В начале декабря 1502 г. Цезарь получил подкрепления и начал переговоры с противниками. Он выступил из Имолы через Форти в Сенигалию, где укрепились заговорщики. Ему удалось хитростью добиться, чтобы войска неприятеля были расположены вне города. Цезарь с отрядом, который был разбит на мелкие группы, вошел в город, за несколько часов захватил кондотьеров и казнил их. К следующему утру, 1 января 1503 г., Цезарь Борджиа при помощи «прекраснейшего обмана» (слова приписывают и Никколо Макиавелли, и Паоло Джовио) стал сильнее, чем когда бы то ни было. Он вернул свои прежние завоевания, захватил Перуджу, готовился к походу на Сиену.
5 марта 1503 года Леонардо да Винчи вернулся во Флоренцию и вскоре подал в отставку. За время службы у Цезаря Борджиа да Винчи предложил систему укреплений, которая удержалась более двух столетий: круглые башни и бастионы он заменил на башни и бастионы, выступающие углом за линию стен, при этом появилась возможность обстрела большего пространства и артиллеристы стали лучше защищены. Леонардо сконструировал пушки, заряжающиеся не с дула и не с казны при помощи вкладной камеры, а с казны без вкладной камеры, правда, усовершенствование сразу не прижилось. Он начертил много карт с большой точностью, используя при этом свои знания о земле, воде, растительности. С художественной точки зрения эти карты-пейзажи можно считать произведениями искусства. Знания ученого, точные измерения инженера были объединены талантом живописца. Леонардо привлекали и технические работы. Строительство порта, каналов – все это должно было ему нравиться, он всегда стремился поступить на службу прежде всего инженером. Но Цезарь, видимо, был слишком беспокойным государем для Леонардо. Рядом с ним было опасно. А да Винчи, любя технические работы, опасности не любил: «Кто не ценит жизнь, не заслуживает ее», «Редко падает тот, кто хорошо ходит», «Кто не боится, часто оказывается в великом ущербе и часто раскаивается», «Кто страшится опасностей, не погибает вследствие них» – эти и другие изречения Леонардо ясно говорят о его нежелании рисковать жизнью. Он не воин – он живописец и инженер, его дело – творить.
Тем временем, 10 сентября 1502 г. во Флоренции была учреждена должность «постоянного гонфалоньера», или «пожизненного гонфалоньера» – верховного, несменяемого главы исполнительной власти, нечто подобное должности венецианского дожа, тоже пожизненного правителя республики. Постоянным гонфалоньером был избран Пьетро Содерини, весьма благожелательно относившийся к Леонардо. Пожизненный гонфолоньер – это почти государь. С гонфолоньером легче договориться, чем с Синьорией – коллегией из восьми человек, которая сменялась каждые два месяца.
Как только Леонардо вернулся во Флоренцию, по Италии распространился слух, что он собирается писать некую картину. К мастеру стали обращаться с заказами. Одной из первых напомнила о себе Изабелла д’Эсте, через своего агента она попросила Леонардо написать для нее Христа-отрока.
Да Винчи уже взялся писать портрет жены Франческо Джокондо – Моны Лизы. Кроме того, ему было предложено расписать одну из стен нового зала, так называемого Зала Совета, во дворце Синьории. О том, кто из художников будет расписывать другую стену, шли ожесточенные споры, чаще других упоминали Микеланджело Буонарроти.
Леонардо сюжетом выбрал битву при Ангиари между флорентийскими и миланскими войсками 29 июля 1440 года. По слухам, болезненно самолюбивый Микеланджело давно испытывал неприязнь к да Винчи. Меж тем, в июле 1503 г. правительство обратилось к Леонардо за консультацией по возможности отвода русла реки Арно из Пизы, вот уже восемь лет осаждаемой флорентийскими войсками. Да Винчи не мог уклониться от этого дела – просьба исходила не от частного лица, а от правительства, ему пришлось выезжать к месту осады, чтобы ознакомиться с существующим положением дел.
Осенью 1503 г. Леонардо наметил план работы над «Битвой при Ангиари». Сначала он хотел написать картон – для этого ему отвели большой, так называемый Папский зал в монастыре Санта Мария Новелла. Тем временем в Зале Синьории должны построить помост, после чего мастер смог бы приступить к росписи стены. 24 октября 1503 г. Леонардо, согласно приказу Синьории, получил ключи от Папского зала. Можно было начинать работу. Леонардо переселился в монастырь, где занял небольшую келью рядом с мастерской, из которой проделали дверь в Папский зал, чтобы можно было попасть в него в любое время дня и ночи. Договор Синьории с Леонардо был подписан в начале мая 1504 года, по которому срок окончания картона – конец февраля 1505 года. С апреля 1504 года за работу Леонардо должен был получать 15 флоринов ежемесячно, в случае же, если он не успеет выполнить работу к указанному сроку, он обязуется вернуть заказчику выплаченные ему деньги. В Папском зале работал плотник над помостом, что не давало покоя инженеру Леонардо, – он хотел снабдить помост подъемными площадками и разными приспособлениями.