Но предостережения Степана Осиповича не имели последствий. В конце 1894 г. Макаров снова был назначен на строевое место командующего эскадрой Средиземного моря и 2 декабря поднял свой флаг на броненосце «Николай I»; в начале 1895 г. эскадра была вызвана в Тихий океан, на усиление наших морских сил, ввиду ожидавшегося после японо-китайской войны столкновения с Японией. Подготовкой русской эскадры ведал главным образом Макаров: по просьбе командующего адмирала Тыртова он выработал ряд мер на случай военных действий, которые и были опубликованы в форме приказа (известен сейчас как приказ С. П. Тыртова); следует прибавить, что как раз в это время Макаров был серьезно болен и ходил на костылях. Близость военного столкновения заставила Макарова обратить особое внимание на ненормальность мирных плаваний и учений: в обстоятельном докладе об этом тревожном времени он перечисляет все дефекты, замеченные его наблюдательным военным глазом; так, он писал (1895 г.) о необходимости большего однообразия в типах судов, об организации морской разведки, о необходимости отдаленного сигналопроизводства, создания морской тактики и т. п.; повторил он в 1895 г. и свой взгляд на Владивосток: «Между эскадрой и Владивостокским портом должна быть полная солидарность в действиях. Главное назначение Владивостокского порта заключается в том, чтобы служить опорным пунктом для нашего флота на Дальнем Востоке и иметь для судов все необходимые запасы». Не пропускает Макаров случая отметить в своем отчете и неминуемость столкновения с Японией: «Обстоятельства так сложились, что японцы в настоящее время считают Россию истинным врагом для естественного, по их мнению, развития страны. Война с Россией будет чрезвычайно популярна в Японии и вызовет с первой же минуты полное напряжение ее сил… Могущество России значительно превосходит могущество Японии, но на Дальнем Востоке нам трудно иметь столько же сил, сколько у наших противников. Необходимо иметь в виду, что наш Дальний Восток есть не более, как колония по удаленности от населенной части страны… Борьба наша на Дальнем Востоке с Японией не будет борьба двух государств, а борьба одного государства против колонии другого». Так ясно предвидел Макаров обстановку грядущего столкновения.
Дальнейшая его деятельность (Макаров вернулся в Россию в начале 1896 г.) сосредоточилась всецело на подготовке к этому столкновению. Летом 1896 г. он производится в вице-адмиралы; командуя практической эскадрой Балтийского моря, Макаров деятельно берется за осуществление тех вопросов, насущность которых для флота наглядно выяснилась для него в 1895 г. Результатом сознания, что у нас нет морской тактики, была разработка тактических приемов, напечатанная в 1897 г. в «Морском сборнике» под названием «Рассуждения по вопросам морской тактики», – труд, переведенный на несколько иностранных языков, оцененный по справедливости только теперь, когда минувшая война убедила нас в невозможности пренебрегать военным делом. Труд этот вышел с эпиграфом, который стал для Макарова девизом жизни: «помни войну». Он представляет и по сейчас чрезвычайную ценность. Вслед за ним появилась работа: «Об однообразии в судовом составе флота», с тем же девизом. Идеал, к которому следует стремиться на флоте, есть полная взаимозаменяемость всего. «Такой взаимозаменяемости, по моему мнению, – говорит Макаров, – можно достигнуть, если не вполне, то в значительной степени». Виновниками разнообразия в типах адмирал признает самих моряков: они «выпустили из рук общие идеи и сами ушли, вместе с техниками, исключительно в область деталей». Проповедуя свои мысли и взгляды о грядущем столкновении в печати, Макаров высказывал их и в административных учреждениях, в которых ему приходилось работать как члену комиссии по обсуждению судостроительной программы и вооружению крепостей. В первой из комиссий он, наперекор всем членам (7 адмиралам), высказал, что, по его мнению, «чтобы решить, какого типа и сколько судов необходимо нам иметь на Дальнем Востоке, надо составить и разобрать план действий или даже несколько планов. Без разбора таких планов наши суждения лишены достаточно веского фундамента». Предложение Макарова не было поддержано, может быть, потому, что, как теперь известно, в министерстве не было никакого плана войны с Японией; по-видимому, один только Макаров сознавал ненормальность такого положения. В комиссии по вооружению крепостей Макаров особенно настаивал на должном вооружении Порт-Артура. Доказывая важное значение этой крепости для нашего флота, Макаров писал в поданной им докладной записке: «Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке. Флот, лишившись своего главного опорного пункта, должен будет стянуться весь к Владивостоку и почти отказаться от активной роли. Чтобы этого не случилось, Порт-Артур должен быть сделан неприступным и снабжен провизией, порохом и углем в таком количестве, чтобы выдержать продолжительную осаду, пока не прибудет подкрепление».