В январе 1504 г., когда Микеланджело после двух лет работы окончил «Давида», Содерини у всех крупных художников спрашивал совета – куда поставить статую. Микеланджело хотел, чтобы ее установили в центре города, на площади перед Старым дворцом Синьории, в котором должен был расписать стену Леонардо. Синьория не рисковала сама решать, возможно ли, чтобы статуя молодого мастера была установлена на самом почетном месте города. Леонардо был согласен с Джулиано да Сангалло: статую следует поместить в крытой галерее Лоджии деи Ланци, туда же, где стоял «Давид» работы Донателло. Леонардо сказал, что на площади статуя Буонарроти будет мешать движению. Однако многие думали иначе. Статую «Давида» установили под открытым небом на площади перед Старым дворцом.
Микеланджело не простил Леонардо этого случая. Анонимный биограф сообщил об одном случае. Около церкви Санта Тринита несколько человек обсуждали стихи Данте – какие-то строки показались им неясными. Они подозвали Леонардо и попросили его назъяснить непонятный отрывок. Да Винчи, увидев, что мимо идет Микеланджело, ответил, что он объяснит им. Мнительному Буонарроти показалось, что Леонардо хочет выставить его на посмешище. Он сердито крикнул ему: «Разъясняй сам, раз ты сделал модель «Коня», чтобы отлить его из бронзы, не сумел отлить и в таком положении позорно его оставил!» Сказав это, Микеланджело повернулся и ушел. Леонардо покраснел от стыда. Он тоже был самолюбивым человеком. Рассказывают, что Содерини прислал Леонардо один из очередных платежей – тяжелый мешок с мелкой монетой. При всей мягкости и сдержанности Леонардо отправил посланца назад со словами: «Я не копеечный художник».
Леонардо не случайно выбрал темой сюжета битву при Ангиари. Мысли и образы, связанные с человеческой природой, войной, занимали его уже давно. В первой его большой работе «Поклонение волхвов» на заднем плане сражаются конные воины. Уже тогда он старался передать ярость и ожесточение в движении. Среди зарисовок Леонардо много таких, где изображены лица, искаженные гневом, гримасы ненависти, оскаленные морды диких зверей. В его тетрадях часто встречаются наброски боевых сцен. Есть там и такая запись: «Сделай прежде всего дым артиллерийских орудий, смешанный в воздухе с пылью, поднятой движением лошадей и сражающихся… Дым, смешивающийся с пыльным воздухом, поднимаясь на определенную высоту, будет казаться темным облаком, и наверху дым будет виден более отчетливо, чем пыль… Сделай красноватыми лица, облик и вооружение аркебузьеров вместе с их окружением, и пусть эта краснота, чем больше она удаляется от своей причины, тем больше и теряется… И если ты делаешь лошадей, скачущих вне толпы, то сделай облачка пыли, настолько отстоящие одно от другого, какими могут быть промежутки между скачками лошади… Воздух должен быть полон стрел в различных положениях… пули ружейников должны сопровождаться некоторым количеством дыма по следам их полета. У передних фигур сделай запыленными волосы и брови и другие гладкие места, способные удерживать пыль…»
Взявшись за историческую тему, Леонардо досконально изучил все имевшиеся о ней сведения. В его записях содержится подробное описание битвы, произошедшей при Ангиари. Художник изучил карту местности – она легла в основу пейзажа, на фоне которого должна была происходить битва. Наверняка он знакомился с батальными сценами работы своих предшественников Паоло Учелло и Пьетро делла Франческо. Собирая материал для «Битвы при Ангиари», Леонардо выполнил многочисленные штудии. Он первым среди живописцев стал изучать обнаженную фигуру перед тем, как изображать ее в драпировках.
Во второй флорентийский период Леонардо продолжал изучение анатомии человеческого тела. Он посещал госпиталь Санта-Мария Нуова, занимался вскрытием трупов. В те времена каждое вскрытие было событием, о котором даже упоминали в хрониках: «24 января 1505 г. был осужден один юноша и был повешен, и врачи и студенты университета, который в это время был весьма богат докторами и мудрыми людьми, попросили его труп у «Восьми» [судебная инстанция], чтобы анатомировать его, и он был выдан им, и они занимались над ним анатомией в своем помещении в Санте-Кроче, и продолжались занятия вплоть до 1 февраля 1505 г. каждый день два раза».