Через несколько дней разговор об «оздоровлении климата в академии» был продолжен.
— Вот мой ответ, — медленно заговорил Сатпаев, словно взвешивая каждое слово, — я не дам согласия на такую безосновательную чистку ни в одном из вверенных мне научных учреждений, во всяком случае, пока я руковожу ими.
Теперь события стали разворачиваться стремительно. Резкой критике подверглось издание эпической поэмы «Сказ об Едиге». Всем стало ясно, на кого нацелена критика. Издателем эпоса был Сатпаев. Дальше — больше. Сатпаева ложно обвинили в принадлежности в юношеские годы к молодежному клубу, объявленному националистическим. Ему предложили чистосердечно раскаяться в грехах молодости. Но Каныш Имантаевич ответил отказом. Тогда ему посоветовали написать заявление с просьбой освободить его от обязанностей президента... по состоянию здоровья.
В других обстоятельствах он, может быть, и принял бы это предложение. Каныш Имантаевич не был честолюбив и не раз выражал желание оставить свои многочисленные должности для занятий наукой. Но теперь, когда решалась судьба десятков ученых, когда была поставлена под сомнение репутация самой Академии наук — слаженно и плодотворно работающего большого научного коллектива, — уйти в тень, без борьбы оставить все на произвол судьбы, в угоду горстке людей — этого он не мог и не хотел сделать. В глубине души он верил, что трудности временные: пройдут месяцы, годы, партия исправит несправедливость. Но ведь надо дожить до этих дней, а самое главное — сохранить научные кадры! Поэтому надо сражаться до конца...
— Нет, в данный момент я не приму этого предложения, — сказал он.
В начале следующего года общее собрание академии освободило Сатпаева от поста президента; он был выведен и из состава Президиума. В постановлении говорилось: «...За грубые ошибки, допущенные в подборе и воспитании национальных научных кадров, а также за местнические принципы в выдвижении их...»
Вскоре пошли разговоры, что его освободят и от директорского поста в Институте геологических наук. Там тоже нашлись критики, недовольные его стилем руководства и сомневающиеся в правильности некоторых его теоретических работ. Они теперь развили кипучую деятельность: писали письма в высшие органы власти, организовывали жалобы, создавали разные комиссии по проверке...
Именно в те дни, когда тучи все сильнее сгущались над его головой, Каныша Имантаевича вызвали в Москву. Руководство АН СССР предложило ему возглавить один из научно-исследовательских институтов по геологии.
Предложение лестное, о лучшем и мечтать не приходилось. Союзный институт, оснащенный самым современным оборудованием, а научные кадры — слава и гордость советской геологии!
Но вопреки ожиданиям многих Каныш Имантаевич поступает по-иному. Окончательное решение этого вопроса он адресует новому руководству Академии наук Казахстана.
Динмухамеду Ахмедовичу Кунаеву, человеку, мыслящему «по-государственному, широко, смело» (как пишет Л.И.Брежнев в книге «Целина»), который сменил Каныша Имантаевича на посту президента, не хотелось расставаться с ученым такого масштаба, как Сатпаев. Он лучше всех понимал, что значит деятельность академика для руководимого им научного центра. И теперь, когда Каныша Имантаевича пригласили в Москву, он использовал это обстоятельство, чтобы защитить от необоснованных нападок доброе имя всеми уважаемого ученого, и предложил ему оставаться во главе института, обещав свою поддержку.
Каныша Имантаевича такое решение вполне устраивало. И он, позабыв свои мытарства, приступил к давно задуманной работе...
Оценивая этот сложный период, Леонид Ильич Брежнев пишет в книге «Целина»:
«Замечу, что поборники национальной обособленности под предлогом защиты «чисто национальных традиций» обычно выступают изворотливо, редко в открытую. Напротив, ловко пользуясь ошибками противников, они хотят выглядеть, как говорится, святее папы римского. Помню, какой шум был поднят вокруг роли некоего Кенесары. Вначале объявили его прогрессивным деятелем, выступавшим за объединение Казахстана с Россией. Потом нашли документы, показывающие, что он был реакционер и объединения не одобрял... Не хочу ворошить старую историю, да и специалистом в этой области себя не считаю, а волновало меня другое. Баталии, которые навязывали некоторые демагоги, привели к тому, что из республики были вынуждены уехать такие выдающиеся люди, как писатель Мухтар Ауэзов и академик Каныш Сатпаев.