В ноябре 1918 г. в Томске состоялось Сибирское церковное совещание, в котором участвовали 39 высших иерархов православной церкви и монархистские деятели. Совещание образовало «для управления епархиями Сибири, Приуралья и другими освобожденными от советско-большевистской власти частями России» высшее временное церковное управление, главою которого был избран омский архиепископ Сильвестр. Совещание издало обращение с призывом к поддержке белогвардейского правительства Колчака и к борьбе с Советской властью. Избранное церковное управление и его местный довольно мощный аппарат состояли на содержании колчаковского правительства.
В Ставрополе по инициативе Деникина в мае 1919 г. церковниками был созван Юго-восточный поместный собор русской православной церкви, который избрал Высшее церковное управление Юго-Востока России, состоявшее из реакционных деятелей (архиепископа донского и новочеркасского Митрофана и других). Церковное управление южных губерний было откровенно политическим органом борьбы с большевизмом и Советской властью. Оно определяло роль церкви так: «Гидра большевизма и после всех ударов, нанесенных ей нашими доблестными армиями с их беспримерными вождями-патриотами христианами, стоит еще с поднятой головой… Церковь должна поднять и крест и палицу свою против этой гидры, как подняла бы она все оружие свое против антихриста…»
В одном из обращений к красноармейцам церковники устрашали их:
«Долготерпелив господь, но страшен гнев его. Возмездие земное уже близится… Близится час, когда силою оружия благословляемые церковью русские полки с крестом и священными знаменами войдут в Кремль Москвы. Наступит час расплаты».
При штабе Деникина было образовано церковное ведомство, которым руководил бывший протопресвитер царской армии Георгий Шавельский. Это ведомство «воодушевляло» солдат на борьбу с Советской властью и вело слежку за ними. На Юго-Востоке России при деникинщине отличился воинствующий священник Владимир Востоков, открыто проповедовавший погромные идеи монархистского «Союза русского народа» и организовавший так называемое «Братство животворящего креста» — дружины для борьбы с Советской властью. На Украине действовал известный монархист митрополит Антоний (Храповицкий) — один из главарей черносотенного «Союза русского народа».
Уважая религиозные чувства известной части трудящихся, Советское правительство не применяло репрессий по делам о противодействии декрету об отделении церкви от государства. Лишь в случаях серьезных беспорядков революционные трибуналы наказывали зачинщиков, обычно кулаков и представителей реакционной части церковников. Что же касается темных, спровоцированных на выступления людей, трибуналы ограничивались минимальными наказаниями и условным осуждением. Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией 11 июня 1918 г. оповещала население: «…ни один священник, епископ и т. д. не был и никогда не будет арестован только за то, что он духовное лицо; те же, кто ведет контрреволюционную деятельность, независимо от своей принадлежности к духовному званию, будут привлекаться к ответственности, но не за религиозную, а за антиправительственную деятельность».
Примером карательной линии органов советского правосудия в такого рода делах может послужить приговор Новгородского губернского революционного трибунала от 12 февраля 1921 г. по делу митрополита новгородского и старорусского Арсения (А. Г. Стадницкого), епископа Алексия (С. В. Симанского) и других, обвиняемых в систематическом нарушении декрета об отделении церкви от государства. Суд признал установленным, что, несмотря на запрещение, церковники обложили все население губернии, в том числе и детей, подушным сбором на епархиальные учреждения, требовали, чтобы трудовые артели точно исполняли монастырский устав, подчинялись во всем настоятелям монастырей, рассылали указы касательно бракоразводного процесса, в «Епархиальных ведомостях» помещали статьи явно контрреволюционного характера, доходящие порой до призыва к восстанию. Признав, что все эти преступления производились под руководством митрополита Арсения, епископа Алексия и других священнослужителей, губернский революционный трибунал приговорил всех этих лиц к условному наказанию.
Многие факты антисоветской деятельности церковных реакционеров стали известны при расследовании дела «Совета объединенных приходов г. Москвы».