Жизнь Марии Львовны после замужества действительно изменилась к худшему. Трудовые и благотворительные будни ушли в прошлое, как и простая крестьянская одежда и почти спартанский стиль жизни. Теперь пригодилась и доля наследства, от которой некогда, порадовав отца, она отказалась, Выписана была тщательно выбранная из каталога новая дорогая обстановка самого аристократического вида. Понадобилась и прислуга. Соответственно изменились и наряды: всё в доме и усадьбе стремилось соответствовать приличиям и хорошему тону. Супруги, правда, много занимались благотворительностью, что снискало им любовь народа, но было что-то натужное, неестественное в этой благотворительности. На всем была печать постоянного несчастья, груз несбывшихся надежд. Исчезла бодрая, веселая Маша; теперь резкие звуки вызывали слезы, музыка — рыдания.
Толстой с грустью и болью следил за страданиями Марии, вспоминая те времена, когда она так пылко поддерживала его, порой, одна в семье, сопровождала отца, посещая избы голодающих и больных, и своим мелким, аккуратным почерком неутомимо переписывала рукописи, легко и быстро, почти неслышными шагами передвигалась по дому. Никаких конфликтов и недомолвок, к счастью, между ними не было: дочь с мужем часто и подолгу жили в Ясной Поляне. Не прерывалась и переписка. Письмам дочери Толстой радовался: «От Маши милое письмо. Как я люблю ее, и как радостна атмосфера любви, и как тяжела обратная». За год до смерти дочери прислал ей прекрасное письмо — благословение и утешение: «Подкрепи тебя Бог. С другими я боюсь употреблять это слово Бог, но с тобой я знаю, что ты поймешь, что я разумею то высшее духовное, которое одно есть и с которым мы можем входить в общение, сознавая его в себе». Подвел итог ее жизни, отгоняя ставшие ему известными сомнения (во время болезни, когда на нее нашел «такой страх смерти, какого никогда не было», она вопрошала себя, не лучше ли ей было следовать заветам православной церкви, просто веруя, Толстой осудил такое настроение именно как слабость и неверие): «На моих глазах, ты жила хорошо, добро, без нелюбви, а с любовью к людям, давая им радость, первому мне. Если же недовольна и хочешь быть лучше, то давай Бог». Пытался утешить дочь и в ее самом большом и давнем горе, приводя чуть ли не в образец мораль одной крайней секты: «О твоих родах иногда думаю, что правы шекеры. Они говорят, что кирпич пусть делают кирпичники, те, которые ничего лучшего не умеют, а мы, они про себя говорят, из кирпичей строим храм. Хорошо материнство, но едва ли оно может соединяться с духовной жизнью».
Ноябрь в России и всегда-то время тоскливое, промозглое, тревожное. Ноябрь 1906 года выдался особенно мрачным: дул сильный ветер, низко нависали облака, целыми днями шел дождь со снегом (не яснополянская, а типично петербургская погода из «Двойника» и «Записок из подполья» Достоевского). Мария Львовна, возвращаясь из деревни, жестоко простудилась. Болезнь развивалась стремительно, она буквально в несколько дней сгорела. Страха смерти Мария Львовна не испытывала, во всяком случае, скрывала его от родных. Перед смертью сказала отцу: «Я счастлива, что умру раньше тебя, так как, как бы то ни было, а твою смерть я бы не пережила». Последние часы Толстой был рядом, боясь что-либо упустить в эти, как он веровал, самые важные мгновения человеческой жизни; записал в дневнике: «Она сидит обложенная подушками. Я держу ее худую милую руку и чувствую, как уходит жизнь, как она уходит. Эти четверть часа — одно из самых важных, значительных времен моей жизни». И еще с некоторым мистическим и очень толстовским видением смерти: «Смотрел я всё время на нее, как она умирает: удивительно спокойно. Для меня — она была раскрывающее перед моим раскрыванием существо».
Похоронили Марию Львовну на кладбище, где покоились другие Толстые. Гроб несли долго, через всю деревню. Выбегали из домов люди — все любили сердобольную дочь Толстого. А он простился с Машей раньше, у каменных столбов, один пошел домой по прешпекту. Илья Львович посмотрел ему вслед: отец шел по тающему мокрому снегу частой старческой походкой, резко выворачивая носки ног. Не обернулся он ни разу. Толстой простился с самым дорогим и близким существом. Он с большим трудом сдерживал рыдания. Но надо было держаться, уже без Маши. Часто повторял с грустью последние годы: «Если бы Маша была жива…», «Если бы не умерла Маша…»