4 апреля 1866 г. в Летнем саду прозвучал первый выстрел террориста, покусившегося на жизнь самого русского императора.
Рескриптом царя от 13 мая 1866 г. Государственному совету было предписано навести порядок в стране. В результате закрыты журналы «Русское слово» и «Современник», ограничены права земств, расширены права губернаторов, усилен и без того жесткий контроль за университетами и студентами.
С этого момента пути правительства и интеллигенции окончательно разошлись. Для ведения пропаганды среди крестьян была создана в 1876 г. революционная организация «Земля и воля».
Правительство ответило жестокими репрессиями. Народ не понимал агитаторов «Земли и воли», в результате чего деятельность народников полностью провалилась.
Однако вскоре последовала серия терактов против высоких должностных лиц, что застало правительство врасплох. Власти вновь прибегли к жестким мерам: 9 августа 1878 г. был принят закон «О временном подчинении дел о государственных преступлениях и некоторых преступлениях против должностных лиц ведению военного суда, установленного для военного времени».
Покушение на Александра II 2 апреля 1879 г. вызвало Высочайший указ о разделении страны на 6 генерал-губернаторств. С апреля 1879 по июль 1880 г. оттуда было выслано без суда за неблагонадежность 575 человек. Производились повальные обыски и аресты.
К этому времени в стране возникают подпольные революционные организации экстремистской направленности. Создание «Народной воли» являлось новым этапом вооруженной борьбы с самодержавием.
Власти ответили не только совершенствованием полицейских методов. Законодательным образом было ликвидировано III отделение Собственной Его императорского величества канцелярии, а его функции переданы Департаменту государственной полиции Министерства внутренних дел в целях «политического розыска и наблюдения». Шефом Отдельного корпуса жандармов с этих пор являлся министр внутренних дел.
На местах розыскными и осведомительными источниками Департамента государственной полиции стали губернские жандармские управления.
С 1881 г. вступило в силу «Положение об охране», предусматривающее ряд чрезвычайных мер: губернаторы и градоначальники получали право на трехмесячные аресты и административные высылки, закрытие торговых и промышленных предприятий, приостановку периодических изданий, а также передачу на рассмотрение военного суда отдельных дел. Полицейским и жандармам было предоставлено право на обыски в любое время суток в любых помещениях и на задержание на две недели любых лиц, «внушающих подозрение». По сути дела, в стране было введено чрезвычайное положение.
В результате этих мер в совокупности с агентурным проникновением в революционно-террористическую среду полиции удалось нейтрализовать деятельность «Народной воли», на смену которой пришла, однако, новая сила — партия социал-революционеров. Особую активность в проведении террористических акций проявляла Боевая организация эсеров, которая поставила целью уничтожить представителей власти, признанных «наиболее опасными врагами свободы». Главной задачей террористов являлось внесение страха и дезорганизации в высшие эшелоны власти.
Количество террористических акций возросло в период революции 1905–1907 гг. Так, с октября 1905 по апрель 1906 г. в результате террористических акций погибли 288 человек, 388 должностных лиц получили ранения. В 1907 г. не установленными полицией лицами было совершено 3457 терактов.
Эти факты потребовали новых реформ политического сыска. В частности, в Департаменте полиции были созданы два особых отдела для ведения сыска в политических партиях и для контроля за массовым революционным движением. Возросло и число охранных отделений с трех в 1902 г. до 31 в 1908 г.
Дело Азефа, одного из руководителей Боевой организации эсеров и разоблаченного как провокатора в 1909 г., вызвало процесс распада партийных террористических структур. После ряда неудавшихся акций в начале 1911 г. Боевая организация была распущена. ЦК партии эсеров — «гнездо измены и провокаций» — было серьезно скомпрометировано в глазах рядовых ее членов.
Политический сыск в связи с ослаблением терроризма также претерпел изменения. Количество внутренней агентуры было значительно уменьшено, а охранные отделения ликвидированы, за исключением Московского, Варшавского и Петербургского.
Пока Россия, по выражению канцлера A.M. Горчакова, сосредотачивалась после поражения в Крымской войне, а затем приходила в себя из-за внутренних потрясений, связанных с ростом революционного движения и разгулом терроризма, ее будущие противники зорко наблюдали за военным, экономическим, моральным российским потенциалом.
После фактической денонсации Россией Парижского мирного договора 1856 г. как результата поражения Франции в войне с Пруссией в 1871 г., позволило русскому правительству приступить к воссозданию военного флота на Черном море. После русских побед в войне с Турцией 1877–1878 гг. Европе стало ясно: Российская империя вновь выходит на политическую арену как один из главных игроков, не считаться с которым теперь невозможно. Вполне естественно, что другие главные игроки различных политических комбинаций старались тайными методами заглянуть в карты российского партнера.
Не случайно отмечается активизация деятельности прежде всего австрийской и германской разведок на западных рубежах России именно в 1870—1880-е гг. В связи с этим российские власти начинают предпринимать ряд ответных мер профилактического характера».
В 1885–1892 гг. решалась проблема удаления иностранцев из районов военных крепостей и стратегических пунктов; были составлены специальные карты расселения лиц иноземного происхождения в районах Брест-Литовской и Новогеоргиевской крепостей. В 1898–1900 гг. велась интенсивная переписка между МВД и Штабами Военных округов о разрешении иностранцам путешествовать по России только по определенным маршрутам и под гласным надзором местных властей.
В 1887–1888 гг. расследовалось дело прусских подданных Павла и Людовика Штейнке и Георгия и Эдуарда Вунж, заподозренных в разведывательной деятельности. В 1890 г. проводилось дознание по делу Ф.М. Зильберштейна. В 1893 г. по обвинению в шпионаже были арестованы австрийские подданные Р.-Э.А. Гельветер и О.И. Рычковский, под видом торговых агентов изучавшие коммуникации русских войск в бассейне Средней Вислы. В 1895 г. в Киевском военном округе проходил процесс над австрийским подданным Э. Красницким, рядовым 165-го пехотного Ковенского полка Ф. Харченко и запасным ветеринарным фельдшером И. Пелчинским. В том же году по подозрению в шпионаже в Киевском округе проходили дворяне С. Домарадзский и В. Квятковский, мещанин И. Бригер и связанные с ними 39 человек. В 1901–1902 гг. расследовалось дело А. и М. Граневичей, в 1903–1906 гг. — Р.К. Броневича, Г.Н. Щербакова, Г.Я. Сладковского и др., в 1904 г. — Г.И. Альтера.
Активности русской контрразведки противопоставлялось совершенствование работы иностранных спецслужб, 16 июня 1892 г, между Германией и Австро-Венгрией было подписано соглашение об обмене разведывательной информацией, добытой в России, 7 октября 1906 г, к нему присоединилась Япония.
В 1909 г. Германией была разработана целая программа шпионажа в России (русской контрразведке она стала известна на основе изъятых документов и показаний германских разведчиков Бертольда и Бруно Германов). Она предусматривала сбор подробных сведений об образцах формы, оружия, структуре управления войсками, революционной пропаганде в армии, особенностях фортификационных сооружений, порядке мобилизации и «как отразилось на духе войск сокращение срока службы в армии до трех лет».
Иностранные разведки предполагали создать весьма разветвленные «штаты» своей агентуры в городах России. В губернских городах полагалось иметь трех своих сотрудников, в населенных пунктах до 10 000 человек — двух, в округах с населением, меньшим 10 000, — одного.