Однако отставкой дело не кончилось. Доносов накопилось так много, что на Толстого обратило внимание жандармское ведомство. Как раз в ту зиму 1862 года тверское дворянство подало на высочайшее имя прошение, в котором указывалось, что реформу необходимо продолжать, уничтожив барские привилегии и заменив правительство народным собранием без различия сословий. Поднялся большой шум, подписавших эту петицию несколько месяцев продержали в Петропавловской крепости, а затем лишили права поступать на государственную службу. Начались ужесточения. В III Отделение поступил рапорт полковника Воейкова о том, что, по слухам, в имении Толстого, где существует крестьянская школа, проживают в качестве учителей студенты, замеченные в чтении запрещенных сочинений, и ведутся речи возмутительного содержания.
Бумаге дали ход, и за Толстым был установлен негласный надзор. Его поручили сыщику Михаилу Шипову, человеку малообразованному и крепко пьющему. Вскоре Шипов проболтался в тульском кабаке о возложенной на него обязанности, за эту провинность сам попал под арест и на допросе сочинил историю про какого-то курьера, который ездит из Ясной в отдаленное курское имение графа, где налаживают типографию, чтобы печатать прокламации. И в самой Ясной Поляне Шипов будто бы видел потайные двери и лестницы, ведущие в помещение, где спрятан печатный станок.
Протокол этого допроса лег на стол шефа жандармов князя Долгорукова, о котором Толстой в старости вспоминал, что был он человек «добрейший и очень ограниченный, пустейший мот». В Тулу направили полковника Дурново, обязав его проверить сведения, предоставленные Шиповым. 6 июля Дурново с крапивенским исправником и двумя приставами явился в Ясную и объявил гостившей там Марии Николаевне, что должен произвести обыск, так как имеются сведения о незаконной политической деятельности ее брата. Обыск продолжался два дня; ни потайных лестниц, ни литографных камней не обнаружилось. Могли бы, действуя умело и быстро, найти кое-что из запрещенных в России сочинений Герцена, а также его фотографию, однако Мария Николаевна и горничная тетушки Дуняша успели спрятать в канаве портфель с этими уликами.
Толстого дома не было. Об этом времени в «Исповеди», почти двадцать лет спустя, он писал, что «так измучился, от того особенно, что запутался, — так мне тяжела стала борьба по посредничеству, так смутно проявлялась моя деятельность в школах, так противно стало мое виляние в журнале, состоящее… в желании учить всех и скрыть то, что я не знаю, чему учить, что я заболел более духовно, чем физически, — бросил все и поехал в степь к башкирам — дышать воздухом, пить кумыс и жить животною жизнью». Уехал он еще в мае, взяв с собой двух любимых учеников, Василия Морозова и Егора Чернова, а вернулся только в конце июля и, услышав рассказ тетушки Ергольской, был возмущен до крайности. Наверное, этот рассказ дополнили тульские знакомые Толстого Григорий Ауэрбах и Евгений Марков, которые проводили лето поблизости от Ясной, на даче в Малиновой засеке. В день обыска их пригласили в качестве свидетелей, и они видели, как в доме все переворачивали вверх дном, как ломом поднимали полы в конюшне и сетью шарили по дну пруда, откуда должен был явиться на свет несуществующий печатный станок. Потом то же самое повторилось и в помещении школы.