À Narbonne, ville qui avait échappé aux malheurs de la croisade et qui était réputée catholique, l'apparition de l'Inquisition provoqua des troubles; le bourg était, semble-t-il, plus atteint d'hérésie que la cité, et en tout cas hostile aux Dominicains et à l'archevêque. Ici, l'émeute avait pris plutôt un caractère politique, les consuls du bourg accusant l'archevêque et les inquisiteurs de vouloir réduire leurs franchises municipales. Donc, à l'exemple des villes italiennes, Narbonne se divisa en deux clans, la cité et le bourg, la première prenant parti pour l'archevêque et l'inquisiteur Frère Ferrier, le second exigeant leur départ; comme partout ailleurs les Frères prêcheurs, à cause de leur impopularité, eurent particulièrement à souffrir de ces querelles intestines, car leur couvent fut, en 1234, envahi par des bourgeois révoltés, saccagé et pillé. Hardiesse plus grande encore, les consuls du bourg appelèrent à leur aide le comte de Toulouse, et celui-ci y vint en personne pour rétablir la paix (bien que Narbonne fût terre du roi de France), établit dans le bourg un baile dépendant de lui et y installa Olivier de Termes et Guiraud de Niort, puissants seigneurs hérétiques et ennemis déclarés de l'archevêque.
L'affaire se termina par la victoire de la cité, grâce à l'appui de l'autorité royale représentée par le sénéchal J. de Friscamps. Et pour se défendre contre l'hostilité permanente des gens du bourg, les consuls de la cité durent longuement supplier Frère Ferrier de revenir à Narbonne pour y exercer à nouveau son office d'inquisiteur.
Tout en travaillant, selon les dires du comte, "plutôt pour engager dans l'erreur que pour ramener à la vérité", en cinq ans les inquisiteurs réussirent à créer dans le Languedoc un climat de terreur qui leur amena un grand nombre de soumissions volontaires, en général de personnes qui n'avaient fait que manifester leur sympathie pour l'hérésie. À titre d'exemple, on peut constater que P. Seila imposa, à Montauban, 243 pénitences canoniques durant la semaine avant l'Ascension en 1241; 110 pénitences diverses à Moissac la semaine suivante, 220 pénitences à Gourdon la semaine de l'Avent, 80 à Moncuq; toutes les tournées d'inquisition n'étaient pas aussi fructueuses. Beaucoup de registres et de comptes rendus de procès ne nous sont pas parvenus. Les chiffres qui nous sont donnés par les documents existants ne rendent compte que d'une partie des faits, mais il faut également dire que les inquisiteurs ne pratiquaient pas la justice sommaire que la croisade avait rendue possible à Lavaur et à Minerve, et tenaient, au contraire, à enregistrer tous les procès dans les formes. Ils y avaient d'autant plus intérêt que les interrogatoires avaient pour but d'obtenir des noms, et les minutes des procès servaient de pièces à conviction contre des milliers de suspects. Les registres, précieusement gardés, étaient une source d'inquiétude pour une grande partie de la population, car personne ne pouvait être assuré de n'avoir pas été au moins une fois dénoncé comme recéleur ou fauteur d'hérétiques; il suffisait d'avoir salué dans la rue tel ou tel parfait, vingt ans plus tôt; d'avoir pris part à un repas où étaient présents des hérétiques, etc.; il suffisait parfois d'une dénonciation calomnieuse, mais impossible à réfuter car, qui pouvait prouver qu'il n'avait pas, à une époque et en un lieu que l'on se gardait bien de lui préciser, été rencontré (par une personne dont on lui taisait le nom) en compagnie d'un parfait?
L'omniscience des inquisiteurs semble avoir été une des causes principales de la terreur qu'ils inspiraient. Tandis que les évêques s'étaient, pendant des dizaines d'années, révélés impuissants à lutter contre des adversaires qui, dans l'immense majorité, se disaient catholiques et déclaraient ne connaître que des catholiques, les inquisiteurs, comme par miracle, parvinrent à amener des milliers et des milliers de personnes à venir elles-mêmes se déclarer hérétiques (dans le présent ou dans le passé) et raconter qu'elles avaient fréquenté des hérétiques. Or, si certains évêques s'étaient montrés négligents dans la répression de l'hérésie, ceux qui gouvernaient les diocèses du Languedoc, en 1229, ne pouvaient nullement être accusés de tiédeur, et ne manquaient pas de subordonnés et d'hommes de confiance auxquels ils pouvaient confier l'office de l'Inquisition. La justice épiscopale était, depuis toujours, très dure pour les hérétiques. Mais la justice inquisitoriale n'était plus une justice du tout, et c'est ce qui la rendait si redoutable.
Elle démoralisait et déconcertait, et créait dans le pays une atmosphère d'angoisse permanente; et si les parfaits et les croyants les plus fermes savaient ce qu'ils risquaient et pour quoi ils s'exposaient aux dangers, la majorité de la population (fût-elle hérétique) se composait tout de même de gens qui voulaient vivre et qu'une éternelle menace de poursuites arbitraires et imprévisibles affolait ou exaspérait. Un peuple peut se battre pour sa liberté; mais un homme qui se demande sans cesse si le voisin d'en face ne l'a pas dénoncé et s'il ne ferait pas mieux d'aller s'accuser lui-même plutôt que d'attendre une convocation, est désarmé d'avance; car pour se battre, il a besoin d'être soutenu par le voisin d'en face et par les gens du quartier. Il y eut des émeutes populaires; une émeute ne saurait durer longtemps et, si elle ne triomphe pas, elle amène une terreur plus grande encore. De Toulouse, l'autorité des consuls et du comte avait réussi à chasser les Dominicains, la pression extérieure exercée par le roi et le pape les y avait ramenés plus puissants que jamais. Il n'était sans doute pas dans le pouvoir, ni peut-être dans les intentions du pape, de freiner le zèle des inquisiteurs: instrument de terreur, l'Inquisition dominicaine ne pouvait renoncer à sa fonction primordiale, et pendant des siècles encore les papes ne cesseront de soutenir et de défendre les Dominicains contre toutes les attaques des peuples et des autorités civiles.
II - PROCÉDURES DE L'INQUISITION
Avant de voir ce que fut la réaction de l'Église cathare devant ce nouveau danger, il faudrait essayer de comprendre en quoi consistait exactement la procédure inquisitoriale dans le Languedoc, quelle était sa puissance réelle et ce que furent ses répercussions sur la vie du pays.
Le principe d'une répression méthodique de l'hérésie, confiée à un organisme spécial, impliquait bien, dans l'esprit de Grégoire IX, un renouvellement des formes traditionnelles dans lesquelles cette répression s'était jusqu'alors exercée. Les hérétiques, depuis près d'un siècle, luttaient contre la justice ecclésiastique, et une longue habitude les avait rendus habiles à tenir l'adversaire en échec. Les procédés nouveaux, préconisés et encouragés par le pape, sortaient donc de la légalité, ou de ce qui était jusqu'alors communément admis comme légal. Le code de Justinien, en vigueur à l'époque pour la procédure criminelle, prévoyait pour les poursuites en justice une série de mesures susceptibles de garantir les droits de l'accusé. Toute poursuite reposait soit sur l'action d'un accusateur chargé de fournir les preuves du délit, soit sur une dénonciation faite au juge et devant être prouvée par des témoignages, soit sur la notoriété publique et manifeste du délit; et seul, ce dernier cas pouvait permettre au juge de procéder lui-même sans accusation ou dénonciation de la part de particuliers, et encore fallait-il que le fait de la notoriété fût prouvé par des témoins suffisamment nombreux.