С гневом наблюдал он за распространением ереси катаров и видел Церковь, единственно дарующую блаженство, в опасности. Он считал это учение достаточно опасным, чтобы вырвать его, как сорную траву, и ввергнуть в пламя.
Едва истекло два месяца его пребывания на престоле, как Иннокентий III посылает письма прелатам, князьям, дворянству и всему народу Южной Франции, в которых он повелевает сжигать каждого еретика, не желающего вернуться к истинной вере, а его имущество расхищать. Кроме того, шестью месяцами позже он дает легату Райнерию полные права на проведение радикальной церковной реформы и восстановление духовной дисциплины в Романии; тем самым он надеялся покончить с «источником зла». Романскому духовенству отнюдь не улыбалась перспектива реформаторской Деятельности Райнерия, оно попыталось всеми мыслимыми способами отягчить эту миссию; дело дошло до того, что клир чуть было не выступил против Священного Престола единым фронтом с еретиками. Летом 1202 г. Райнерий заболевает, ему на смену назначаются два монаха-цистерцианца — Петр и Рауль — из находящегося близ Нарбонны аббатства Фонфруад.
Петр и Рауль начали свою деятельность в Тулузе. Раймон VI уже через два года после того, как он унаследовал от своего великого отца, покровителя трубадуров, графство Тулузское, был отлучен папой Целестином III «за преступления против Церкви и монастырей». Иннокентий III освободил его в 1198 г. от церковного проклятия…
Раймон находился в тесных взаимоотношениях с катарами. В его разъездах ему всегда сопутствовали несколько «совершенных», и, кроме того — в чем его, главным образом, и упрекала Церковь, — он носил при себе текст Нового Завета, чтобы в случае болезни или же смертельного ранения быть в состоянии получить из рук «совершенных» «утешение» (consolamentum). Раймон постоянно принимал участие в еретических собраниях, для проведения которых предоставлял роскошные залы своего дворца. Как все «верующие», он преклонял колена, когда «совершенные» произносили молитвы, брал у них благословение и приносил «поцелуй мира». Раймон увещевал своих вассалов и трубадуров следовать его примеру и не боялся открыто выражать свою антипатию к Риму и дружеское отношение к катарам.
Папские легаты оказались не в состоянии что-либо исправить. Иннокентий III заявил, что необходим новый всемирный потоп, «чтобы очистить землю от греха и приуготовить ее для нового рода». Он решился теперь употребить всю строгость Церкви…
Монахам из Фонфруада, упавшим духом и просившим его о позволении сложить полномочия, он назначил в качестве предводителя «аббата аббатов» Арнольда из Сито, главу цистерцианского ордена, мрачного и непримиримого человека, полного решимости служить делу Церкви. В конце мая 1204 г. Иннокентий организует новую комиссию с чрезвычайными полномочиями, в которую вошли Арнольд, некоторые другие монахи из Сито, Петр из Кастельно и монахи из фонфруада. Однако образ жизни легатов не мог обеспечить им успеха в среде еретиков. Они путешествовали по стране в роскошных палатках с целым полчищем слуг. О каком успехе могла идти речь, когда романские еретики упрекали римский клир в первую очередь именно в роскоши. «Посмотрите, — кричал народ, — эти люди хотят нам проповедовать о Господе Иисусе Христе, который был беден и шел босым!» Каждый раз, когда цистерцианцы пытались обратиться к людям, их слушатели отворачивались от них, пожимая плечами и насмешливо улыбаясь. Легаты стали, наконец, осознавать, что их хлопоты безнадежны. Совершенно измучившись, они более чем когда-либо утвердились в своем намерении просить папу об отставке.
В этой ситуации они случайно встречают в Монпелье Диего де Асеведо, епископа Осмара и сопровождающего его каноника Доменико де Гусмана, которые возвращались из Рима, где папа Иннокентий отказал им в позволении покинуть свое епископство и посвятить себя впредь делу обращения еретиков. Диего, узнав, что легаты хотят бросить начатую миссию, посоветовал им распустить роскошную свиту, оставить мирскую помпу и отправиться к народу босыми и бедными. Быть может, так они добьются большего успеха. Мысль была столь нова, что посланники поначалу не решались последовать данному совету. Когда же Диего выказал готовность пойти вместе с ними, подавая пример, сомнения были отброшены. Начиная с этого момента Петр из Кастельно, Арнольд из Сито, Диего де Асеведо, Доменико де Гусман и монахи Фонфруада и Сито скитались во власяницах по еретичествующей Романии, проповедуя истинное Евангелие Римской церкви.
Римские легаты, катары и вальденсы одновременно претендовали теперь на то, что они являются подлинными наследниками Христа. Подражая ему в бедности, все они проповедовали Евангелие.