Много успел сделать за четверть века Озерецковский, так и не дождавшийся монаршего внимания, не получавший постоянную поддержку просвещенной России. Это по его настоянию великие мореплаватели в своих кругосветных странствиях помнили о нуждах академического музея, это по его просьбе дипломатические и торговые миссии присылали дары от других пародов и стран. Благодаря его настойчивости Академия издала некоторые свои труды на русском языке, что способствовало широкому знакомству русской общественности с делами Академии и ее учреждений. В больших и трудных делах Кунсткамеры неизменным помощником, другом, советчиком был превосходный знаток камня и минералов академик Василий Севергин. Облегчая свою задачу, понимая, что трудно справиться с большим и разнообразным собранием музея одному, Озерцковский в 1804 году передает Севергину ключи от Минералогического кабинета.
Василий Севергин навел такой порядок в кабинете, так умело показывал достоинства его коллекции, как мог это сделать только ученый, специалист, влюбленный в свою науку. „Такими специалистами должна быть наполнена Кунсткамера, а ее коллекции распределены между ними сообразно их знаниям и интересам“ — эта мысль постоянно приходила на ум надсмотрителю в те дни, когда, опасаясь вторжения войск Наполеона в столицу, ценнейшие коллекции Кунсткамеры подготовили к Эвакуации в Петрозаводск. В тревожные дни Отечественной войны 1812 года Озерецковский понял, что прежняя Кунсткамера как комплексное собрание научных материалов изжила себя. Естественный процесс дифференциации наук требовал обособления внутри единого музея самостоятельных отделов и кабинетов. Однако эта неизбежная перестройка несколько задержалась из-за Отечественной войны.
11 ноября 1818 года академику X. Д. Френу поручили возглавить выделенное из Кунсткамеры собрание восточных моделей, рукописей и книг, под названием Восточного кабинета, который сразу же получил второе, ставшее более распространенным наименование — Азиатский музей. В 1824 году под надзор ботаника К. А. Три-ниуса передаются из Натур-камеры все ботанические коллекции и книги по ботанике, которые образуют Ботанический отдел. 10 ноября 1825 года учреждается Египетский кабинет, или Египетский музеум, под который специально расписываются египетским орнаментом комнаты в первом этаже восточного крыла Кунст-камеры. Смотрителем Египетского музея стал академик Ф. Б. Грефе. Разделение Кунсткамеры началось при жизни Озерецковского, на его глазах и по его настоянию.
„Создаю или разрушаю?“ — вопрос, который мучит семидесятипятилетнего Озерецковского спустя четверть века его работы надсмотрителем Кунсткамеры. Этот вопрос не выходил из его головы и в хмурое декабрьское утро 1825 года, когда в зрительную трубу через окно четвертого этажа башни Кунсткамеры он рассматривал Сенатскую площадь, пытаясь понять, что происходит на ней. В тот вечер, когда Николай Яковлевич узнал подробности выступления декабристов, он долго сидел в своем кабинете при догоревших свечах, и мысль о будущем России, потерявшей лучших людей на плахе, вновь напомнила ему встречу с Александром I, четверть века упорной борьбы за Кунсткамеру как центр науки и просвещения. Он пытался понять самого себя и определить свое место. Ему семьдесят пять лет, он стар. Но где его дух: там, на Сенатской площади, которую он рассматривал в зрительную трубу, или там, среди придворной свиты, ждущей монаршей милости? Он ведь тоже ждал. Ждал четверть века, и не ради себя, а ради России. Те, что вышли на площадь, тоже вышли ради России. „А может быть, и он и они разрушали ради созидания?“
Конец 1826 года принес Николаю Яковлевичу новый удар: умер его друг и соратник Василий Севергин. Возвращаясь с похорон друга, Озерецковский простудился и заболел. Болезнь была долгой и тяжелой. Николай Яковлевич терял сознание, бредил. Лишь иногда сознание возвращалось. Тогда он вспоминал свое прошлое, путешествия, службу, работу в Кунсткамере. Вспомнилось письмо княгини Дашковой, полученное 28 мая 1800 года, в котором она поздравляла его с назначением надсмотрителем Кунсткамеры и выражала надежду, что он будет мудрым правителем ее. „Мудрым, — подумал Николай Яковлевич, — но никто не знал, что я окажусь ее последним правителем, что я сам разделю' ее по нужде, по необходимости для дела на разные кабинеты, ставшие уже самостоятельными вотчинами и даже размещенными в музейном флигеле, что строят за главным зданием Академии…“
28 февраля 1827 года Озерецковского не стало.
