Перед войной, в начале лета 1941 года, руководство Наркомата ВМФ, обеспокоенное тем, что силы Моонзундского гарнизона недостаточны для обороны островов, добивалось увеличения численности этого гарнизона. Но немало времени было потеряно из-за споров, кому подчинить войска, если они будут выделены. Прибалтийский военный округ не хотел выделять крупные части и подчинять их флотскому начальнику. Когда началась война, начальник Генерального штаба генерал армии Г.К. Жуков 23 июня подписал директиву Военному совету КБФ: «Ответственность за сухопутную оборону островов возлагается: Эзель — на Прибалтийский военный округ, Даго — на Ленинградский. Командуют обороной на островах сухопутные командиры. Береговая оборона остается за командованием КБФ, которое ставит ей задачи».
Получив для сведения копию этой телеграммы, я был искренне огорчен. До войны Наркомат Военно-морского флота настойчиво требовал от командования береговой обороны, чтобы оно было готово командовать различными родами войск и полностью отвечать за оборону островов. Однако согласно телеграмме сухопутные части оставались в подчинении военных округов. Кроме того, войска на двух находившихся рядом островах, имевшие одну оперативную задачу, подчинялись разным округам.
Правда, ход событий вскоре заставил подчинить все войска коменданту островного района генерал-майору береговой службы А.Б. Елисееву, но затяжка с решением этого вопроса отрицательно повлияла на дело. Флотское командование смогло по-настоящему взяться за организацию противодесантной и сухопутной обороны лишь тогда, когда враг уже занял Либаву и Ригу.
На островах спешно достраивали батареи и оборудовали противодесантные позиции. Благодаря самоотверженному труду воинов гарнизона к началу сентября было сооружено более 250 дотов и дзотов, установлено около 24 тысяч мин и фугасов, возведено более 140 километров проволочных заграждений. И все же этого было недостаточно для долговременной и стойкой обороны. К тому же оборонительные сооружения были разбросаны по всему побережью и не создавали единой системы.
Перед началом боев за острова гарнизон их состоял из частей армии и флота общей численностью 23 663 человека. Защитники островов располагали 142 орудиями береговой, полевой и зенитной артиллерии, 60 минометами, 795 пулеметами. Для отражения десанта имелось 6 торпедных катеров и 12 самолетов-истребителей.
Учитывая большую площадь островов и протяженность их побережья, следует признать, что недоставало и людей, и боевой техники. Малочисленность кораблей и авиации, отсутствие подвижных частей (танковых и артиллерийских) также сильно затрудняли оборону. К тому же после оставления Таллина Моонзунд и полуостров Ханко могли рассчитывать только на свои силы при полном прекращении снабжения из Кронштадта.
Несмотря на все эти трудности, защитники Моонзундских островов были полны решимости сражаться за каждую пядь земли, отвлечь на себя как можно больше вражеских сил и тем помочь войскам Лениградского фронта.
Через месяц после начала войны, когда противник, наступая на Таллин, продвинулся вдоль материкового берега к Виртсу, возникла угроза для островов с суши. Тогда коменданту островного района А.Б. Елисееву и командиру отряда легких сил контр-адмиралу В.П. Дрозду Военным советом флота была поставлена задача спешно организовать десант хотя бы из 300 человек, высадить его в Виртсу и отбросить противника к Пярну.
Эту задачу они выполнили отлично. После десанта в Виртсу противник почти два месяца не предпринимал попыток для захвата Моонзундских островов. Но едва последние наши корабли покинули Таллин, как немецкое командование начало спешно готовиться к захвату островов. Оно выделило крупные силы: две пехотные дивизии, два саперных и один понтонный полк, финский батальон, артиллерийскую группу поддержки, 60 самолетов, флотилию миноносцев, две флотилии торпедных катеров и две — тральщиков, флотилию охотников за подводными лодками, семь плавучих батарей и до 350 единиц различных плавсредств для высадки десантов.
Утром 8 сентября после продолжительного артиллерийского обстрела немецкие войска высадились на острове Вормс (Вормси). Гарнизон, состоявший из двух неполных рот, сражался мужественно. Десант в бухте Свибю был сброшен в море. Однако в других пунктах противнику удалось закрепиться. Защитники острова, понеся большие потери, сражались до последней возможности. Остатки героического гарнизона отошли на остров Даго.