Осада началась весной 1243 г. Лагерь католической армии был разбит на одной из сторон возвышенности, к западу от скал, на которых стоит крепость. Это место и сегодня называется Campis (лагерь). Осаждавшие окружили всю вершину горы. Никто не должен был подниматься в крепость и никто не должен был ее покидать. И все же представляется вполне вероятным, что окруженные могли поддерживать связь со своими друзьями на равнине. Некоторые историки считают, что в пользу этого свидетельствуют протяженные подземные ходы — вероятно, пещеры естественного происхождения. Как бы то ни было, но точно известно, что однажды Эсклармонде д’Айон, племяннице Эсклармонды де Фуа, удалось направить в крепость одного каталонского идальго с деньгами и солдатами. В другой раз сыну трубадура Пейре Видаля удалось передать осажденным сообщение от графа Тулузского. Граф велел передать осажденным, что вскоре к ним на помощь придет император Фридрих Второй: «Продержитесь еще семь дней!..»
Когда сын Пейре Видаля приблизился к Монсегюру, он увидел таинственного всадника в пурпурном плаще и перчатках цвета сапфира. Но он ошибся, приняв это видение за хорошее предзнаменование. В первом же бою, когда он сражался вместе с ободренными его посланием опальными защитниками крепости, смерть нашла его.
Обещанная помощь императора Фридриха Второго уже не понадобилась. В ночь на первое марта 1244 г., будто бы в Вербное воскресенье, католикам удалось достигнуть вершины. Хорошо знакомые с горными условиями крестоносцы узнали от предателей-пастухов, какая из троп ведет вверх до самой крепости, и по ней, минуя ущелье Лассе, поднялись До самых передовых укреплений. Они шли ночью, чтобы не видеть большой высоты и от головокружения не свалиться вниз. Стража была задушена, а в лагерь был передан условный сигнал, что дело завершилось успехом. Часом позже крепость была окружена плотным кольцом.
Осажденные капитулировали. Чтобы избежать бессмысленного кровопролития, оба кастеляна, Рамон Перелья и Пьер-Рожер де Мирпуа обещали, что в предрассветных сумерках передадут крепость в руки архиепископа, а также выдадут ему всех катаров, с условием, что жизнь всех рыцарей будет сохранена. Петр Амелий заявил, что согласен с этими условиями.
Многие рыцари перед капитуляцией пожелали пройти обряд «крещения духом» и быть принятыми в общину Церкви Любви, хотя и знали о том, какая участь их ожидает. Этот обряд исполнили седой архиепископ еретиков Бертран Эн Марти, последователь Гильаберта из Кастра. Никто не помышлял о бегстве, никто не стремился избежать страданий, как будто каждый в отдельности хотел дать миру пример того, как надо умирать за свою родину и за свою веру. Часто, порицая доктрину катаров, ее сравнивают с пессимизмом Шопенгауэра и Ницше. Но тогда это совсем особый пессимизм, сочетающийся с таким мужеством, который в истории человечества был присущ еще только героизму раннехристианских мучеников. Катаризм был не менее пессимистичен, чем раннее христианство, с которого он во многом брал пример.
С рассветом крепость была сдана вооруженному братству. Архиепископ Нарбонны потребовал, чтобы «совершенные» отреклись от своей веры. 205 мужчин и женщин — в том числе Бертран Эн Марти и Эсклармонда Перелья — предпочли смерть на костре. По приказу Петра Амелия, сожжение состоялось тут же, в поле, которое и по сей день называют Camp des cremats, — «поле костров».
Рыцарей, закованных в цепи, доставили в Каркассон, где они были заточены в подземелье той же башни, где тридцатью годами раньше был отравлен Раймон-Рожер, Тренкавель Каркассонский и в муках погиб Рамон Термский. Лишь спустя несколько десятилетий последние из выживших были освобождены из своей темницы в инквизиторской башне францисканским монахом Бернаром Делисьё.
И только Пьер-Рожер де Мирпуа смог в сопровождении своего инженера и своего врача беспрепятственно покинуть крепость и даже забрать с собой все находящееся там золото и серебро. Он отправился в Солт к Эсклармонде д’Айон, племяннице великой Эсклармонды, а оттуда — в крепость Монгайяр в Корбьерене, где и умер в преклонном возрасте. До самой смерти он тайно возглавлял опальное романское рыцарство, которое было вынуждено найти в пещерах Орнольяка последнее убежище, а затем и смерть.