Но что вызвало быстрый уход Мусина-Пушкина с президентского поста — собственное ли желание (он был назначен сенатором), или желание Павла видеть в этой должности человека иных, более определенных политических устремлений? Мусина-Пушкина волнуют древнерусские рукописи, летописи. Свое положение обер-прокурора Синода он сумел использовать для того, чтобы пересмотреть неисчерпаемые в этом отношении сокровищницы отдельных монастырей и епархий. Отказа при своей должности ему опасаться не приходилось, не говоря о том, что духовенство и не дорожило никакими письменными памятниками. К тому же Мусин-Пушкин организовал целую сеть комиссионеров, которые приобретали ему документы в разных городах. Можно по-всякому оценивать подобный способ составления знаменитого собрания, но, так или иначе, именно Мусину-Пушкину принадлежит открытие «Слова о полку Игореве», древнейшего списка Лаврентьевской летописи, новых списков «Русской Правды», о которой с таким волнением пишет молодой художник, и «Завещания Владимира Мономаха». Мусин-Пушкин не останавливается и перед тем, чтобы скупить у Сопикова все бумаги о Петре I.
Его завязавшиеся связи с академистами вряд ли могли устраивать нового императора, хотя административные распоряжения президента вполне укладывались в намечавшуюся схему официального искусства. Мусин-Пушкин начинает с назначения директора Академии по своему усмотрению, хотя этот вопрос всегда составлял прерогативу Совета. Бюрократизация художественной школы сказывается и на изменении взаимосвязи учебных классов. Вместо той самостоятельности, которой каждый из них в большей или меньшей степени обладал, отныне все живописные классы передаются в руководство профессора живописи исторической, тогда как все остальные — профессору исторической скульптуры. В этом новом методическом соотношении частей обучения Левицкому рассчитывать на былое его место не приходилось.
И все-таки несомненно выбор кандидатуры для заместителя Мусина-Пушкина не носил характера случайности. Граф Шуазель-Гуфье, еще недавно видный французский дипломат, с 1791 года живет в России, укрываясь от событий французской революции. Он вернется на родину через одиннадцать лет, когда революционные волны окончательно уступят место упорядоченности наполеоновской империи. А пока Павел намеревается использовать его действительно недюжинные познания в области искусства древности. Около пятнадцати лет граф совмещал свои дипломатические обязанности с художественными увлечениями, совершал поездки по Греции, гомеровским местам вместе с археологами, художниками, сам участвовал в раскопках и написал широко известную трехтомную «Живописную историю Греции». У него широкий круг знакомых среди французских художников, и директор Французской академии в Риме Ф.-Г. Менажо, которого он хочет пригласить для руководства классом исторической живописи и, значит, практически всей живописью в Академии, обладает европейской известностью. На сопротивление Совета Шуазель-Гуфье отвечает знаменательными словами ведомственного самодержца: «Я есмь и буду впредь лично порукою во всех данных мною приказаниях». Подобная категоричность позиции в отношении подчиненных нисколько не мешает ему безоговорочно выполнять в академических мастерских заказ супруги Павла — фиговые листки, которыми затем были обезображены находившиеся в Павловске античные статуи. Правда, Шуазель-Гуфье помогает Совету Академии осуществить чрезвычайно важную реформу — ввести институт вольноприходящих учеников, сказавшийся на всей системе академического обучения, но в остальном конфликтная ситуация лишала всякой свободы действий и Совет, и назначенного в 1799 году (впрочем, почти сразу умершего) В. И. Баженова — вице-президента, и конференц-секретаря А. Ф. Лабзина, не обладавшего к тому же сколько-нибудь ясным представлением о делах и положении Академии.