З приходом радянської влади, у вересні 1939 року, Володимир Цісик продовжує працювати як музикант. Від арешту та переслідувань, яких не уникнули брати Микола та Евген, його рятує те, що він працює у театрі імені І. Котляревського, який згодом стає театром імені Лесі Українки. Першими постановками цього театру були «Хмара» Олексія Суходольського і «Запорожець за Дунаєм» Семена Гулака-Артемовського.
1939 рік стане трагічним ще однією подією — 12 листопада 1939 року помирає мати.
1 серпня 1941 року Галичина стала територіальною частиною (гебітом) нацистського Генерального Губернаторства. Вже в липні 1941 року почав свою діяльність театр, офіційна назва якого була Український театр міста Львова. Першим його директором став полтавчанин Андрій Петренко (1881—1957), який у часи Української Народної Республіки був членом дипломатичної місії при уряді незалежної Грузії. Його заступником став Володимир Блавацький (з 1943 року — директор театру). За роки окупації театр дав 607 вистав і 15 симфонічних концертів. Загалом було показано 18 опер й оперет, 5 балетів, відбулися З балетні вечори. Було здійснено 24 вистави драм і комедій. Вистави йшли для німців і гостей-союзників, а також для місцевого населення за встановленим і узгодженим з вищим начальством графіком. Серед здобутків того часу треба відзначити першу українську постановку драми В. Шекспіра «Гамлет», головну роль у якій зіграв В. Блавацький, а режисером вистави був Йосиф Гірняк. У цьому театрі Володимир Цісик став концертмейстером. Знайшла притулок тут і дружина Евгена Анна Цісик. Її прийняли на роботу 1942 року як актрису. У ці ж роки В. Цісик викладає у Вищому Музичному Інституті ім. М. Лисенка, виступає з речиталями на радіо, працює у Львівській опері (концертмейстер, потім інспектор оркестру), а також бере участь у концертах та виставах камерного театру «Веселий Львів» (художній керівник — Зенон Тарнавський).
З наступом радянських військ та відступом нацистів, В. Цісик, який не міг чекати на милість ворожої для себе влади, разом з колективом театру Володимира Блавацького полишають Львів і вирушають в еміграцію. Так, він назавжди полишає свою Україну, про зустріч з якою він мріятиме і з думкою про яку він житиме до останніх хвилин свого земного життя. Різдво 1944 року стало для нього останнім в Україні.
Театр Володимира Блавацького зупиняється у Криниці. Саме тут Володимир Цісик зустрічається з родиною Василя Лева.
Іванна Кандяк... Він знав її ще зі Львова... 18 липня 1944 року вони одружилися. Та з наближенням фронту новостворена родина була змушена тікати. У містечку Нідеркронштерн Володимир та Іванна, тепер уже Цісик, розпрощалась з мамою Софією — Іреною, вітчимом Василем Левом та братом Володимиром. З працівниками театру молодята подалися до Данцингу, де пережили страшне бомбардування. Родина Василя Лева (дружина Софія-Ірена та син Володимир) полишались у Відні. А навесні 1945 р. року Володимир та Іванна Цісик повернулись до батьків (родини Василя Лева) у Відень ще й разом з братом Володимира — Зеником Цісиком (теж скрипаль Львівського міського театру). Ще кілька місяців велика родина поневірялась і переховувалась від знавіснілих відступаючих нацистських військ, аж поки не потрапили у табір ДІ-ПІ (американські табори для переміщених осіб) у місті Байройт, що на території землі Баварія. Тут 18 серпня 1945 року в Іванни та Володимира Цісиків народилась донька, яка при хрещенні в табірній церкві дістала ім’я Марія. Її назвали так на честь бабусі Марії Цісик... Вона у майбутньому справдить сподівання свого татка, і стане відомою піаністкою та педагогом.
А поки що необхідно було заробляти на життя. Володимир Цісик то виступає на концертах та виставах камерного театру «Веселий Львів», що також опинився в еміграції, то викладає музику в греко-католицькій семінарії у Гіршбергу, де працює вітчим дружини Василь Лев, то, здобувши визнання у вагнерівському «Фестшпільгавзі» у Байройті, стає заступником концертмейстера. І все ж бідність не полишає подружжя. Володимир разом з братом-віолончелістом Зеноном Цісиком та земляком Анатолієм Мірошником створив музичне тріо, яке давало концерти та виступало перед пораненими союзних військ у шпиталях.