На долгом пути из внутренних российских губерний груз, направлявшийся в столицу, приходилось несколько раз перегружать с более крупных судов на мелкие и наоборот, так как по рекам и каналам нельзя было провести крупные суда, а Ладога и Онега были слишком опасны для плавания на мелких судах. Последняя перегрузка на мелкосидящие суда проходила у истока Невы, так как галиоты не могли пройти отмель в Шлиссельбургской губе. Разгрузка и погрузка судов производились почти в открытом озере, и за последние 5 лет XIX века при этом случилось 12 аварий, принесших 30 тысяч рублей убытка. При сильном понижении уровня Ладожского озера в 1897 и 1898 годах глубина здесь едва достигала 5 футов. Это преградило путь в Неву озерным судам, имевшим осадку 10 - 13 футов, и затруднило движение даже пассажирских пароходов, осадка которых не превышала 5 футов. Для обеспечения безопасного плавания нужно было углубить фарватер Шлиссельбургской губы.
Исследования фарватера и разведка грунта Шлиссельбургской губы проводились не раз, но из-за отсутствия технических средств и данных о направлении и скоростях течений в этом месте осуществление проекта долго откладывалось. Мелководная отмель Шлиссельбургской губы была прорезана каналом лишь в 1908 году. Он получил название Кошкинского фарватера.
Ладожское озеро продолжало оставаться все таким же опасным для судоходства, как и в древние времена. Страховые общества не соглашались брать на страхование суда и товары, шедшие по озеру. По сообщению журнала «Русское судоходство», только за короткий осенний период 1910 года убытки от потери судов на озере составили 200 тысяч рублей. Опасность плавания по озеру увеличивалась из-за того, что мало было гаваней, где суда могли бы укрыться от шторма.
В министерство путей сообщения России от пароходных компаний неоднократно поступали ходатайства об устройстве на Ладожском озере удобных гаваней в местах выхода в озеро Мариинской, Тихвинской и Вышневолоцкой систем (то есть в устьях рек Свири, Сяси и Волхова), об устройстве новой гавани на западном берегу Ладожского озера в Морье, так как здесь на протяжении 120 верст не было ни одного подходящего места для отстаивания судов во время бурь.
Для обеспечения безопасности плавания на Ладожском озере первостепенное значение имела организация на озере маячной службы. В 1800 году были построены два маяка: Кошкинский - на берегу озера у входа в Неву и на мысу Сторожно - у выхода из устья Свири. Высота маяков составляла 7 саженей, на верху их находились мачты для сигнальных фонарей и флагов. Но основания маяков оказались слишком непрочными, и зимой напором льда маяки были разрушены.
В 1818 году Главное управление путей сообщения восстановило маяки на Кошкинском рейде и мысу Сторожно, а несколькими годами позже были установлены маяки на острове Сухо (1826 г.) и у мели Кареджи (1828 г.). Долгое время только эта линия - от истока Невы до устья Свири - была снабжена навигационными знаками, обеспечивающими безопасность плавания. В северной части озера к середине XIX века существовал единственный маяк - на южной оконечности острова Мантсинсари.
После 1917 года частные пароходные компании были ликвидированы, а флот национализирован. Навигационная обстановка на озере была, по существу, создана заново. Система освещения береговых и плавучих знаков стала более совершенной, увеличилась дальность их видимости, были установлены створы для движения судов в тумане, реконструированы и заново построены маяки (сейчас их около 30).
Чтобы обеспечить безопасность плавания на Ладожском озере, при Северо-Западном управлении гид-рометелужбы было организовано специальное выездное гидрометбюро. Начиная с 1948 года оно дает краткосрочные и длительные прогнозы по всему озеру и отдельно по наиболее важным его трассам: штормовые предупреждения, сообщения о туманах и грозах. Весной и осенью бюро организует полеты над озером для наблюдения за ледовой обстановкой и определяет сроки начала и конца навигации на озере.
Уже в двадцатые годы началась интенсивная реконструкция внутренних водных путей Советского Союза. В 1926 году вступил в строй первенец ленинского плана электрификации - Волховская ГЭС. С ее постройкой исчезли опасные пороги на Волхове. Сооружение Нижне-Свирской ГЭС значительно улучшило условия судоходства на Свири.
Одной из грандиозных строек первой пятилетки было сооружение Беломорско-Балтийского канала. Он был построен в рекордно короткий срок - за 20 месяцев. Беломорско-Балтийский канал связал север страны и отдаленные районы Карелии с Балтикой и Волгой. Длина всего Беломорско-Балтийского пути - 227 километров, из них 40 километров составляет искусственный канал, остальной путь проходит по шлюзованным рекам и озерам. Проход судов из Белого моря в Ленинград сократился в 4 раза.