В старой России такое совмещение сразу нескольких высоких государственных и военных должностей, начиная с эпохи Петра Великого, было практикой управления империей. Это позволяло казне экономить немалые суммы денег, а монарху вверять немалую часть власти на местах немногим доверенным лицам.
Исполнение гражданских и военных обязанностей требовало от 53-летнего Михаила Илларионовича большой энергии и немалого напряжения духовных и физических сил. Особенно много времени приходилось уделять столичным заботам. Губернатор разбирал жалобы населения и направлял по необходимости дела в судопроизводство; инспектировал финансово-хозяйственную деятельность петербургских больниц, военно-сиротского дома. Он разрабатывая Положение и штат городской Думы столицы и докладывал об этом в Сенате; содействовал работе петербургского Вольного экономического общества по вопросам земледелия и сельского хозяйства; руководил деятельностью полиции и исполнял множество других дел.
Кутузову приходилось заниматься вопросами строительства величественного Казанского собора и провиантских магазинов (складов) на Фонтанке. Он вел учет урожая в Выборгской губернии и отправлял ведомости о нем императору, оказывал содействие шведскому послу в оформлении провоза через границу закупленного в России хлеба, расследовал происшествия в приграничной зоне, связанные с нарушением торговли.
Уже с начала своего правления император Александр I не был расположен к знаменитому полководцу. (Суждений в связи с этим существует достаточно много, но единого мнения нет.) Однако в силу своего чина и признанных заслуг перед Отечеством, М.И. Голенищев-Кутузов занимал высокое положение в императорском окружении, и Александр был вынужден терпеть Кутузова до поры до времени. Поводом отдалить его от власти послужили недостатки в работе столичной полиции.
Петербургский полицмейстер Овсов не смог отыскать карету, сбившую на Исаакиевской площади англичанина, а также виновников нападения у Михайловского замка на Ушакова, человека близкого к великим князьям Николаю и Михаилу Павловичам. Последнюю каплю в чашу терпения добавил гвардейский поручик Семеновского полка Шубин, наделавший долги и инсценировавший попытку захвата мнимого заговорщика с целью получения денежного вознаграждения.
Разгневанный делом Шубина, император срочно назначает оказавшегося в столице генерал-фельдмаршала М.Ф. Каменского главнокомандующим в Санкт-Петербурге, а генерал-адъютанта К.Ф. Комаровского — его помощником и одновременно начальником полиции. Последний сумел изобличить поручика Шубина, найти владельца кареты, сбившего англичанина, и беглых солдат, напавших на Ушакова.
Одновременно Комаровский доложил Александру I о недостатках в деятельности столичной полиции, нехватке полицейских будочников, продолжающихся карточных играх, дуэлях среди офицеров и дворянской молодежи, запрещенных высочайшим указом, и многом другом. «Виновником» всего этого «безобразия», естественно, представлялся столичный военный губернатор.
В связи с этими событиями в августе 1802 года последовало высочайшее повеление о сдаче М.И. Голенищевым-Кутузовым должности военного губернатора. При этом дела им передавались не главнокомандующему графу Каменскому, выехавшему в войска, а начальнику столичной полиции Комаровскому.
Тяжело переживая такое нерасположение императора, Кутузов обратился к нему с прошением принять высочайшее решение о его дальнейшей судьбе. Прошение не осталось без ответа. Последовал монарший указ Правительствующему Сенату об увольнении М.И. Голенищева-Кутузова на год по болезни. Место инспектора Финляндской инспекции было отдано генерал-лейтенанту графу А.И. Толстому.
Три года Михаил Илларионович оставался не у дел, занимаясь своими хозяйственными вопросами. Все его попытки вернуться на военную службу терпели неудачи. Лишь в августе 1804 года его привлекли к участию в военных маневрах под столицей, где он командовал корпусом и удостоился монаршей благодарности. Кутузов с горечью пишет жене о том, что все его труды, опасности на военной службе и раны были напрасными.
Отставленный от службы Кутузов внимательно следил за европейскими событиями. Наполеон аннексировал одну за другой территории континента, создавая свою империю. В Лондоне забили тревогу.
В марте 1803 года Англия возобновила военные действия против Франции и выступила инициатором создания 3-й антифранцузской коалиции. Англия действовала при этом испытанным методом — она предложила огромную сумму в 1 миллион 250 тысяч фунтов стерлингов тем странам, которые выставят для войны против Франции 100-тысячное войско. России и Австрии была предложена трехмесячная субсидия, если они начнут военные действия.