Однажды Оуэн был в Лондоне и вместе с друзьями решил послушать известного проповедника Эдмунда Кэлами. Но Кэлами не пришел. Вместо него выступил проповедник из провинции. Однако Святой Дух направил его слова так, что Оуэн обрел уверенность в спасении.
Оуэн начал свое пасторское служение в Фордеме, деревушке в графстве Эссекс. Там же он женился на Мэри Рук. Его семейная жизнь была чрезвычайно печальной. Сейчас мы вряд ли сможем это понять, поскольку в наш век медицина шагнула далеко вперед. Из одиннадцати детей только одна дочь достигла совершеннолетия. Она вышла замуж, однако брак оказался неудачным. Она вернулась к родителям и вскоре умерла от туберкулеза.
В 1646 году Оуэна пригласили в одну из церквей Лондона, где каждое воскресенье на богослужение приходило две тысячи человек. В июне 1648 года войска генерала Ферфакса осадили Колчестер, и Оуэна пригласили проповедовать солдатам. Оуэн подружился со многими офицерами, в том числе и с Генри Айртоном, зятем Оливера Кромвеля. Дарования Оуэна скоро дали о себе знать, и он был приглашен проповедовать в парламенте, где вскоре стал самым популярным проповедником и был назначен капелланом Оливера Кромвеля. В 1652 году Оуэн официально вступил в должность вице-канцлера Оксфордского университета, которая налагала на него целый ряд административных обязанностей. За шесть лет пребывания в этой должности Оуэн сделал богословие, проповедь, катехизис и молитву главными составляющими учебного процесса. Дисциплина в университете была довольно слабой, но Оуэн хорошо справлялся со своими обязанностями. Он проявлял выдержку, но в то же самое время был строгим. Однажды во время дискуссии студент позволил себе непристойную брань. Его предупредили, но он продолжил сквернословить. В конце концов Оуэн вышвырнул его из аудитории!
В 1658 году Оуэн принял участие в конференции служителей конгрегационалистских церквей, которая проходила в Савойском дворце в Лондоне. Ему вместе с доктором Томасом Гудвином, Филиппом Най, Уильямом Бриджем, Уильямом Гринхиллом и Джозефом Кэриллом (делегатами Вестминстерской ассамблеи) доверили подготовить текст вероисповедания, основанного на Вестминстерском вероисповедании. Так появилась Савойская декларация.
В 1676 году у Джона Оуэна умерла любимая жена. Через полтора года он женился снова. Его вторая жена была богатой женщиной. Благодаря ее состоятельности, когда его здоровье пошатнулось, он мог ездить с места на место в карете.
Джон Оуэн обладал великолепными интеллектуальными способностями — это видно из его трудов. В основе каждого его произведения лежит глубокое понимание учения о благодати. Однако читать Оуэна — дело не из легких. Хотелось бы выразить благодарность Р. Лоу, который подготовил сокращенный вариант таких замечательных произведений Оуэна, как «Святой Дух», «Общение с Богом», «Отступничество от Евангелия» и «Слава Христа».
В отличие от многих других известных пуритан, получивших хорошее образование в престижных университетах Кембриджа и Оксфорда, Бакстеру пришлось заниматься самообразованием. Благодаря самодисциплине он приобрел знания, которые уравняли его с лучшими пуританскими авторами.
Бакстера рукоположили в англиканской церкви и послали совершать служение в Киддерминстере. Приехав туда, он обнаружил духовную пустыню. Бакстер приступил к душепопечительству и благовестию с небывалым рвением. Это произвело удивительную перемену в городе, так что вскоре для проведения богослужений потребовалось более просторное помещение. Пуритане не употребляли слово «пробуждение». Им больше нравилось говорить об «излиянии Святого Духа». В Киддерминстере произошло настоящее пробуждение, которое до сих пор возгревает дух верующих и вдохновляет их.
Бакстер женился в 1662 году. Его жена Маргарет обладала выдающимися талантами и духовными дарованиями. После ее смерти Бакстер написал ее биографию. Джон Пакер с восторгом отзывался об этой биографии: он считал, что она помогает разрушить карикатурные представления о пуританах как о бесплотных духах, которым было чуждо все человеческое. Бакстер больше других подвергся гонениям: после великого гонения он оказался в тюрьме.