Сомнения — не в правомерности, а в эффективности и полезности отлучения Толстого — одолевали и Победоносцева. Публично он, естественно, сомнения высказать не мог, так как боялся, что это лишь повысит нравственный авторитет писателя, усилит и без того негативное или равнодушное отношение общества к Синоду и затруднит возвращение Толстого в церковь, если вдруг у него такое намерение появится перед смертью. Общественность главную вину за отлучение всё равно возложила на Константина Победоносцева — он в глазах широкой «прогрессивной» общественности был, если можно так выразиться, фигурой антихаризматической.
Между тем Победоносцев с тревогой писал редактору «Церковных ведомостей» о «туче озлобления», вызванной Определением Синода. И нисколько не преувеличивал. Стоит только припомнить бесконечно цитировавшиеся исследователями Толстого, отнюдь не кровожадными, а мягкими и добродушными в быту людьми, слова Владимира Ильича Ленина: «Святейший Синод отлучил Толстого от церкви. Тем лучше. Этот подвиг зачтется ему в час народной расправы с чиновниками в рясах, жандармами во Христе, с темными инквизиторами, которые поддерживали еврейские погромы и прочие подвиги черносотенной царской шайки». Видимо, и чем больше еврейских погромов, тем лучше. Вообще, чем хуже, тем лучше. Логика политической борьбы — беспощадная и циничная. Тогда не очень-то обратили внимание на слова Ленина: мол, просто риторическая фраза в духе незабвенного друга народа Марата. Проявили непростительное благодушие. Ленин слова на ветер не бросал…
Но были и такие, кто считал Определение Синода чересчур мягким, гневно выражая свое мнение. Негодовал и язвил, видимо, болезненно воспринявший ироническое отношение Толстого к его «философии общего дела» Н. Ф. Федоров (Толстой, кстати, высоко ценил человеческие качества этого уединенного и оригинального мыслителя): «Многоталантливый художник и ремесленник и совершенно бесталанный философ, Толстой не подлежит вменению. Тем не менее тот, кто, по свидетельству самого Толстого, назвал его дьяволом в человеческом образе, был недалек от истины, той истины, которою Толстой заменил христианство, призывающий Россию к неплатежу податей обвиняет в подстрекательстве синодальное определение, отличающееся неизвинимою мягкостью. Ему очень бы хотелось поруганий, поношений, что придало бы ему ореол мученика, а он так жаждет дешевой ценой приобретенного мученичества».
Отец Иоанн Кронштадтский неистовствовал по поводу ответа Толстого на Определение Синода и на другие его антицерковные выступления: «О, Христе Боже! Доколе Лев Толстой будет ругаться над Тобою и Церковью Твоею? Доколе будет соблазнять Россию и Европу? Опять он пишет хулы на Церковь и служителей ее, опять клевещет на нас всему миру? Покажи, наконец, Владыко, всему миру адскую злобу его! Буди! Им увлечено в прелесть и пагубу полсвета! О, предтеча антихриста!» Гнев Иоанна Кронштадтского нисколько не ослабевал (он даже возносил молитвы к Богу об удалении злостного еретика с лица земли накануне восьмидесятилетнего юбилея Толстого). Он пишет ответ на обращение гр. Л. Н. Толстого к духовенству (1903), называя его «апокалипсическим драконом», который «делается величайшим пособником дьяволу, губящему род человеческий, и самым отъявленным противником Христу». Отвергает «фальшивое словоизвержение его», «гнусную клевету на Россию, на ее правительство». Этот «пособник дьявола» «извратил свою нравственную личность до, уродливости, до омерзения». Предупреждает православных: «Это Лев рыкающий, ищущий, кого поглотить. И скольких поглотил через свои льстивые листки. Берегитесь его».
В целом церковный мир был солидарен с Определением, хотя, естественно, существовала и там явная неудовлетворенность его содержанием (некоторые считали Определение слишком мягким, другие — несвоевременным и т. д.). Иначе и не могло быть. Протоиерей Александр Мень в статье «„Богословие“ Льва Толстого и христианство» лишь констатирует самоочевидное: «Как бы ни оценивать текст самого „определения“ Синода, совершенно очевидно, что Церковь должна была как-то ответить на притязания Толстого. Со всей ясностью показать, что она не может согласиться с его пониманием Евангелия». Будущий патриарх Сергий Старгородский, правда, считал, что Толстого не следовало отлучать, потому что он сам сознательно отошел от церкви. Но в конце концов дело не в слове «отлучение», которое, кстати, не прозвучало в Определении. Синод находился в весьма затруднительном положении: он не мог оставить без внимания всё более нараставшую и принимавшую крайние формы антицерковную деятельность Толстого, который, как пишет Александр Мень, «не только ожесточенно, оскорбительно, забыв об элементарном такте, писал о таинствах Церкви, о ее учении, но утверждал, что только его взгляд на понимание христианства истинен». Тем не менее Определение вызвало раскол даже в церковной и монастырской среде. Схимонах Пантелеймоновского монастыря Ксенофонт писал свое сестре из далекого Афона, что «у нас многие получают непосредственные известия из Синода, всех этот вопрос страшно интересует, и везде монастыри делятся на два лагеря: на злобствующих и ненавидящих Толстого (коих большинство) и на соболезнующих и ужасающихся этой возникшей в России борьбе».