Эту работу поручили специальной комиссии, получившей название Уложенной. Екатерина II разработала руководство, получившее название «Наказ императрицы Екатерины II, данный комиссии о сочинении проекта нового уложения». Два первых пункта «Наказа» гласили:
«1. Закон Христианский научает нас взаимно делати друг другу добро, сколько возможно.
2. Полагая сие, законом веры предписанное, правило за вкоренившееся, или за долженствующее вкорениться в сердцах целого народа, не можем иначе кроме сего сделать положения, что всякого честного человека в обществе желание есть или будет видети все Отечество свое на самой высшей степени благополучия, славы, блаженства и спокойствия».
В состав Уложенной комиссии вошли «выборные» — 573 депутата от всех сословий Российского государства: дворянства, купечества, мещанства, казачества, инородцев и даже лично свободных государственных крестьян. Право участвовать в составлении уложения было лишено только крепостное крестьянство, составлявшее большинство населения страны. Выборные привезли с собой 1465 наказов от избирателей.
Общее руководство работой комиссии осуществлял генерал-прокурор Сената князь A.A. Вяземский, а ее председателем стал известный военачальник и дипломат генерал-поручик А.И. Бибиков. Им потребовалось немалое число сотрудников, людей образованных, деятельных и ответственных. Так в аппарате Уложенной комиссии оказался капитан М.И. Голенищев-Кутузов. Высочайшим указом он переводится из полка в распоряжение генерал-прокурора князя Вяземского (в составе специально отобранной группы офицеров в количестве 22 человек, в основном из гвардейских полков).
Работа в штате Уложенной комиссии стала для М.И. Кутузова серьезной жизненной школой, расширила его кругозор, дав широкие познания в области права, экономики, социологии. Все это ему весьма пригодилось в будущей военно-административной, дипломатической и педагогической деятельности.
Молодому офицеру пришлось соприкоснуться с такими людьми, как всесильные в то время братья Григорий и Алексей Орловы, будущий светлейший князь Г.А. Потемкин, доверенное лицо императрицы граф П.И. Панин, известные литераторы И.П. Елагин и Г.В. Козицкий, историки академик Г.Ф. Миллер и князь М.М. Щербатов, другими влиятельными людьми екатерининского времени. Среди депутатов оказалось немало и родственников по линии дяди Ивана Логиновича — Бибиковых.
Для разработки проектов по отдельным вопросам создавались специальные депутатские комиссии (всего 19), называвшиеся «частными». Они состояли из пяти депутатов: трое избирались, а еще двое назначались Вяземским и Бибиковым. М.И. Кутузов был включен в состав секретариата «частной» Юстицкой комиссии, переименованной позже в Комиссию о правосудии вообще.
В его обязанности входило ведение протоколов заседаний, составление реестров наказов, выписок и сводок из существующего законодательства, формулирование статей проектов законов. Протоколы заседаний затем сводились в одну официальную дневную записку, которая утверждалась на следующем заседании комиссии. Ее краткое изложение — экстракт — ежедневно направлялось императрице.
Уложенная комиссия действовала до декабря 1768 года: началась война с Турцией, и многие депутаты, будучи людьми военными, должны были возвратиться к местам службы или сразу отправиться на театр военных действий. (Больше комиссия по составлению нового свода законов Российской империи Екатериной II не собиралась. Огромный труд многих сотен людей так и остался незавершенным.)
Капитан М.И. Голенищев-Кутузов вскоре вновь оказался в хорошо знакомой ему Польше, где принял участие в начавшейся войне с польскими конфедератами. Она стала следствием событий 1764–1765 годов, связанных с возведением на королевский трон приверженца России Станислава Понятовского.
Его противники из числа польской вольной шляхты, собравшись в феврале 1768 года в украинском городке Баре, образовали «конфедерацию», объявили сейм Польши низложенным и принялись за создание собственной армии. Варшавское правительство оказалось бессильным в противодействии барским конфедератам. Те, окрепнув, в октябре издали манифест, в котором призвали население к повсеместному восстанию против короля Станислава Понятовского и потребовали от России вывода своих войск с польских территорий.