Почвоведы академии в сравнительно короткий срок составили почвенные карты территории всех областей Казахстана. Это способствовало правильному размещению вновь организуемых целинных совхозов. Микробиологи проводили исследования по распространению азотобактера в почвах северных и центральных областей. Более ста новых сортов высокоурожайных сельскохозяйственных культур выведено за эти годы селекционерами Казахстана. Вопросы районирования и правильного территориального размещения их стали основным направлением исследований сельскохозяйственных научных институтов. Один за другим в бескрайние степи отправлялись отряды поисковиков — гидротехники, биологи, ботаники, зоологи...
В 1957 году Сатпаев был награжден третьим орденом Ленина за мобилизацию Академии наук Казахстана на освоение целинных и залежных земель.
На следующем, XXI съезде КПСС глава казахстанских ученых принял участие в прениях по Отчетному докладу. Текст его речи опубликован в «Правде».
«Для широкого использования богатейших минеральных ресурсов Центрального Казахстана уже сейчас становится тормозом бедность его водными ресурсами, — говорил Сатпаев. — Такое напряженное положение с водой требует неотложного сооружения в текущем семилетии канала Иртыш — Караганда... Три основные магистральные железнодорожные линии, имеющиеся в Казахстане, совершенно не связаны между собой в средней, наиболее промышленной, части республики. Это приводит к нерациональным и дальним перевозкам. Необходимо построить железнодорожную линию Джезказган — Аральское море, которая создаст кратчайший выход продукции из Джезказгана, Темиртау и Караганды и позволит освоить Кияктинское месторождение углей и крупный Приуральский железорудный бассейн. Требуется также построить линию Караганда — Актогай через Каркаралинск, где находятся крупные минеральные богатства центрального промышленного района республики».
Сегодня мы видим: некоторые из этих предложений воплощены в жизнь, а другие уже ставятся в ряд неотложных задач дня...
XXI съезд КПСС принял развернутые планы по дальнейшему развитию народного хозяйства. В связи с этим перед геологами ставилась задача в ближайшем времени отыскать и разведать новые сырьевые ресурсы для возрастающих мощностей химической и металлургической промышленности. А это, в свою очередь, повысило значение и роль прогнозных карт. Именно в эти годы почти все геологические коллективы страны занялись прогнозными исследованиями. Теперь проблему предсказаний пытались решить не только ученые, но и сами геологи-разведчики. Естественно, что подобные увлечения внесли в проблему много путаницы, противоречий. Многим начинало казаться, что за сравнительно короткий срок можно, подобно казахстанским геологам, добиться замечательных успехов. В спешке забывалось, что тем трем годам, за которые сатпаевская группа сделала первую карту, предшествовали многие годы систематической работы. В центральной научной печати стали появляться переводы научных трудов немецкого ученого Г.Шнейдерхена, когда-то объявленного отцом европейских металлогенистов.
Одним из первых против ошибочного направления в металлогении, уводившего науку в дебри бесполезных дискуссий, выступил Сатпаев.
«Известно, что модные теории появляются и исчезают, большей частью не оставляя каких-либо заметных положительных следов, а реальные факты продолжают существовать, — писал он в журнале «Советская геология». — Достаточно напомнить недавнюю историю с концепцией осадочного происхождения некоторых рудных месторождений, чтобы понять ошибочность самого принципа абстрактного теоретизирования в таких конкретных делах, какими являются металлогенические исследования и прогнозы месторождений полезных ископаемых. Поэтому не пора ли вообще перестать склонять достойное имя Ю.А.Билибина в связи с данной дискуссией».
Здесь же Каныш Имантаевич с полной научной объективностью доказал несостоятельность попыток некоторых известных ученых популяризировать ошибочные концепции немецкого «отца металлогении».
«Основной... идеей Шнейдерхена, которую он и его отдельные единомышленники настойчиво пропагандируют и пытаются внедрить в геологическую теорию и практику, является утверждение, что для каждого крупного рудного региона якобы имел место только один этап эндогенного рудообразования — этап металлогенного орогенеза. Вся остальная история геологического развития данного рудоносного региона была будто бы совершенно бесплодной... На примере явно многоэтапной металлогении почти всех основных рудных районов СССР становится очевидной надуманность основного тезиса Г.Шнейдерхена о единичности металлогенических этапов в рудных регионах. — Далее, разбирая прочие тезисы немецкого ученого, Сатпаев писал: — ...Во всяком случае, никакого практического значения в прогнозно-поисковом и оценочном отношении этот вопрос, конечно, иметь не может, да и вообще, что для рудогеологической теории и практики могут дать подобные голые утверждения, кроме бесконечных дискуссий, уводящих геологов в туманные дебри надуманных теорий, которым можно только верить или не верить, так как они находятся вне области науки... Поэтому пропаганду этих и подобных им схоластических модных «теорий» у нас в СССР оправдать нельзя».