Накануне войны был завершен большой труд Сатпаева «Рудные месторождения Джезказганского района», начало которого еще в 1927 — 1928 годах было опубликовано в журналах «Жана мектеп», «Народное хозяйство Казахстана» и в других изданиях. За пятнадцать лет это исследование выросло в крупную монографию.
В 1942 году Канышу Имантаевичу присудили за нее Сталинскую премию второй степени. В сущности, то была награда за Большой Джезказган, который в самые трудные дни войны давал стране колоссальное количество дешевой меди.
«...Много лет своей жизни К.Сатпаев посвятил Джезказганскому месторождению меди, в Центральном Казахстане, — писала «Правда» в номере от 17 июля того же года в статье «Оружие науки». — Медь в Джезказгане была найдена давно, но существовало убеждение, что ее там совсем немного. Сатпаеву стоило большого труда заново открыть то, что было плохо открыто, — доказать, что Джезказган — крупнейшее месторождение меди. Если бы Сатпаев был только геологом, его бы это удовлетворило. Месторождение очерчено, запасы подсчитаны, происхождение руд выявлено. Чего же еще? Но Сатпаев не только геолог. Сатпаев — государственный деятель. Разыскивая медную руду, он уже видит в степи корпуса заводов, которые будут эту руду превращать в металл. Но, чтобы возник завод, мало одной руды. Для постройки печей необходима огнеупорная глина. Для зданий нужны строительные материалы, выплавка металла не может идти без угля, без флюсов. И вот, ведя поиски руд, Сатпаев одновременно ищет в недрах земли и будущий завод, все, что нужно для его создания... Стране нужна сталь — Сатпаев ищет и находит в Казахстане богатейшие железные месторождения. Он ищет не только железо, но и марганец, который необходим для черной металлургии. Он исследует гидрогеологию района: ведь заводам потребуется вода. Он ищет все, что необходимо для создания в Казахстане мощного металлургического комбината. Медь и железо — две огромные задачи, решенные Сатпаевым. Но он не оставляет без внимания и то, что может оказаться мелочью... Эта черта его как ученого и государственного деятеля во всем блеске проявилась в дни войны».
Нового лауреата поздравили Совет Народных Комиссаров республики и ЦК КП(б) Казахстана.
В ответном письме Каныш Имантаевич заявил:
«Для исследователя нет ничего дороже, как видеть плоды своего творческого труда. Грандиозный размах индустриализации Джезказганского района, проведение к нему железной дороги, превращение этого в недавнем прошлом наиболее глухого района в один из мощных и цветущих индустриальных узлов республики окрыляли меня и помогали мне расти как исследователю и инженеру. ...Всем тем, чего я достиг сейчас... я исключительно обязан Советской власти, так как, не будь ее, я бы, несомненно, остался на всю жизнь незаметным аульным учителем. Нужно ли доказывать, что я чувствую себя в неоплатном долгу перед партией и Советским правительством, что я направлю все свои силы и знания на дело дальнейшего процветания любимой Родины».
Половину полученной премии он направляет в фонд обороны, на оставшуюся часть приобретает облигации государственного займа.
«Берите пример с лауреата Сталинской премии товарища Сатпаева, много сделавшего для развития цветной металлургии Казахстана!» — сказано в первомайском Обращении 1942 года к трудящимся республики ЦК КП (б) Казахстана, СНК и Президиума Верховного Совета Казахской ССР. Имя Каныша Имантаевича в этом документе называлось рядом с именами 28 героев-панфиловцев.
К этому времени Сатпаев был автором более сорока опубликованных научных трудов. Некоторые из них под стать солидным диссертациям. Поэтому 17 августа 1942 года Высшая аттестационная комиссия по совокупности работ присваивает Канышу Имантаевичу ученую степень доктора геолого-минералогических наук.
«История развития науки свидетельствует о том, что самые животрепещущие идеи зарождались только там, где наука базировалась на конкретных фактах; на глубоком их изучении и анализе, на их обобщении, — напишет Сатпаев в статье, опубликованной в 1946 году газетой «Казахстанская правда», — известно, например, что крупнейшие ученые-геологи, разработавшие новые теории в учении о рудных месторождениях, по 15 — 20 лет работали на рудниках... Вместе с тем мы должны всячески развивать так называемую большую теоретическую науку. Мы не можем и не будем от каждой отрасли требовать только такой работы, которая привела бы к сегодняшним и завтрашним результатам. Мы должны развить в системе любого научного учреждения также и теоретическое направление науки. В будущем это даст основные определяющие элементы и для техники, и для производства».