В это время снова приходят слухи об его отце. В Голландию приходят корабли, матросы с которых уверяют, что видели волшебный корабль и его мрачного капитана, который своим приближением приносит гибель для судов.
В третий раз Филипп садится на корабль и вместе с женой Аминой отправляется опять в поиски за отцом. Он горит желанием встретиться с ним и принести ему облегчение и в то же время сделать безопасными морские путешествия, так как вместе с прощением капитана у волшебного корабля будет отнята и его роковая сила, приносящая гибель и крушение всем, кого он встречает на пути.
Корабль, на котором плывут Филипп и Амина, где-то в неведомых широтах терпит крушение. Во время гибели судна мимо утопающих людей проносится грозный, молчаливый призрак волшебного корабля. Весь экипаж и пассажиры судна тонут, за исключением Филиппа и Амины: Амина спасается на обломке мачты и уносится бурею в открытое море, Филиппа же волны выбрасывают на неизвестный остров.
Оба они ничего не знают о судьбе друг друга, и один другого считает погибшим.
Голландское судно, на котором в числе пассажиров находится отец Матиас, принадлежащий к ордену иезуитов, по счастливой случайности встречает носимую по волнам Амину и берет ее к себе на борт. Отец Матиас, которому в прежнее время Филипп оказал очень важную услугу, принимает участие в Амине и заботится о ней во все время пути. Филипп в то же время попадает в плен к португальцам, и только после долгого пребывания в рабстве ему удается оттуда бежать.
Теперь уже он отправляется отыскивать свою жену, отложив на время исполнение своей важной миссии. Амина благополучно прибывает в Гоа и здесь располагается на жительство в ожидании благоприятного случая отправиться на родину. Отец Матиас находится при ней почти безотлучно. Этот человек, по характеру очень добрый и чувствительный, в то же время отличается религиозной нетерпимостью и фанатизмом. Заметив однажды, что Амина вместо христианской молитвы поклоняется тайно своим идолам, он обвиняет ее в колдовстве, в сношениях с нечистым духом и доносит на нее инквизиторскому трибуналу.
Над Аминой устраивается суд инквизиции. По доносу отца Матиаса бедную женщину обвиняют в чародействе и колдовстве. Виновную допрашивают о подробностях ее сношений с нечистой силой, но она упорно молчит. Она не сознается даже и тогда, когда ее ведут в застенок и пытают самым изощренным способом. В конце концов Амину приговаривают к смерти через сожжение.
На главной городской площади разводится костер, на который вводят невинную Амину. Как раз в тот момент, когда языки пламени начинают уже охватывать одежду женщины, в город приходит Филипп, повсюду разыскивающий свою жену. Он узнает Амину. При виде такой ужасной и неожиданной смерти своей молодой жены у Филиппа мутится рассудок, и в продолжение некоторого времени он не сознает окружающей обстановки. Однако мало-помалу разум возвращается к нему, и он, оплакав кончину жены, как за якорь спасения хватается за свою миссию и вновь отправляется отыскивать отца.
После долгого странствования, после разных приключений ему, наконец, удается найти отца. Наступает развязка. Шкипер Шрифтен прощает несчастному капитану, так как сын простил ему то зло, которое он пытался причинить им. Филипп вручает своему отцу реликвию, в силу которой небеса освобождают грешника от наложенного на него наказания. Предназначения капитана, сына и корабля исполнены. Очарование разбито. Воздушный корабль постепенно начинает разрушаться. Распадаются мачты и другие принадлежности, и, наконец, само судно начинает как бы таять. Судовой экипаж превращается из живых людей в полуразвалившиеся скелеты. Восходит солнце и точно улыбкой освещает примиренную природу. Воздушного корабля более не существует.