Лелевелевские исследования ранней истории славянских народов были с интересом встречены в России. После его полемики с Карамзиным он получил приглашение сотрудничать в различных русских журналах. Вольное общество любителей российской словесности в Петербурге, аналогичные общества в Москве и Харькове прислали ему дипломы почетного члена. Со многими русскими учеными Лелевель установил тогда дружеские письменные контакты, в нескольких случаях эта переписка продолжалась даже после политической катастрофы.
Ибо не прошло и трех лет, как успешно развивающаяся профессорская деятельность Лелевеля была насильственно прервана политическими репрессиями.
С начала 20-х годов во всей Европе одновременно усилились, с одной стороны, идеологическое брожение буржуазной интеллигенции, с другой же стороны — реакционные действия монархических правительств. Ответом на конспирации и революционные попытки были полицейское наблюдение и репрессии. Не осталась в стороне от этого конфликта и Вильна, где как студенческая молодежь, так и некоторые профессора давно уже считались «неблагонадежными». 3 мая 1823 года в одной из виленских школ ученик пятого класса написал на доске несколько слов в честь польской конституции 1791 года, годовщина которой приходилась на этот день. Один из особо усердных учителей поставил в известность об этом «преступлении» губернатора. Напрасно университетские власти пытались замять этот мелкий инцидент, подвергая взысканию нескольких учеников, а также и директора школы. Донесения о происшествии были направлены в Варшаву великому князю Константину Павловичу и в Петербург Александру I. В июле в Вильну был прислан сенатор Новосильцев с широчайшими полномочиями для ведения следствия. Вскоре он напал на след тайных организаций, в течение уже нескольких лет действовавших в университете и в нескольких школах за пределами Вильны. Аресты в Вильне и провинции охватили сотни людей, главным образом несовершеннолетнюю молодежь. Следователи пытались впутать в дело также и Лелевеля, но у них не было ни малейших улик. В первой половине 1824 года посыпались многочисленные приговоры, главным образом ссылки в глубь России. Важным последствием этого раздутого дела стала реорганизация университета. Чарторыского на посту попечителя сменил Новосильцев, ректором и деканами стали клевреты могущественного сенатора. Четверо наиболее популярных профессоров, среди них Лелевель, были уволены. Осенью 1824 года Лелевель вновь оказался в Варшаве, на этот раз без постоянной должности.
Он, впрочем, и не стремился ее получить, зная, что значится не на хорошем счету и что условием каждой официальной должности был бы отказ от свободы мысли и высказываний. Лелевель сознательно ограничил себя самостоятельной научной работой, хотя в те времена научные журналы не платили гонораров, а гонорары от книгопродавцев за книги поступали нерегулярно. До этого времени Лелевель, никогда не располагавший большими средствами, мог, однако, жить безбедно: в Вильне у него была большая квартира, он элегантно одевался, вел светский образ жизни, сам охотно устраивал щедрые угощения. Теперь он начал намеренно и подчеркнуто — для демонстрации своей независимости — ограничивать себя. В доме на Длугой улице он занимал две комнатки, в городе его неизменно видели в одной и той же синей накидке устаревшего покроя. Он начинал проявлять ту наклонность к самоограничению, которая позднее, в годы эмиграции, приняла уже болезненный характер.
В 1824–1830 годах Лелевель активно участвовал в заседаниях Общества друзей наук. Более всего, однако, он работал дома, обычно по ночам. Запоздалые прохожие могли в любой час ночи увидеть в освещенном окне его дома профиль ученого, склоненного над книгой. В стихотворении одного из романтических поэтов о духовной жизни Варшавы накануне восстания, написанном в эмиграции, мы находим такое двустишие:
В течение этих пяти лет Лелевель опубликовал несколько десятков статей и книжек по истории Польши, археологии, нумизматике, праву и библиографии. Актуальные ассоциации будила его книжка «Спасение Польши при Владиславе Локетке», описывающая, как в начале XIV века страна сбросила чешское господство благодаря совместному действию всех классов нации. Но наибольшей популярностью пользовалась изданная в 1829 году «История Польши, изложенная популярным образом». Это была первая в Польше отечественная история, предназначенная для молодежи. Значение этой книжки тем более велико, что автор весьма откровенно выражал в ней свои республиканские убеждения. Ниже мы еще остановимся на этих взглядах Лелевеля и их влиянии, сейчас же достаточно отметить, что первое издание «Истории» разошлось в течение нескольких месяцев.