Междувременно, докато работеше по по-важни въпроси, Калигула бе уведомен, че са избухнали сблъсъци между евреи и гърци в Ямния, римски крайбрежен град на северозапад от Йерусалим със смесено етническо население. Напрежението било причинено от един от онези религиозни диспути, които Калигула смяташе за глупави, разрушителни и безсмислени – гърците издигнали олтар на имперския култ, а евреите го съборили веднага в името на техния единствен бог. Римският прокурист Гай Херений Капитон разделил двете враждуващи общности и известил Калигула, който реагира отмъстително.
За да даде на радикалните евреи урок по толерантност, императорът издаде указ Соломоновият храм – който Калигула смяташе за своя собственост, след като бе изцяло възстановен на лични разноски от членовете на Юлиевия род Август и Тиберий, – да бъде превърнат в имперски храм. Римският губернатор на Сирийската провинция Публий Петроний се погрижи за поставянето във вътрешността на храма на огромна статуя на Зевс, посветена на Калигула, напълно в хармония с отдавна практикуваната на Изток традиция, довела вече до многобройни знаци на почит към Август като Зевс.
За да наложи решението си, Петроний заплаши да използва мощта на четирите си легиона за справяне с евентуалното напрежение. Религиозните евреи бяха ужасени и така вцепенени, че веднага дадоха подкрепата си на римския протекторат в Йерусалим. В Рим така и не се разбра за тази криза, тъй като евреите бяха малко, а юдеите монотеисти бяха напълно непознати на другите народи. Но при Ирод Агрипа пристигнаха емисари от Юдея и по-късно той изигра ключова роля в предотвратяването на бунтове в региона, който скоро щеше да се превърне в негово собствено обединено царство.
През лятото Калигула се върна във вилата си край езерото Неми и забрави за случките в Ямния и Йерусалим. Пръв му ги припомни Ирод Антипа – чичото на Ирод Агрипа – който пристигна в Рим с надеждата да бъде въздигнат за единствен цар на Юдея. Тогава Калигула се възползва от възможността да се отърве от Антипа, като го заточи в Лугдунум (днешен Лион в Централна Франция) заедно с жена му Иродия – майката на Саломе – под фалшиво обвинение в измяна. След това императорът съвсем законно призна своя приятел Ирод Агрипа за цар на Юдея. От уважение към новия владетел Калигула се съгласи да пише на Публий Петроний да се откаже от проекта за статуята и да напомни на фанатичните евреи да проявят повече толерантност към другите религии, които просвещават и усилват мощта на гръко-римската цивилизация.
В онези дни Сенатът призна победите на Калигула над германците и бритите за триумф, но императорът заяви, че е спечелил без битки, и отказа да приеме това признание, като помоли за по-малката чест на публичната овация, която изискваше жертвоприношението на овца вместо на бял бик, както се прави при триумф. На 31 август, на неговия 28-и рожден ден, Калигула получи най-горещите овации, които Рим бе виждал.
Той гордо премина на колесницата си сред ликуващата тълпа по Виа Сакра, заедно с жена си императрица Цезония и със същия шлем с гребен и същите ботуши както винаги, но само по червено наметало, което се вееше около голото му тяло. Следваха го двайсет и четири манипули (военни подразделения от по сто и двайсет души), които символизираха двайсет и четирите легиона. Императорското шествие включваше и няколко платформи с дарове и заложници, получени от подчинените племена, които вече живееха в мир с Рим зад северната граница на империята.
През септември на година DCCXCIII (793 г. от основаването на Рим = 40 сл. Хр.) на императора се наложи да се справи с няколко заговора на новопоявили се коалиции между бони и републиканци, които не понасяха успехите на Калигула, огромния напредък на римската икономика и триумфалната му либерална революция. Отворените бракове под егидата на Матер Либертас (Майка Свобода) вече бяха съвсем законни из цялата империя. Всеки ден навсякъде се сключваха стотици множествени и странни съюзи, дори в Рим, където сенаторската класа се чувстваше заплашена, тъй като обикновените хора и армията продължаваха да подкрепят напълно революцията на Калигула.
След като прати на съд във висшите съдилища и екзекутира някои от новите конспиратори за държавна измяна, Калигула случайно срещна вече деветнайсетгодишната Месалина, която току-що се бе върнала от дълга почивка в Египет и Иберийските провинции, където бе заминала под патронажа на Муций Регулат. Сега вече познаваше прекрасната си братовчедка много по-добре отпреди и като всеки нормален мъж се влюби в нея и я задържа при себе си цял месец, за да се наслади докрай на несравнимата ѝ красота, доброто ѝ сърце и феноменалната ѝ сексуалност.