Тогда же Совнарком республики, приняв рекомендации объединенной комиссии, сменил руководство филиала. Заместителем председателя Президиума был назначен кандидат исторических наук Г.О.Бузурбаев, в то время работавший помощником секретаря ЦК КП Казахстана. Каныш Имантаевич был введен в члены научного совета филиала. И вскоре уехал к себе в Джезказган.
Не прошло и года, как он назначен сюда на работу... Новое руководство филиала и его ученый совет, разумеется, не сидели сложа руки. Но в столь тонком деле, как организация науки, много ли можно успеть за такое короткое время? Теперь же необходимо добиться повышения эффективности исследований в кратчайший срок. Этого требуют нужды войны.
Необходимо отрешиться от представлений мирного времени, отказаться от занятий чистой наукой. «Например, — говорил он, — сектор ботаники на время может приостановить свои фундаментальные исследования, временно заняться поисками лекарственных трав. Или найти виды растений, нужные для обороны. Агротехники занялись бы составлением почвенных карт республики. Ведь республике в будущем году предстоит в несколько раз увеличить посевы зерновых. А зоологи должны включиться в это дело в ближайшие дни — дать правительству республики необходимые рекомендации по резкому увеличению фондов мяса и пушнины. Ведь казахские степи богаты этими дарами природы».
«Моя первая встреча с Канышем Имантаевичем была несколько необычной и в обстановке далеко не научной. Мы познакомились в магазине, — вспоминает другой казахстанский академик — И.Г.Галузо. — Случайно оказавшись рядом, он задал мне какой-то вопрос, из которого было видно, что он не алмаатинец. Завязался разговор. Я узнал, что мой собеседник геолог и только несколько дней тому назад приехал в Алма-Ату. Когда К.И.Сатпаев, в свою очередь, узнал, что я зоолог, он широко улыбнулся и сказал: «Ну что же, может быть, вместе поедем на охоту». И тут же засыпал меня вопросами из области зоологии: какие промысловые, пушные и вообще хозяйственно полезные животные заселяют территорию Казахстана? Как развит промысел рыбы? И прочее. Я не мог понять, почему геолог вдруг так подробно интересуется зоологической наукой. Когда на следующий день я поделился со своими товарищами по работе впечатлениями от встречи с интересным геологом, кто-то мне сказал: «Так это же, видно, был К.И.Сатпаев, который приглашен руководить нашим филиалом». Прошло несколько дней, и я уже был на официальном приеме у нового руководителя нашего филиала К.И.Сатпаева. Беседа затянулась, помню, очень долго. Каныш Имантаевич интересовался всеми тонкостями зоологической науки, а когда он узнал, что я паразитолог, то переключил свои интересы и в эту область... Меня поразил исключительно четкий, ясный и оправданный требованиями народного хозяйства и культуры план развития зоологической науки в Казахстане, который начертал К.И.Сатпаев при этой первой нашей официальной встрече. Спустя некоторое время Каныш Имантаевич беседовал с группой зоологов и ботаников, работавших в казахском филиале АН СССР. Он говорил с каждым из нас в отдельности, знакомился с состоянием науки во всех деталях и затем, сориентировавшись, вносил свои рекомендации. Помню, однажды он нарисовал нам далекую перспективу освоения и реконструкции животного мира республики. Он много говорил о рыбных запасах и, так как в то время страна испытывала затруднения в продовольственных ресурсах, ставил перед нами задачу массового изучения рыбных запасов и возможностей использования наземных позвоночных животных. В одной из таких бесед возникла мысль о реконструкции фауны и обогащении ее продуктивными животными, а также водоемов промысловыми видами. К.И.Сатпаеву очень понравились работы сектора зоологии по выведению новой породы овец-архаромериносов. К моменту прихода К.И.Сатпаева в филиал уже были получены ободряющие результаты. Ознакомившись подробно с состоянием работ по выведению новой породы, он взял их под личное свое наблюдение и до последних дней своей жизни интересовался этим вопросом.
По предложению Каныша Имантаевича Сатпаева и его представлению была образована Курмектинская база, где и продолжались работы по выведению новой породы овец».
В кабинет руководителя филиала частенько заходили и ихтиологи.
— Во всем роду Сатпаевых не было рыбаков. Никто из нас не держал в руках удочку. А вот теперь приходится заниматься рыбными делами, — шутил Каныш Имантаевич.
Иной раз такие разговоры затягивались до полуночи, так как днем беседовать было некогда. Работы у всех по горло, а больше всех у Каныша Имантаевича. К тому же все без исключения сотрудники должны заниматься военной подготовкой.