«Книга о живописи» многократно издавалась с XVII в. Она оказала большое влияние на дальнейшее развитие искусства, хотя во многом была противоречива и не завершена, несмотря на все старания Франческо Мельци.
К 1497 г. бронза, необходимая для отливки «Коня», была собрана. Однако для Милана и его правителя Людовико Моро настали не лечшие времена. 2 января 1497 г. умерла от родов жена Моро Беатриче д’Эсте, верный и умный друг, опора союза Милана с Феррарой. В апреле 1498 г. скончался французский король Карл VIII. На французский престол вступил герцог Орлеанский, внук Валентины Висконти, претендент на миланский престол Людовик XII, заклятый враг Моро. Новый французский король приступил к подготовке завоевательной экспедиции на Милан. Моро надеялся на союзников: Германию, Рим, Флоренцию, Венецию, Неаполь, Феррару, Мантую. И готовился защищаться. В итоге бронза, приготовленная для «Коня», пошла на отливку пушек.
Очень скоро Леонардо ощутил тяготы военного времени: жалованье инженера стали задерживать. В его тетрадях сохранился черновик письма к герцогу: «Синьор, зная, что дух Вашей светлости занят великими заботами, я не осмеливаюсь напомнить Вашей милости о моих мелких делах и охотно покрыл бы их молчанием. Но я не хотел бы, чтобы мое молчание послужило причиной гнева Вашей милости ко мне, который всегда готов отдать жизнь на служение Вам… О «Коне» я уже ничего не говорю, так как знаю, какие стоят времена, но я уже писал Вашей милости, что я не получаю жалованья уже два года и что я работаю с двумя мастерами, которые все время получают у меня жалованье, так что теперь получилось, что я выплатил им из своих средств около 15 лир».
В конце 1498 г. Леонардо занимался росписью залов миланского дворца. Работал он, как обычно, медленно. Он решил, что потолок так называемого «Зала веток» должен быть выполнен в виде густопереплетенных крон деревьев, колонны стволов спускаются по стенам, у их основания земля изображена в разрезе и геологически точно обозначены различные слои почвы, в переплетении корней – черепа и кости мертвецов, служащие «кормом» для пышной зелени плафона.
21 апреля 1498 г. один из секретарей герцога писал: «В понедельник будут сняты леса в большой комнате веток (camera grande de le asse), расположенной в башне. Мессер Леонардо обещает закончить ее в течение сентября, и можно будет насладиться ею…»
Прошел сентябрь, а зал не был закончен. Моро заботился об укреплении Кастелло и других крепостей. Ему не до зала – главное, чтобы в случае осады Милан не остался без воды. Да Винчи было поручено проверить систему каналов и создать надежное водоснабжение, используя оросительную сеть из Адды в Милан. Чтобы придать Леонардо больше рвения, Моро произвел его в «придворные инженеры» и подарил ему участок земли с виноградником в окрестностях Милана. В дарственной грамоте от 26 апреля 1499 г. записано: «Герцог Миланский и проч. Леонардо да Винчи флорентийцу, славнейшему живописцу, согласно нашему и ряда опытнейших людей мнению, не уступающему доблестью никому из древних живописцев, что доказано многочисленными предпринятыми им по нашему повелению работами, проявления какового его удивительного таланта следовало бы отметить гораздо раньше. Мы же до сего времени не имели возможности это сделать, но если бы мы не отблагодарили его какими-нибудь благами, мы считали бы себя неудовлетворенными. Поэтому, для того чтобы его пребывание у нас, бывшее и до сего времени приятным нам, стало впредь еще более приятным, мы кладем следующее начало…»
Тем временем в Милан приходят тревожные известия. Французская армия во главе с миланским эмигрантом и злейшим врагом Моро Джан Джакомо Тривульцио выступила в поход. Вчерашние союзники Рим и Венеция договорились с Людовиком о разделе миланской территории. Родственники Моро, маркиз Мантуанский и герцог Феррарский, предпочитали отмалчиваться. На Флоренцию и Неаполь была слабая надежда. Оставался зять Сфорца, император Максимилиан.
Тридцатитысячная французская армия приближалась к Милану. В этот момент стало ясно, что от Германии помощи ждать не приходится – император Максимилиан воевал за Альпами. 10 августа 1499 г. французские войска вступили на миланскую территорию. Людовико Моро поручил защиту Кастелло Бернандино да Корте, а во главе гарнизона оставил зятя Галеаццо Сансеверино. Сам герцог уехал в Тироль собирать войска. Бернандино да Корте сдал французам Кастелло через одиннадцать дней – 3 сентября Милан открыл ворота. В городе началась анархия.