В очень сжатом, концентрированном виде вошло в роман увиденное Толстым во время переписи в Москве (и прогулок по Вавилону) и в голодных деревнях. Где-то под Бегичевкой, видимо, врезался в память беспрестанно и странно улыбающийся «всем своим старческим личиком» ребенок, напряженно шевелящий искривленными большими пальцами, «изгибая свои, как червячки, тоненькие ножки». Почти наверняка не жилец, как и большинство пассажиров рационализаторской люльки, в которой умная Маланья младенцев возила в воспитательный дом: «Так у ней было умно сделано: такая люлька большая, вроде двуспальная, и туда и сюда класть. И ручка приделана. Вот она их положит четверых, головками врозь, чтоб не бились, ножками вместе, так и везет сразу четверых. Сосочки им в ротики насует, они и молчат, сердечные». Вот в такой замечательной люльке «зачиврел», да вскоре, лишь до Москвы доехав, умер ребенок Масловой и Нехлюдова.
Правка в бесконечное число раз менявшийся текст вносилась беспрерывно. Толстой был настойчив и неутомим, не щадил ни себя, ни других. Один московский врач вспоминал, как писатель пришел к нему, тогда заболевшему, и просидел до полуночи, заставляя штудировать акт судебно-медицинского вскрытия из романа. Адвоката Василия Алексеевича Маклакова, человека влиятельного и осведомленного, с большими связями в высших государственных сферах, писатель дотошно расспрашивал о том, как происходят заседания в Сенате, о департаментах, о повадках и костюмах сенаторов. Председатель Московского окружного суда Давыдов по просьбе Толстого писал для романа тексты обвинительного акта, врачебного исследования, приговора суда, формулировал вопросы присяжным и их ответы. Толстой сам ездил в пересыльную тюрьму наблюдать, как поведут арестантов в кандалах, и проделал с ними путь до Николаевского вокзала.
Толстого очень интересовала комната свиданий, добиться разрешения на осмотр которой и — тем более — на личное присутствие при свидании он не надеялся. Попросил начальника тульской тюрьмы прислать к нему в Ясную Поляну сведущего человека, и тот прислал опытного и толкового старшего надзирателя. Вносились изменения и на стадии корректур. Толстой читал корректуры надзирателю Бутырской тюрьмы Виноградову, то и дело прерывая чтение и подробно расспрашивая о порядках и обстоятельствах тюремной жизни, по каким причинам пересыльные арестанты долго задерживаются в тюрьмах, как совершается отправка партий арестантов во время разлива рек. Часто возвращался к особенно интересовавшему его вопросу, каким путем политические сообщаются с уголовными. Разумеется, интересовался характерами, взглядами, поведением арестантов. Тут же вносил правку, доводившую наборщиков почти до нервного припадка.
Поэтические законы и интенции романа, возможно, отчетливее всего обнажены в XXVIII главе первой части: взволнованный внутренний монолог Нехлюдова, деликатно дополненный комментарием автора, — самоказнь, нравственные терзания героя, которому стыдно и гадко. В гостиной, у портрета матери, Нехлюдов анализирует свои последние отношения с ней, представшие в беспощадном свете истины, снимая покровы с лицемерной лжи, опутавшей его чувства: «Он вспомнил, как в последнее время ее болезни он прямо желал ее смерти. Он говорил себе, что желал этого для того, чтобы она избавилась от страданий, а в действительности он желал этого для того, чтобы самому избавиться от вида ее страданий». Нехлюдов пытается вызвать какие-то другие, хорошие воспоминания, связанные с матерью, скончавшейся всего три месяца назад, но этому препятствует ее портрет, написанный за пять тысяч рублей знаменитым живописцем, изобразившим ее «в бархатном черном платье, с обнаженной грудью». Грудь особенно вдохновила модного художника, дорожащего искусством возбуждать в зрителях чувственность: «Художник, очевидно, с особенным стараньем выписал грудь, промежуток между двумя грудями и ослепительные по красоте плечи и шею». И это было нестерпимо созерцать сыну, казалось кощунством, так как именно здесь давеча лежала умирающая женщина, «ссохшаяся как мумия», бравшая его руку «своей костлявой чернеющей ручкой» и наполнявшая мучительно тяжелым запахом смерти и эту гостиную, и весь дом.