Русский балтийский флот был крупнее, чем предполагал Непир. Помимо 27 линейных кораблей в его состав входили 8 фрегатов и 90 других судов — корветов, колесных пароходов, шхун и канонерских лодок. Суммарно балтийский флот России превосходил эскадру союзников по числу кораблей и огневой мощи. Однако русские суда были рассредоточены по нескольким пунктам, причем большая их часть находилась в Кронштадте и Свеаборге. Крейсируя между этими пунктами, Непир не позволял противнику объединить силы и тем самым сохранял превосходство. Кроме того, перед русскими стояли две другие проблемы: лед и неопределенность с командованием. С начала зимы флот зависел от состояния льда в заливе, и в первые недели после неожиданного появления Непира на Балтике русские корабли были заперты в портах. К началу мая, когда лед растаял, обострилась проблема с руководством: у флота не было единого командования. Великий князь Константин Николаевич, в чьем ведении находилась Кронштадтская эскадра, был молод (27 лет), неопытен и нерешителен, а власть семидесятисемилетнего адмирала Петра Ивановича Рикорда, находившегося на борту 110-пушечного «Императора Петра I», вообще была весьма сомнительной, особенно в Свеаборгской эскадре.
Прибытие Непира к входу в Финский залив пришлось на период густых туманов и штормов. Различить береговые знаки не позволяла погода, маяки не горели или были разрушены, лоцманы отсутствовали — адмирал оказался в трудном положении. Помимо этого его эскадра встретилась и с другими сложностями. Матросы оказались по большей части неопытными и необученными новичками или же пожилыми людьми, насильно и поспешно призванными на военную службу. Обычно требовалось не менее полугода усиленных занятий, чтобы из рекрута получился настоящий моряк, и таких у Непира было меньшинство. Из-за нехватки, например, хорошо обученных сигнальщиков возникали проблемы с удержанием судов в нужном положении, а маневрирование в море становилось опасным. Нехватка опытных артиллеристов ощущалась еще острее. Наконец, большая часть британских судов имела глубокую осадку, поэтому они не могли входить в мелководные порты и многие прибрежные зоны. Адмиралу Непиру и его старшим офицерам стало ясно, что их эскадра плохо подготовлена к серьезным активным действиям.
Нескончаемый густой туман угнетающе действовал на людей. Оценив неблагоприятную ситуацию, хотя и не связанную с непосредственной опасностью, Непир приказал своим судам следовать в Стокгольм. Там эскадра провела около двух недель, дожидаясь изменения погоды к лучшему. Во время этого вынужденного перерыва Чарльз Непир получил аудиенцию у короля Оскара I и попытался убедить его принять сторону союзников. Однако усилия адмирала успехом не увенчались — его величество остался твердым сторонником нейтралитета своей страны. Швеция была в прекрасных отношениях с Россией, и король отнюдь не хотел их омрачать в угоду Британии или Франции.
В начале мая погода наконец прояснилась, и Непир решился на вылазку. Он подошел к небольшому финскому городу Ханко (Ганге) у входа в Финский залив и обменялся с береговыми батареями несколькими выстрелами — первыми выстрелами на Балтике в этой войне. Затем эскадра Непира направилась к Свеаборгу, где укрепления были слишком сильны для серьезного нападения на город, а потому Непир ограничился наблюдением.
Со времени прибытия Непира на Балтику прошло почти три месяца. К нему присоединился довольно крупный французский отряд под командованием вице-адмирала Парсеваля-Дешена: двадцать паровых и парусных судов с общим числом пушек 1200. Собственная эскадра Непира к тому времени почти удвоилась, поскольку из Спитхеда подошло подкрепление. Блокада с успехом продолжалась, но для утоления жажды славы, охватившей британскую публику, Непиру нечего было предложить, за исключением символической стрельбы у Ханко.
Однако 21 июля все же произошел огневой контакт с русскими. Капитан Уильям Холл, возглавлявший небольшую эскадру из трех паровых судов — «Гекла», «Один» и «Доблестный», получил приказ занять позицию вблизи Бомарзунда и наблюдать за передвижением русских кораблей. Эта мощная крепость, расположенная в Ботническом заливе между Швецией и Финляндией, имела ключевое значение для защиты Финляндии, которая в то время была российской провинцией. Укрепления Бомарзунда включали в себя три круглые башни и цитадель с толстыми кирпичными стенами, облицованными огромными гранитными блоками. Строительство крепости шло уже двадцать два года и близилось к завершению. Гарнизон Бомарзунда насчитывал 2200 человек и располагал 66 пушками, которые держали под прицелом гавань.