Яков Ильич был смелым и принципиальным человеком. Для его характеристики с этой стороны достаточно привести следующий отрывок из его публичного выступления против официальной марксистско-ленинской философии. В декабре 1931 г. в Ленинграде состоялась 8-я Всесоюзная конференция по физико-химии. Беспартийного Френкеля вызвали для объяснений на собрание членов ВКП(б) участников этой конференции по поводу его неправильного, по их мнению, методологического подхода в сделанном им научном докладе на пленарном заседании конференции. Вот фразы Френкеля, записанные участниками разбирательства, опубликованные историко-физиком А.С. Сониным: «Диалектический метод не имеет права претендовать на руководящую роль в науке. В нашей политике допускается чрезвычайно вредный перегиб навязывания молодежи взглядов диалектического материализма. <…> Ни Ленин, ни Энгельс не являются авторитетами для физиков, книга Ленина <«Материализм и эмпириокритицизм» — книга, канонизированная при Советской власти, служившая обязательной философской базой для всех научных работников СССР. — Прим. Б.Г.> сводится к утверждению азбучных истин, из-за которых не стоит ломать копий. Ваша философия реакционна. <…> Не может быть пролетарской математики, пролетарской физики и т. д. <…> Вы ставите знак равенства между антидиалектическим мнением и антисоветским настроением. Я предан советской власти, но не признаю диамата <…> Я не считаю для себя нужным плыть по течению или говорить одно, а думать другое, как некоторые. <…> Я один только как друг партии говорю открыто, что не признаю диалектического материализма, а многие специалисты боятся это сказать» [Сонин, 1994. С. 36].
Эта позиция Френкеля была впоследствии использована в борьбе с физиками, которую повели советские философы-ортодоксы. В особенности отличался чешско-советский коммунист Эрнст Кольман, напечатавший в главном теоретическом партийном журнале «Большевик» (1931, № 2) статью «Вредительство в науке», в которой он упомянул и Френкеля. В другой своей статье он уже называет прямо Ландау и его друзей, которые злой шутки ради послали по телеграфу карикатуру на физика Гессена, защищавшего концепцию Вселенского «эфира» (впоследствии Гессен стал жертвой репрессий). Вот, что писал Кольман об авторах карикатуры:
«Эта наглая вылазка заядлого махиста, главы группы физиков так называемой «ленинградской школы» (Гамов, Ландау, Бронштейн, Иваненко) и др.) не единична. Совсем недавно эти господа в ответ на статью «Эфир» в 65-м томе Большой Советской энциклопедии позволили себе устроить демонстрацию: послали радиоизображение — карикатуру похабного содержания, критикующую статью с точки зрения отрицания существования эфира как объективной реальности… Вот какова философия, которую господа Френкели предпочитают Диалектическому материализму, — проповедь чертовщины, отражающей весь безнадежный пессимизм закатывающееся, исчезающего, содрогающегося в коллапсе, прогнившего капиталистического строя и его плакальщиков» [цит. по: Сонин, 1994. С. 37]. В книге А.С. Сонина приведена и сама карикатура с пояснениями. Она была послана «джазистами» в виде фототелеграммы Б.М. Гессену, автору упомянутой статьи «Эфир», который был в то время директором Физического института при МГУ: «На ней изображен забор, на котором сидит кот с лицом Гессена. У забора — мусорный ящик с надписью “Вельт-помойка” (мировая помойка). В ящике всякий мусор и среди него бутылка с надписью “теплород”, а рядом… ночной горшок с надписью “эфир”. Подпись под фототелеграммой гласила: “Прочитав ваше изложение в 65-м томе, с энтузиазмом приступили к изучению эфира. С нетерпением ждем статьи о теплороде и флогистоне. Бронштейн, Гамов, Иваненко, Измайлов, Ландау, Гимбадзе” <так в книге; на самом деле Илико Чумбадзе. — Прим. Б.Г.>.
Фототелеграмма повлекла за собой оргвыводы. Ее содержание обсуждалось на собрании сотрудников Физико-технического института <ЛФТИ>, где тогда работали Ландау и Бронштейн… В результате Ландау и Бронштейна отстранили от преподавания в Политехническом институте. Гамов же, не работавший в ЛФТИ, вообще избежал проработки. <…> 20 января 1932 г. он послал письмо Сталину, в котором резко критиковал философов (А.К. Тимирязева и Б.М. Гессена) и протестовал против травли физиков-теоретиков (текст письма есть в книге [Горелик, 2000]. Странно, что это письмо осталось без последствий. Более того, спустя год Гамова вместе с женой выпустили на XIII Сольвеевский конгресс в Брюсселе, после которого он не вернулся на родину» [Сонин, 1994. С. 86].