«Якуб, Якуб... Что же ты, пся крев, наделал?» — про себя ругался Костюшко, прекрасно понимая, что тень от этих жестоких расправ ложится и на него. События на его родине и во Франции как будто писались одним пером и одним сценаристом.
— Немедленно собрать ко мне на совещание всех командиров полков и офицеров штаба, — голосом, не допускающим промедления, приказал Костюшко своему адъютанту и секретарю Немцевичу и Фишеру. Когда же большая часть приглашённых им командиров прибыли в штаб восстания, Костюшко обратился к ним с гневной речью, которую не ожидали услышать от него офицеры его армии.
— Паны офицеры! — начал говорить Тадеуш Костюшко, внимательно вглядываясь в каждое лицо. — Как вы хотите освобождать свою родину? Как варвары, которые не разбираются, кто прав или виноват, уничтожая всё и всякого на своём пути без суда и следствия? Или как цивилизованная нация, которым не чужды такие понятия, как справедливость, гуманизм и правосудие?
Костюшко осмотрел собравшихся. Все молчали, понимая, что Костюшко имел в виду.
Некоторые из них уже слышали о восстании горожан в Варшаве и Вильно и искренне считали, что нет серьёзных поводов для волнения. Кто-то поддерживал подобные действия польских «якобинцев» над «изменниками» и «москалями», а кто-то осуждал, как Костюшко, их скоропалительные решения и их действия. Но большая часть его подчинённых понимали, что подобные казни, напоминающие простую и дикую расправу, не придадут авторитета такому благородному движению, как борьба за независимость родины. Скорее наоборот, такие действия восставших многих заставят задуматься о своей судьбе и о своём будущем. Сегодня без суда казнили шляхтичей в Варшаве и Вильно, а завтра начнут вешать по всей Речи Посполитой.
— Вы понимаете, кому на руку подобные события? — продолжал метать молнии руководитель восстания. — Вы представляете, как наше благородное дело и движение будут восприниматься в Европе, если подобные расправы в освобождённых нами городах превратятся в систему? А в других городах Речи Посполитой после того, что произошло в Варшаве и Вильно, мы много найдём тех, кто поддержит нас?
Наконец генерал Мадалинский первый нарушил тягостное молчание присутствующих:
— Регулярная польская армия не участвовала в этих расправах, а с виновными в самосудах надо ещё разобраться... — Мадалинский замолчал, раздумывая, что бы ещё добавить в защиту тех, из-за кого их собрал у себя главнокомандующий. — Восстание набирает силу, и подобные явления неизбежны, когда в борьбу вовлекаются народные массы.
Костюшко с усталостью человека, преодолевшего пешком большое расстояние, сел. Он понимал, что ситуация выходит из-под контроля, и необходимо жёстко разобраться во всём, что произошло за эти дни в Варшаве и Вильно. Подобные действия восставших в дальнейшем необходимо исключить. Но как это сделать, как поступить с теми, кто уже совершил эти казни? В противном случае вся территория Речи Посполитой будет похожа на долгую дорогу в Рим. Но только вместо распятых на крестах восставших рабов из армии Спартака могут стоять виселицы с местными помещиками и шляхтой.
— Я сам поеду в Варшаву и предам суду виновных, — вынес решение Костюшко. — А ваша обязанность — не допускать в дальнейшем подобных действий со стороны подразделений, командирами которых вы все являетесь... Никаких самосудов!
Костюшко выполнил своё обещание и прибыл вскоре в столицу. По его требованию семь самых ярых участников расправы над арестованными во время варшавского восстания были осуждены и повешены. Поддерживая революционное управление Варшавы, Костюшко издал приказ о разоружении варшавских граждан, получивших оружие во время восстания 6 апреля 1794 года.
Но и этим не закончилось разбирательство руководителя восстания с теми, кто поддержал самосуд. Костюшко тайным распоряжением велел сформировать отряд национальной гвардии Варшавы из самых активных участников варшавского восстания и включить в его состав участников тех позорных казней. Не желая больше пролития крови, он предоставил им возможность искупить свою вину с оружием в руках на самых передовых укреплениях города.
В своём обращении к народу Костюшко осудил расправы, а также предупреждал о наказании всякого, кто будет учинять подобное самоуправство, включая оскорбление пленных. А то что Костюшко не бросал слов на ветер, подтверждали семь виселиц с польскими Робеспьерами.
После победы под Рацлавицами, восстания в Варшаве и Вильно армия повстанцев стремительно увеличивалась, пополняясь за счёт отрядов волонтёров, а также регулярных частей польской армии, которые поддерживали борьбу за независимость своей родины. Они массово переходили на сторону восставших, подчиняясь Костюшко, и именно из них он формировал вооружённые силы освободительной армии.