспота Михаила и Гийома де Виллардуэна, князя Ахайи. После этого Михаил Палеолог приказал убить в церкви опекуна малолетнего императора и сам стал сначала опекуном, затем соимператором под именем Михаил VIII, а под конец вообще отстранил ребенка от престола.
В марте 1261 г. император Михаил VIII заключил в Нимфее договор с Генуей, предоставивший генуэзцам такие же богатые привилегии, как ранее венецианцам. Договор был фактически направлен против Венеции. Генуэзцы обещали поддержать Михаила в его борьбе за Константинополь. В 1261 г. император Михаил послал во Фракию кесаря Алексея Стратегопула воевать с болгарским царем Константином Техом, не признававшим его верховную власть. С ним было 800 человек конницы и столько же пехоты. На Галлиполийском полуостове, где Алексей высадился, к нему присоединились несколько тысяч греков и половцев. От них он узнал, что французско-венецианские войска Константинополя, используя продолжавшееся перемирие с Никеей, отправились за 60 километров на кораблях завоевать город Дафнусий на черноморском берегу. С помощью жителей небольшому отряду никейцев удалось ночью проникнуть, как говорили, через канализационную трубу в город и открыть армии городские ворота. Сопротивление оставшихся латинцев было подавлено, Бодуэн II, забыв знаки императорской власти, малодушно бежал на Эвбею, затем в Морею, а оттуда в Италию. Чтобы противостоять возвратившемуся франкскому флоту и 6-тысячной армии, греки подожгли латинские кварталы. Прибывшие латинцы принялись спасать родственников, затем вместе с ними бежали на корабли, и вскоре большинство из них покинуло город. 15 августа 1261 г. Михаил VIII торжественно въехал в город и вторично короновался в соборе Святой Софии. Иоанн IV Ласкарь был ослеплен. Столица была перенесена из Никеи в Константинополь.