Духонин отвечал, что только центральная правительственная власть при поддержке армии и нации может начать переговоры о мире и что Ставка не имеет права этого делать. Он добавил также, что, по его мнению, в интересах России заключить как можно быстрее общий мир. Ленин расценил ответ Духонина как отказ выполнять распоряжение народных комиссаров и отстранил его от должности. Новым Верховным главнокомандующим назначили Крыленко, имевшего чин прапорщика, — низший офицерский чин. Тут же Ленин направил по телеграфу обращение ко всем полковым, дивизионным, корпусным, армейским и другим комитетам, а также ко всем солдатам революционной армии и матросам революционного флота. Он объявил, что Духонин отказался подчиняться распоряжениям правительства и его поведение несет «неслыханные бедствия трудящимся массам всех стран и в особенности армиям».
Таким образом Ленин снял ответственность за незаключенный до сих пор мир с Совета народных комиссаров и переложил ее на Духонина. В то же время он предложил солдатам действовать самостоятельно:
«Пусть полки, стоящие на позициях, выбирают тотчас уполномоченных для формального вступления в переговоры о перемирии с неприятелем».
На следующий день советское правительство обратилось к представителям нейтральных стран с предложением, чтобы они официально известили правительства враждебных государств о готовности России незамедлительно заключить перемирие и приступить к мирным переговорам.
27 ноября был получен ответ германского главнокомандующего, соглашающегося на конференцию по перемирию. Совет народных комиссаров сразу же обратился к союзникам с вопросом: готовы ли они начать в декабре мирные переговоры с четырьмя Центральными державами? Одновременно Крыленко с отрядом матросов отправили в Могилев, где размещалась Ставка, поставив перед ним задачу предпринять решительные действия. 3 декабря его отряд занял Могилев. Генерал Духонин был зверски убит матросами, когда садился на поезд, чтобы отправиться в Петроград. 5 декабря в Брест-Литовске было подписано соглашение, согласно которому военные действия между Россией и австро-германскими силами приостанавливались на 10 дней. Мирные переговоры возобновились 13 декабря, а 15 декабря было подписано соглашение с Центральными державами о перемирии до 14 января 1918 года.
7 ноября, в день свержения Временного правительства, в своей речи на заседании Петроградского совета Ленин сказал: «В корне будет разбит старый государственный аппарат и будет создан новый аппарат управления в лице советских организаций».
Перед большевиками встала задача получить командные посты в министерствах. Вначале большевики столкнулись с забастовкой гражданских служащих, но они сумели достаточно быстро сломить сопротивление старых служащих или поставить на их места новых. Конкретные задания выполнялись очень быстро, — например, Комиссару по иностранным делам Троцкому с помощью матроса Маркина всего за несколько дней удалось разобрать тексты секретных соглашений с союзниками в бывшем министерстве иностранных дел (вскоре их опубликовали). Но конечно, в разгар господствовавшего в стране экономического и административного хаоса, функции работников центрального аппарата были сведены к минимуму.
Более важным, чем захват министерских канцелярий, явилось взятие банков. 24 ноября уволили целый ряд чиновников министерства финансов и в их числе директора Государственного банка Шилова. Главным комиссаром Государственного банка был назначен коммунист Оболенский. В знак протеста чиновники центральной службы Государственного банка начали забастовку, которая привела ко временной приостановке всей банковской деятельности; затем, использовав свои резервы, временно закрылись частные банки. Но к середине декабря операции центральной службы Государственного банка возобновились. Объединению частных банков разрешили в течение недели снять со своих текущих счетов 50 миллионов рублей. Среди хаоса, вызванного сломом старой военной и гражданской систем, для защиты своей власти Ленин вскоре стал прибегать к новому оружию — политической полиции, отмененной при Временном правительстве. Ленин нашел способы не только восстановить политическую полицию, существовавшую при царском режиме, но превратить ее в неизмеримо более грозную и действенную силу. Теперь к поддержке полиции привлекалась значительная часть всего населения — пролетарские массы. Прежнюю практику, когда Департамент полиции пытался осуществить контакты с рабочими при посредстве Зубатова и через Союз русского народа, Ленин сумел поставить на куда более широкую основу. Он перенес конфликт со своими политическими противниками на почву классовой войны, обвиняя всех, кто выступал против него, в саботаже и спекуляции.