Николай Яковлевич Озерецковский был прав — он оказался последним главой прежней Кунсткамеры. Выделение трех самостоятельных учреждений внутри прежнего музея сделало очевидным необходимость такого же обособления под началом авторитетных руководителей других отделов. Структурные изменения требовали новых штатов, помещений, ассигнований. В январе 1830 года Академия обратилась к правительству с ходатайством о подобном увеличении, но Николай I счел за благо срезать штат Кунсткамеры и отменить назначение академиков смотрителями отделов. На содержание музея было отпущено всего 3200 рублей, что превращало центр и гордость русской пауки в склад диковинных предметов, недоступных для обозрения и изучения.
Два года Академия не мирилась с этим решением и в конце концов размножила для высочайшего сведения и правительства в 50 экземплярах записку, где доказывалась необходимость существования каждого из подразделений Кунсткамеры, а именно: Зоологического музея, Азиатского, Сравнительной анатомии, Нумизматики, Минералогического, Ботанического, Этнографического, Кабинета Петра I и Египетского. На их содержание, пополнение и экспонирование требовалось 74 100 рублей. С этой запиской случилось то же, что и с запиской, поданной Александру I, однако двухлетняя дискуссия в академических кругах стала достоянием широкой общественности, и это вынудило правительство принять какие-то меры для улучшения положения Академии и ее музея.
Пять лет — с 1831 по 1836 год — решалась судьба Кунсткамеры и будущее родившихся в недрах ее научных центров. Усилия академиков дали реальные результаты. То П-образное здание, которое сегодня со стороны Таможенного и Биржевого переулков и со стороны Менделеевской линии обрамляет белоколонпый дворец Академии наук, начало строиться в 1826 году и было закончено в 1831 году. В нем предполагалось разместить академическую типографию, но первым туда въехал Зоологический отдел — Зоологический музей Кунсткамеры, который с того же 1831 года возглавил академик Ф. Ф. Брандт. В 1835 году в этот же корпус, получивший название музейного флигеля, переехал Ботанический отдел, а также отдел Сравнительной анатомии, вошедший в состав Зоологического музея на правах подотдела. В старом здании оставались отделы (музеи) Азиатский, Египетский, Этнографический и Кабинет Петра I.
Окончательное разделение Кунсткамеры, или, точнее, выделение из нее семи академических учреждений произошло в 1836 году, когда в „Уставе и штатах императорской Санкт-Петербургской Академии наук“ были записаны в качестве самостоятельных музеев: Минералогический, Ботанический, Зоологический и Зоотомический, Азиатский, Нумизматический, Египетский и Этнографический. В штатах музеев предусматривались как научные, так и научно-технические сотрудники. Разместившись в двух соседних зданиях, все семь новых музеев в том же 1836 году открыли свои экспозиции для посетителей.
Вышедшие из недр Кунсткамеры семь новых академических музеев либо послужили основой современных академических институтов, либо вошли важной составной частью в поныне существующие музеи. Минералогический музей стал основой современного Минералогического музея АН СССР (г. Москва). Ботанический музей — важная часть музейных собраний Ботанического института ЛИ СССР. На базе Зоологического музея возник Зоологический институт АН СССР и его музей. После передачи вещевых коллекций Азиатского музея Этнографическому на базе оставшихся рукописных и книжных собраний возник Институт востоковедения АН СССР. Коллекции Нумизматического музея вошли в состав соответствующих коллекций Государственного Эрмитажа и Этнографического музея. Также между Эрмитажем и Этнографическим музеем были поделены коллекции Египетского музея. Кабинет Петра I — основа современной Петровской галереи Государственного Эрмитажа. На базе Этнографического музея возник Музей антропологии и этнографии имени Петра Великого АН СССР и Институт этнографии имени Н. Н. Миклухо-Маклая АН СССР.