Лелевель вернулся в Варшаву, которая уже полтора года была освобождена и являлась столицей небольшого государства — сателлита наполеоновской Франции — Варшавского княжества. В Варшаве комплектовалась администрация, закладывался фундамент будущего университета. Лелевель искал какой-нибудь не слишком обременительной должности, которая обеспечила бы его материально, оставляя ему время на занятия в библиотеках. Однако эти поиски не дали результатов. Быть может, в княжестве не торопились предоставить должность молодому человеку, который, хотя и был варшавянином, не записался добровольцем в армию во время последней кампании. Между тем попечитель Виленского учебного округа князь Чарторыский напоминал Лелевелю, что как бывший стипендиат он должен теперь отработать положенный срок. В 1809 году Лелевель получил направление в Кременец.
В этом живописном волынском городке уже несколько лет существовал лицей, то есть средняя школа повышенного типа с дифференцированным курсом обучения в высших классах. Основателем и душой лицея был Тадеуш Чацкий, просвещенный магнат, эрудит и коллекционер, автор трактата «О литовских и польских законах». Лелевель надеялся, что Чацкий разрешит ему пользование своей библиотекой и коллекциями, что он поручит ему преподавание истории в лицее. Не тут-то было: Чацкий смотрел свысока на молоденького историка, советовал ему пополнять образование, указывал литературу, подсказывал темы исследования. Но Лелевель не допускал и мысли о том, чтобы продолжать свои занятия под чьим-либо руководством. Самому Чарторыскому, который рекомендовал ему заниматься новейшей историей, он ответил строптиво, что более важным считает изучение «возникновения народов».
Находясь почти год без занятий, Лелевель просуществовал лишь благодаря денежной помощи дяди — епископа Цецишовского. Оставленный без поручений Лелевель вел светский образ жизни, развлекался, даже флиртовал, хотя биографы расходятся во мнениях относительно того, какая из кременецких барышень его привлекала.
В конце концов Чацкий поручил Лелевелю преподавание географии древнего мира. Эти занятия посещали всего четыре слушателя. Что особенно важно, Чацкий открыл Лелевелю доступ к своим богатым коллекциям, в частности нумизматическим, изучению которых Лелевель предался с энтузиазмом. Однако в 1811 году он вернулся в Варшаву, где благодаря хлопотам отца получил скромную должность в министерстве внутренних дел. Но он не выдержал долго в канцелярии, которая возбуждала в нем «отвращение и омерзение». Он снова проводил время в библиотеках, а затем перебрался в деревню к родителям и писал одну научную работу за другой.
Наступил 1812 год. Много лет спустя ученик Лелевеля Адам Мицкевич воспевал эту «цветущую надеждами» весну. Непобедимый доселе Наполеон начал кампанию против России. Над Неманом было собрано полмиллиона солдат, почти сто тысяч поляков участвовало в этом походе. Никто не сомневался в победе Наполеона. Лелевель между тем не двинулся из дому. На склоне лет он записал: «Равнодушно взирая на отступление от Березины, я всю зиму отдыхал, занимаясь лишь рисованием и работая в мастерской».
Что было причиной этого равнодушия? То ли что Лелевель, закоренелый штатский, был глух к воинской славе, то ли что ему был несимпатичен сам Наполеон, завоеватель и тиран? У нас нет для ответа на этот вопрос свидетельства самого Лелевеля, относящегося к тому времени. Мы можем принять любое толкование: либо то, что «книжный червь», погруженный в этот момент в проблематику XII века, не интересовался катаклизмами, которые переживала в это время Европа, либо то, что будущий идеолог польской демократии отвергал мысль о восстановлении Польши под покровительством корсиканского тирана. Нам больше по вкусу вторая гипотеза, но пока она остается лишь гипотезой.
В 1811 году Лелевель опубликовал «Заметки о Матеуше герба Холева», анализ одной из польских хроник XII века. Концепция книжки вплоть до имени автора хроники впоследствии оказалась ошибочной. Но новаторской была решительная критика легенд, относящихся к так называемым сказочным временам. Уже Нарушевич, писавший в конце XVIII века, сомневался в них, но по традиции повторял их в своей «Истории польского народа». Лишь Лелевель отверг эти анекдоты, появившиеся и записанные много столетий позже тех времен, к которым они относились.
Молодой ученый работал много над историей Польши и всеобщей историей от древнейших времен до новейшего времени. Он работал также над теорией или методологией истории и уже в 1809 году написал первый ее очерк — «Наука истории», который показывал немногочисленным друзьям. Этот очерк, многократно дополнявшийся и перерабатывавшийся на протяжении последующего десятка лет, определял, что такое история и чем должен заниматься историк. Все тогдашние научные исследования Лелевеля были призваны реализовать программу, начертанную в этом руководящем труде.