«— Как это вы верите в Бога, поп и профессор Ясенецкий-Войно? Разве вы его видели, своего Бога?
— Бога я действительно не видел, гражданин общественный обвинитель. Но я много оперировал на мозге и, открывая черепную коробку, никогда не видел там также и ума. И совести там тоже не находил».
Речь священника-хирурга спасла жизнь профессору Ситковскому и его коллегам.
1923(46)- пострижен в монахи в собственной спальни с именем Луки и в городе Пенджикент недалеко от Самарканда рукоположен в епископы. В немецком медицинском журнале «Deutsche Zeitschrift» была опубликована его статья о новом методе перевязки артерии при удалении селезёнки, в журнале «Archiv fur klinische Chirurgie» — статья о кариозных процессах в рёберных хрящах и их хирургическом лечении. Арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности. Отправлен на допрос в Москву. Закончил монографию «Очерки гнойной хирургии». Начальник тюрьмы разрешил профессору писать по вечерам в его кабинете. На заглавном листе владыка написал: «Епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий». Святитель Лука вспоминал:
«На допросе чекист спрашивал меня о моих политических взглядах и о моем отношении к Советской власти. Услышав, что я всегда был демократом, он поставил вопрос ребром: «Так кто Вы — друг или враг наш?» Я ответил: «И друг и враг. Если бы я не был христианином, то, вероятно, стал бы коммунистом. Но Вы возглавили гонение на христианство, и поэтому, конечно, я не друг Ваш».
Ссылка в Енисейск (Красноярский край). Стал вести приём, и желающие попасть на приём записывались на несколько месяцев вперёд. Рост популярности епископа вынудил ГПУ отправить его в новую ссылку в деревню Хая. Владыка проявлял находчивость в экстремальных условиях. В его золотых руках при необходимости перочинный ножик превращался в скальпель, а женский волос - в хирургические нитки для сшивания ножных тканей. Чуть позже ГПУ создали приказ о возвращении в Енисейск. Там епископ несколько дней провёл в тюрьме в одиночной камере, а после продолжил частную практику и богослужения на квартире и в городском храме.
1924(47)- Отправлен в новую ссылку в Туруханск. По прибытии епископа в Туруханск его встречала толпа людей, на коленях просившая благословения. В автобиографии епископ Лука вспоминает также, как ссыльный баптистский пресвитер Иван Шилов только ради бесед с ним приплыл в Туруханск по Енисею за 700 вёрст уже с началом ледохода. Профессора вызвал председатель крайкома Бабкин, который предложил сделку: сокращение срока ссылки за отказ от сана. Епископ Лука решительно отказался «бросать священную дурь». В Туруханской больнице, где Войно-Ясенецкий сначала был единственным врачом, он выполнял такие сложнейшие операции, как резекция верхней челюсти по поводу злокачественного новообразования, чревосечения брюшной полости в связи с проникающими ранениями с повреждением внутренних органов, остановки маточных кровотечений, предотвращение слепоты при трахоме, катаракте и др.
В конце года на приём к Валентину Войно-Ясенецкому пришла женщина с больным ребёнком. На вопрос, как зовут ребёнка, ответила: «Атом», и объяснила удивлённому врачу, что имя новое, сами выдумали. На что Войно-Ясенецкий спросил: «Почему не назвали поленом или окном?». Эта женщина была женой председателя крайисполкома Бабкина, который написал заявление в ГПУ о необходимости повлиять на реакционера, распространяющего ложные слухи, представляющие «опиум для народа», являющиеся противовесом «материальному мировоззрению, которое осуществляет перестройку общества к коммунистическим формам» и наложил резолюцию: «Секретно. Губуполномоченному — для сведения и принятия мер». Вскоре святителю объявили, за неподчинение требованиям исполкома его ссылают еще дальше на 230 км севернее Полярного круга , на берег Северо-Ледовитого океана в д.Плахино, где проживало всего 5 семей.
1925(48)- Спустя три месяца его вернули в Туруханск, после погрома сельсовета крестьянами возмущенными тяжелой ссылкой владыки и профессора медицины. Всегда деятельный и бодрый он вдруг ощутил безнадежность и отчаяние. Вот уже и срок заканчивался. Каждый день приходили пароходы и увозили ссыльных в Красноярск, и снова - без него. И пока он не смирился, беспокойство его не оставляло. На ноге у него открылась варикозная язва и из за нее владыке разрешили ввернуться. Ссылка, которая так сильно подкосило его здоровье, закончилась.
1926(49)- вернулся в Ташкент.
1927(50)- уволен на покой, по совету митрополита Арсения Новгородского. Это было началом греховного пути и божьего наказания. Как ссыльного и политически неблагонадежного его не восстановили ни в должности заведующего отделением, ни в должности хирурга, ни в составе преподавателей университета. Оставалось только заниматься приемом на дому. Недалеко от церкви снял он небольшой домик и с сыном Алексеем начал принимать больных бесплатно, не забывая молиться в храме, стоя у алтаря. После литургии Владыку до дома провожала толпа людей, которые шли с ним, просто молча, этого было достаточно. Множеству людей он помог бескорыстно, воплощая в реальную жизнь свои слова: «Главное в жизни- всегда делать людям добро. Если не можешь сделать большого добра, постарайся совершить хотя бы малое».